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......@@ -118,7 +118,9 @@ $DOWNLOAD_DIR/
T1024.fasta为推理的单体序列;data修改为数据集下载目录;
`--output_dir`为输出目录;`--gpus`为使用的gpu数量;`--use_precomputed_alignments`为搜索对齐目录,可以加载已经搜索对齐的序列,若不添加则进行搜索对齐;
`--param_path`为加载单体模型路径,需要和`--model_name`保持一致,默认为model_1;`--chunk_size`为分块数量,设置为4,并且使用`--inplace`来降低显存占用;
默认不进行relax操作,若需要,添加`--relaxation`;默认不保存输出的.pkl文件,若需要,添加`--save_outputs`.
默认不进行relax操作,若需要,添加`--relaxation`;默认不保存输出的.pkl文件,若需要,添加`--save_outputs`
如果bfd数据集过大只能下载small_bfd数据集,请指定`--bfd_database_path`为small_bfd路径并且添加参数`--preset reduced_dbs`
如果没有数据集、无法下载数据集,可使用`data/pkl/`下的对应pkl文件进行测试。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html)加快了数据预处理工作流程。
......
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