; ; File 'topol.top' was generated ; By user: swails (44411) ; On host: batman ; At date: Mon May 18 10:00:34 2015 ; ; This is a standalone topology file ; ; Created by: ; GROMACS: gmx pdb2gmx, VERSION 5.0.4 ; Executable: /usr/bin/gmx ; Library dir: /usr/share/gromacs/top ; Command line: ; gmx pdb2gmx -f AIDILNAAAAA.pdb -ff amber99sb-ildn -ignh ; Force field was read from the standard Gromacs share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB ; residue 1 ALA rtp NALA q +1.0 1 N3 1 ALA N 1 0.1414 14.01 ; qtot 0.1414 2 H 1 ALA H1 2 0.1997 1.008 ; qtot 0.3411 3 H 1 ALA H2 3 0.1997 1.008 ; qtot 0.5408 4 H 1 ALA H3 4 0.1997 1.008 ; qtot 0.7405 5 CT 1 ALA CA 5 0.0962 12.01 ; qtot 0.8367 6 HP 1 ALA HA 6 0.0889 1.008 ; qtot 0.9256 7 CT 1 ALA CB 7 -0.0597 12.01 ; qtot 0.8659 8 HC 1 ALA HB1 8 0.03 1.008 ; qtot 0.8959 9 HC 1 ALA HB2 9 0.03 1.008 ; qtot 0.9259 10 HC 1 ALA HB3 10 0.03 1.008 ; qtot 0.9559 11 C 1 ALA C 11 0.6163 12.01 ; qtot 1.572 12 O 1 ALA O 12 -0.5722 16 ; qtot 1 ; residue 2 ILE rtp ILE q 0.0 13 N 2 ILE N 13 -0.4157 14.01 ; qtot 0.5843 14 H 2 ILE H 14 0.2719 1.008 ; qtot 0.8562 15 CT 2 ILE CA 15 -0.0597 12.01 ; qtot 0.7965 16 H1 2 ILE HA 16 0.0869 1.008 ; qtot 0.8834 17 CT 2 ILE CB 17 0.1303 12.01 ; qtot 1.014 18 HC 2 ILE HB 18 0.0187 1.008 ; qtot 1.032 19 CT 2 ILE CG2 19 -0.3204 12.01 ; qtot 0.712 20 HC 2 ILE HG21 20 0.0882 1.008 ; qtot 0.8002 21 HC 2 ILE HG22 21 0.0882 1.008 ; qtot 0.8884 22 HC 2 ILE HG23 22 0.0882 1.008 ; qtot 0.9766 23 CT 2 ILE CG1 23 -0.043 12.01 ; qtot 0.9336 24 HC 2 ILE HG11 24 0.0236 1.008 ; qtot 0.9572 25 HC 2 ILE HG12 25 0.0236 1.008 ; qtot 0.9808 26 CT 2 ILE CD 26 -0.066 12.01 ; qtot 0.9148 27 HC 2 ILE HD1 27 0.0186 1.008 ; qtot 0.9334 28 HC 2 ILE HD2 28 0.0186 1.008 ; qtot 0.952 29 HC 2 ILE HD3 29 0.0186 1.008 ; qtot 0.9706 30 C 2 ILE C 30 0.5973 12.01 ; qtot 1.568 31 O 2 ILE O 31 -0.5679 16 ; qtot 1 ; residue 3 ASP rtp ASP q -1.0 32 N 3 ASP N 32 -0.5163 14.01 ; qtot 0.4837 33 H 3 ASP H 33 0.2936 1.008 ; qtot 0.7773 34 CT 3 ASP CA 34 0.0381 12.01 ; qtot 0.8154 35 H1 3 ASP HA 35 0.088 1.008 ; qtot 0.9034 36 CT 3 ASP CB 36 -0.0303 12.01 ; qtot 0.8731 37 HC 3 ASP HB1 37 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8609 38 HC 3 ASP HB2 38 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8487 39 C 3 ASP CG 39 0.7994 12.01 ; qtot 1.648 40 O2 3 ASP OD1 40 -0.8014 16 ; qtot 0.8467 41 O2 3 ASP OD2 41 -0.8014 16 ; qtot 0.0453 42 C 3 ASP C 42 0.5366 12.01 ; qtot 0.5819 43 O 3 ASP O 43 -0.5819 16 ; qtot 0 ; residue 4 ILE rtp ILE q 0.0 44 N 4 ILE N 44 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 45 H 4 ILE H 45 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 46 CT 4 ILE CA 46 -0.0597 12.01 ; qtot -0.2035 47 H1 4 ILE HA 47 0.0869 1.008 ; qtot -0.1166 48 CT 4 ILE CB 48 0.1303 12.01 ; qtot 0.0137 49 HC 4 ILE HB 49 0.0187 1.008 ; qtot 0.0324 50 CT 4 ILE CG2 50 -0.3204 12.01 ; qtot -0.288 51 HC 4 ILE HG21 51 0.0882 1.008 ; qtot -0.1998 52 HC 4 ILE HG22 52 0.0882 1.008 ; qtot -0.1116 53 HC 4 ILE HG23 53 0.0882 1.008 ; qtot -0.0234 54 CT 4 ILE CG1 54 -0.043 12.01 ; qtot -0.0664 55 HC 4 ILE HG11 55 0.0236 1.008 ; qtot -0.0428 56 HC 4 ILE HG12 56 0.0236 1.008 ; qtot -0.0192 57 CT 4 ILE CD 57 -0.066 12.01 ; qtot -0.0852 58 HC 4 ILE HD1 58 0.0186 1.008 ; qtot -0.0666 59 HC 4 ILE HD2 59 0.0186 1.008 ; qtot -0.048 60 HC 4 ILE HD3 60 0.0186 1.008 ; qtot -0.0294 61 C 4 ILE C 61 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 62 O 4 ILE O 62 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 5 LEU rtp LEU q 0.0 63 N 5 LEU N 63 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 64 H 5 LEU H 64 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 65 CT 5 LEU CA 65 -0.0518 12.01 ; qtot -0.1956 66 H1 5 LEU HA 66 0.0922 1.008 ; qtot -0.1034 67 CT 5 LEU CB 67 -0.1102 12.01 ; qtot -0.2136 68 HC 5 LEU HB1 68 0.0457 1.008 ; qtot -0.1679 69 HC 5 LEU HB2 69 0.0457 1.008 ; qtot -0.1222 70 CT 5 LEU CG 70 0.3531 12.01 ; qtot 0.2309 71 HC 5 LEU HG 71 -0.0361 1.008 ; qtot 0.1948 72 CT 5 LEU CD1 72 -0.4121 12.01 ; qtot -0.2173 73 HC 5 LEU HD11 73 0.1 1.008 ; qtot -0.1173 74 HC 5 LEU HD12 74 0.1 1.008 ; qtot -0.0173 75 HC 5 LEU HD13 75 0.1 1.008 ; qtot 0.0827 76 CT 5 LEU CD2 76 -0.4121 12.01 ; qtot -0.3294 77 HC 5 LEU HD21 77 0.1 1.008 ; qtot -0.2294 78 HC 5 LEU HD22 78 0.1 1.008 ; qtot -0.1294 79 HC 5 LEU HD23 79 0.1 1.008 ; qtot -0.0294 80 C 5 LEU C 80 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 81 O 5 LEU O 81 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 6 ASN rtp ASN q 0.0 82 N 6 ASN N 82 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 83 H 6 ASN H 83 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 84 CT 6 ASN CA 84 0.0143 12.01 ; qtot -0.1295 85 H1 6 ASN HA 85 0.1048 1.008 ; qtot -0.0247 86 CT 6 ASN CB 86 -0.2041 12.01 ; qtot -0.2288 87 HC 6 ASN HB1 87 0.0797 1.008 ; qtot -0.1491 88 HC 6 ASN HB2 88 0.0797 1.008 ; qtot -0.0694 89 C 6 ASN CG 89 0.713 12.01 ; qtot 0.6436 90 O 6 ASN OD1 90 -0.5931 16 ; qtot 0.0505 91 N 6 ASN ND2 91 -0.9191 14.01 ; qtot -0.8686 92 H 6 ASN HD21 92 0.4196 1.008 ; qtot -0.449 93 H 6 ASN HD22 93 0.4196 1.008 ; qtot -0.0294 94 C 6 ASN C 94 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 95 O 6 ASN O 95 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 7 ALA rtp ALA q 0.0 96 N 7 ALA N 96 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 97 H 7 ALA H 97 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 98 CT 7 ALA CA 98 0.0337 12.01 ; qtot -0.1101 99 H1 7 ALA HA 99 0.0823 1.008 ; qtot -0.0278 100 CT 7 ALA CB 100 -0.1825 12.01 ; qtot -0.2103 101 HC 7 ALA HB1 101 0.0603 1.008 ; qtot -0.15 102 HC 7 ALA HB2 102 0.0603 1.008 ; qtot -0.0897 103 HC 7 ALA HB3 103 0.0603 1.008 ; qtot -0.0294 104 C 7 ALA C 104 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 105 O 7 ALA O 105 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 8 ALA rtp ALA q 0.0 106 N 8 ALA N 106 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 107 H 8 ALA H 107 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 108 CT 8 ALA CA 108 0.0337 12.01 ; qtot -0.1101 109 H1 8 ALA HA 109 0.0823 1.008 ; qtot -0.0278 110 CT 8 ALA CB 110 -0.1825 12.01 ; qtot -0.2103 111 HC 8 ALA HB1 111 0.0603 1.008 ; qtot -0.15 112 HC 8 ALA HB2 112 0.0603 1.008 ; qtot -0.0897 113 HC 8 ALA HB3 113 0.0603 1.008 ; qtot -0.0294 114 C 8 ALA C 114 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 115 O 8 ALA O 115 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 9 ALA rtp ALA q 0.0 116 N 9 ALA N 116 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 117 H 9 ALA H 117 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 118 CT 9 ALA CA 118 0.0337 12.01 ; qtot -0.1101 119 H1 9 ALA HA 119 0.0823 1.008 ; qtot -0.0278 120 CT 9 ALA CB 120 -0.1825 12.01 ; qtot -0.2103 121 HC 9 ALA HB1 121 0.0603 1.008 ; qtot -0.15 122 HC 9 ALA HB2 122 0.0603 1.008 ; qtot -0.0897 123 HC 9 ALA HB3 123 0.0603 1.008 ; qtot -0.0294 124 C 9 ALA C 124 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 125 O 9 ALA O 125 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 10 ALA rtp ALA q 0.0 126 N 10 ALA N 126 -0.4157 14.01 ; qtot -0.4157 127 H 10 ALA H 127 0.2719 1.008 ; qtot -0.1438 128 CT 10 ALA CA 128 0.0337 12.01 ; qtot -0.1101 129 H1 10 ALA HA 129 0.0823 1.008 ; qtot -0.0278 130 CT 10 ALA CB 130 -0.1825 12.01 ; qtot -0.2103 131 HC 10 ALA HB1 131 0.0603 1.008 ; qtot -0.15 132 HC 10 ALA HB2 132 0.0603 1.008 ; qtot -0.0897 133 HC 10 ALA HB3 133 0.0603 1.008 ; qtot -0.0294 134 C 10 ALA C 134 0.5973 12.01 ; qtot 0.5679 135 O 10 ALA O 135 -0.5679 16 ; qtot 0 ; residue 11 ALA rtp CALA q -1.0 136 N 11 ALA N 136 -0.3821 14.01 ; qtot -0.3821 137 H 11 ALA H 137 0.2681 1.008 ; qtot -0.114 138 CT 11 ALA CA 138 -0.1747 12.01 ; qtot -0.2887 139 H1 11 ALA HA 139 0.1067 1.008 ; qtot -0.182 140 CT 11 ALA CB 140 -0.2093 12.01 ; qtot -0.3913 141 HC 11 ALA HB1 141 0.0764 1.008 ; qtot -0.3149 142 HC 11 ALA HB2 142 0.0764 1.008 ; qtot -0.2385 143 HC 11 ALA HB3 143 0.0764 1.008 ; qtot -0.1621 144 C 11 ALA C 144 0.7731 12.01 ; qtot 0.611 145 O2 11 ALA OC1 145 -0.8055 16 ; qtot -0.1945 146 O2 11 ALA OC2 146 -0.8055 16 ; qtot -1 [ bonds ] ; ai aj funct c0 c1 c2 c3 1 2 1 1 3 1 1 4 1 1 5 1 5 6 1 5 7 1 5 11 1 7 8 1 7 9 1 7 10 1 11 12 1 11 13 1 13 14 1 13 15 1 15 16 1 15 17 1 15 30 1 17 18 1 17 19 1 17 23 1 19 20 1 19 21 1 19 22 1 23 24 1 23 25 1 23 26 1 26 27 1 26 28 1 26 29 1 30 31 1 30 32 1 32 33 1 32 34 1 34 35 1 34 36 1 34 42 1 36 37 1 36 38 1 36 39 1 39 40 1 39 41 1 42 43 1 42 44 1 44 45 1 44 46 1 46 47 1 46 48 1 46 61 1 48 49 1 48 50 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