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FastFold_pytorch
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8c995b30
Commit
8c995b30
authored
Sep 24, 2024
by
yuhai
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...
@@ -118,7 +118,9 @@ $DOWNLOAD_DIR/
...
@@ -118,7 +118,9 @@ $DOWNLOAD_DIR/
T1024.fasta为推理的单体序列;data修改为数据集下载目录;
T1024.fasta为推理的单体序列;data修改为数据集下载目录;
`--output_dir`
为输出目录;
`--gpus`
为使用的gpu数量;
`--use_precomputed_alignments`
为搜索对齐目录,可以加载已经搜索对齐的序列,若不添加则进行搜索对齐;
`--output_dir`
为输出目录;
`--gpus`
为使用的gpu数量;
`--use_precomputed_alignments`
为搜索对齐目录,可以加载已经搜索对齐的序列,若不添加则进行搜索对齐;
`--param_path`
为加载单体模型路径,需要和
`--model_name`
保持一致,默认为model_1;
`--chunk_size`
为分块数量,设置为4,并且使用
`--inplace`
来降低显存占用;
`--param_path`
为加载单体模型路径,需要和
`--model_name`
保持一致,默认为model_1;
`--chunk_size`
为分块数量,设置为4,并且使用
`--inplace`
来降低显存占用;
默认不进行relax操作,若需要,添加
`--relaxation`
;默认不保存输出的.pkl文件,若需要,添加
`--save_outputs`
.
默认不进行relax操作,若需要,添加
`--relaxation`
;默认不保存输出的.pkl文件,若需要,添加
`--save_outputs`
。
如果bfd数据集过大只能下载small_bfd数据集,请指定
`--bfd_database_path`
为small_bfd路径并且添加参数
`--preset reduced_dbs`
。
如果没有数据集、无法下载数据集,可使用
`data/pkl/`
下的对应pkl文件进行测试。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过
[
ray
](
https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html
)
加快了数据预处理工作流程。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过
[
ray
](
https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html
)
加快了数据预处理工作流程。
...
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