aidilnaaaaa.top

;
;	File 'topol.top' was generated
;	By user: swails (44411)
;	On host: batman
;	At date: Mon May 18 10:00:34 2015
;
;	This is a standalone topology file
;
;	Created by:
;	GROMACS:      gmx pdb2gmx, VERSION 5.0.4
;	Executable:   /usr/bin/gmx
;	Library dir:  /usr/share/gromacs/top
;	Command line:
;	  gmx pdb2gmx -f AIDILNAAAAA.pdb -ff amber99sb-ildn -ignh
;	Force field was read from the standard Gromacs share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue   1 ALA rtp NALA q +1.0
     1         N3      1    ALA      N      1     0.1414      14.01   ; qtot 0.1414
     2          H      1    ALA     H1      2     0.1997      1.008   ; qtot 0.3411
     3          H      1    ALA     H2      3     0.1997      1.008   ; qtot 0.5408
     4          H      1    ALA     H3      4     0.1997      1.008   ; qtot 0.7405
     5         CT      1    ALA     CA      5     0.0962      12.01   ; qtot 0.8367
     6         HP      1    ALA     HA      6     0.0889      1.008   ; qtot 0.9256
     7         CT      1    ALA     CB      7    -0.0597      12.01   ; qtot 0.8659
     8         HC      1    ALA    HB1      8       0.03      1.008   ; qtot 0.8959
     9         HC      1    ALA    HB2      9       0.03      1.008   ; qtot 0.9259
    10         HC      1    ALA    HB3     10       0.03      1.008   ; qtot 0.9559
    11          C      1    ALA      C     11     0.6163      12.01   ; qtot 1.572
    12          O      1    ALA      O     12    -0.5722         16   ; qtot 1
; residue   2 ILE rtp ILE  q  0.0
    13          N      2    ILE      N     13    -0.4157      14.01   ; qtot 0.5843
    14          H      2    ILE      H     14     0.2719      1.008   ; qtot 0.8562
    15         CT      2    ILE     CA     15    -0.0597      12.01   ; qtot 0.7965
    16         H1      2    ILE     HA     16     0.0869      1.008   ; qtot 0.8834
    17         CT      2    ILE     CB     17     0.1303      12.01   ; qtot 1.014
    18         HC      2    ILE     HB     18     0.0187      1.008   ; qtot 1.032
    19         CT      2    ILE    CG2     19    -0.3204      12.01   ; qtot 0.712
    20         HC      2    ILE   HG21     20     0.0882      1.008   ; qtot 0.8002
    21         HC      2    ILE   HG22     21     0.0882      1.008   ; qtot 0.8884
    22         HC      2    ILE   HG23     22     0.0882      1.008   ; qtot 0.9766
    23         CT      2    ILE    CG1     23     -0.043      12.01   ; qtot 0.9336
    24         HC      2    ILE   HG11     24     0.0236      1.008   ; qtot 0.9572
    25         HC      2    ILE   HG12     25     0.0236      1.008   ; qtot 0.9808
    26         CT      2    ILE     CD     26     -0.066      12.01   ; qtot 0.9148
    27         HC      2    ILE    HD1     27     0.0186      1.008   ; qtot 0.9334
    28         HC      2    ILE    HD2     28     0.0186      1.008   ; qtot 0.952
    29         HC      2    ILE    HD3     29     0.0186      1.008   ; qtot 0.9706
    30          C      2    ILE      C     30     0.5973      12.01   ; qtot 1.568
    31          O      2    ILE      O     31    -0.5679         16   ; qtot 1
; residue   3 ASP rtp ASP  q -1.0
    32          N      3    ASP      N     32    -0.5163      14.01   ; qtot 0.4837
    33          H      3    ASP      H     33     0.2936      1.008   ; qtot 0.7773
    34         CT      3    ASP     CA     34     0.0381      12.01   ; qtot 0.8154
    35         H1      3    ASP     HA     35      0.088      1.008   ; qtot 0.9034
    36         CT      3    ASP     CB     36    -0.0303      12.01   ; qtot 0.8731
    37         HC      3    ASP    HB1     37    -0.0122      1.008   ; qtot 0.8609
    38         HC      3    ASP    HB2     38    -0.0122      1.008   ; qtot 0.8487
    39          C      3    ASP     CG     39     0.7994      12.01   ; qtot 1.648
    40         O2      3    ASP    OD1     40    -0.8014         16   ; qtot 0.8467
    41         O2      3    ASP    OD2     41    -0.8014         16   ; qtot 0.0453
    42          C      3    ASP      C     42     0.5366      12.01   ; qtot 0.5819
    43          O      3    ASP      O     43    -0.5819         16   ; qtot 0
; residue   4 ILE rtp ILE  q  0.0
    44          N      4    ILE      N     44    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
    45          H      4    ILE      H     45     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
    46         CT      4    ILE     CA     46    -0.0597      12.01   ; qtot -0.2035
    47         H1      4    ILE     HA     47     0.0869      1.008   ; qtot -0.1166
    48         CT      4    ILE     CB     48     0.1303      12.01   ; qtot 0.0137
    49         HC      4    ILE     HB     49     0.0187      1.008   ; qtot 0.0324
    50         CT      4    ILE    CG2     50    -0.3204      12.01   ; qtot -0.288
    51         HC      4    ILE   HG21     51     0.0882      1.008   ; qtot -0.1998
    52         HC      4    ILE   HG22     52     0.0882      1.008   ; qtot -0.1116
    53         HC      4    ILE   HG23     53     0.0882      1.008   ; qtot -0.0234
    54         CT      4    ILE    CG1     54     -0.043      12.01   ; qtot -0.0664
    55         HC      4    ILE   HG11     55     0.0236      1.008   ; qtot -0.0428
    56         HC      4    ILE   HG12     56     0.0236      1.008   ; qtot -0.0192
    57         CT      4    ILE     CD     57     -0.066      12.01   ; qtot -0.0852
    58         HC      4    ILE    HD1     58     0.0186      1.008   ; qtot -0.0666
    59         HC      4    ILE    HD2     59     0.0186      1.008   ; qtot -0.048
    60         HC      4    ILE    HD3     60     0.0186      1.008   ; qtot -0.0294
    61          C      4    ILE      C     61     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
    62          O      4    ILE      O     62    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue   5 LEU rtp LEU  q  0.0
    63          N      5    LEU      N     63    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
    64          H      5    LEU      H     64     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
    65         CT      5    LEU     CA     65    -0.0518      12.01   ; qtot -0.1956
    66         H1      5    LEU     HA     66     0.0922      1.008   ; qtot -0.1034
    67         CT      5    LEU     CB     67    -0.1102      12.01   ; qtot -0.2136
    68         HC      5    LEU    HB1     68     0.0457      1.008   ; qtot -0.1679
    69         HC      5    LEU    HB2     69     0.0457      1.008   ; qtot -0.1222
    70         CT      5    LEU     CG     70     0.3531      12.01   ; qtot 0.2309
    71         HC      5    LEU     HG     71    -0.0361      1.008   ; qtot 0.1948
    72         CT      5    LEU    CD1     72    -0.4121      12.01   ; qtot -0.2173
    73         HC      5    LEU   HD11     73        0.1      1.008   ; qtot -0.1173
    74         HC      5    LEU   HD12     74        0.1      1.008   ; qtot -0.0173
    75         HC      5    LEU   HD13     75        0.1      1.008   ; qtot 0.0827
    76         CT      5    LEU    CD2     76    -0.4121      12.01   ; qtot -0.3294
    77         HC      5    LEU   HD21     77        0.1      1.008   ; qtot -0.2294
    78         HC      5    LEU   HD22     78        0.1      1.008   ; qtot -0.1294
    79         HC      5    LEU   HD23     79        0.1      1.008   ; qtot -0.0294
    80          C      5    LEU      C     80     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
    81          O      5    LEU      O     81    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue   6 ASN rtp ASN  q  0.0
    82          N      6    ASN      N     82    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
    83          H      6    ASN      H     83     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
    84         CT      6    ASN     CA     84     0.0143      12.01   ; qtot -0.1295
    85         H1      6    ASN     HA     85     0.1048      1.008   ; qtot -0.0247
    86         CT      6    ASN     CB     86    -0.2041      12.01   ; qtot -0.2288
    87         HC      6    ASN    HB1     87     0.0797      1.008   ; qtot -0.1491
    88         HC      6    ASN    HB2     88     0.0797      1.008   ; qtot -0.0694
    89          C      6    ASN     CG     89      0.713      12.01   ; qtot 0.6436
    90          O      6    ASN    OD1     90    -0.5931         16   ; qtot 0.0505
    91          N      6    ASN    ND2     91    -0.9191      14.01   ; qtot -0.8686
    92          H      6    ASN   HD21     92     0.4196      1.008   ; qtot -0.449
    93          H      6    ASN   HD22     93     0.4196      1.008   ; qtot -0.0294
    94          C      6    ASN      C     94     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
    95          O      6    ASN      O     95    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue   7 ALA rtp ALA  q  0.0
    96          N      7    ALA      N     96    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
    97          H      7    ALA      H     97     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
    98         CT      7    ALA     CA     98     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
    99         H1      7    ALA     HA     99     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   100         CT      7    ALA     CB    100    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   101         HC      7    ALA    HB1    101     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   102         HC      7    ALA    HB2    102     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   103         HC      7    ALA    HB3    103     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   104          C      7    ALA      C    104     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   105          O      7    ALA      O    105    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue   8 ALA rtp ALA  q  0.0
   106          N      8    ALA      N    106    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   107          H      8    ALA      H    107     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   108         CT      8    ALA     CA    108     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
   109         H1      8    ALA     HA    109     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   110         CT      8    ALA     CB    110    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   111         HC      8    ALA    HB1    111     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   112         HC      8    ALA    HB2    112     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   113         HC      8    ALA    HB3    113     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   114          C      8    ALA      C    114     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   115          O      8    ALA      O    115    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue   9 ALA rtp ALA  q  0.0
   116          N      9    ALA      N    116    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   117          H      9    ALA      H    117     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   118         CT      9    ALA     CA    118     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
   119         H1      9    ALA     HA    119     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   120         CT      9    ALA     CB    120    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   121         HC      9    ALA    HB1    121     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   122         HC      9    ALA    HB2    122     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   123         HC      9    ALA    HB3    123     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   124          C      9    ALA      C    124     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   125          O      9    ALA      O    125    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  10 ALA rtp ALA  q  0.0
   126          N     10    ALA      N    126    -0.4157      14.01   ; qtot -0.4157
   127          H     10    ALA      H    127     0.2719      1.008   ; qtot -0.1438
   128         CT     10    ALA     CA    128     0.0337      12.01   ; qtot -0.1101
   129         H1     10    ALA     HA    129     0.0823      1.008   ; qtot -0.0278
   130         CT     10    ALA     CB    130    -0.1825      12.01   ; qtot -0.2103
   131         HC     10    ALA    HB1    131     0.0603      1.008   ; qtot -0.15
   132         HC     10    ALA    HB2    132     0.0603      1.008   ; qtot -0.0897
   133         HC     10    ALA    HB3    133     0.0603      1.008   ; qtot -0.0294
   134          C     10    ALA      C    134     0.5973      12.01   ; qtot 0.5679
   135          O     10    ALA      O    135    -0.5679         16   ; qtot 0
; residue  11 ALA rtp CALA q -1.0
   136          N     11    ALA      N    136    -0.3821      14.01   ; qtot -0.3821
   137          H     11    ALA      H    137     0.2681      1.008   ; qtot -0.114
   138         CT     11    ALA     CA    138    -0.1747      12.01   ; qtot -0.2887
   139         H1     11    ALA     HA    139     0.1067      1.008   ; qtot -0.182
   140         CT     11    ALA     CB    140    -0.2093      12.01   ; qtot -0.3913
   141         HC     11    ALA    HB1    141     0.0764      1.008   ; qtot -0.3149
   142         HC     11    ALA    HB2    142     0.0764      1.008   ; qtot -0.2385
   143         HC     11    ALA    HB3    143     0.0764      1.008   ; qtot -0.1621
   144          C     11    ALA      C    144     0.7731      12.01   ; qtot 0.611
   145         O2     11    ALA    OC1    145    -0.8055         16   ; qtot -0.1945
   146         O2     11    ALA    OC2    146    -0.8055         16   ; qtot -1

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1 
    1     3     1 
    1     4     1 
    1     5     1 
    5     6     1 
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   15    16     1 
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   15    30     1 
   17    18     1 
   17    19     1 
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   98   104     1 
  100   101     1 
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  104   106     1 
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  106   108     1 
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  108   110     1 
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  110   112     1 
  110   113     1 
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  114   116     1 
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  128   134     1 
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  130   132     1 
  130   133     1 
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  134   136     1 
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  138   144     1 
  140   141     1 
  140   142     1 
  140   143     1 
  144   145     1 
  144   146     1 

[ pairs ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     8     1 
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  143   144     1 

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
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  138   144   145     1 
  138   144   146     1 
  145   144   146     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     5     6     9 
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  136   138   140   143     9 
  139   138   140   141     9 
  139   138   140   142     9 
  139   138   140   143     9 
  144   138   140   141     9 
  144   138   140   142     9 
  144   138   140   143     9 
  136   138   144   145     9 
  136   138   144   146     9 
  139   138   144   145     9 
  139   138   144   146     9 
  140   138   144   145     9 
  140   138   144   146     9 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    5    13    11    12     4 
   11    15    13    14     4 
   15    32    30    31     4 
   30    34    32    33     4 
   34    44    42    43     4 
   36    40    39    41     4 
   42    46    44    45     4 
   46    63    61    62     4 
   61    65    63    64     4 
   65    82    80    81     4 
   80    84    82    83     4 
   84    96    94    95     4 
   86    91    89    90     4 
   89    92    91    93     4 
   94    98    96    97     4 
   98   106   104   105     4 
  104   108   106   107     4 
  108   116   114   115     4 
  114   118   116   117     4 
  118   126   124   125     4 
  124   128   126   127     4 
  128   136   134   135     4 
  134   138   136   137     4 
  138   145   144   146     4 

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4pew.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1