1ppt.top

;
;	File 'topol.top' was generated
;	By user: peastman (1000)
;	On host: System76
;	At date: Tue Apr  4 11:57:56 2023
;
;	This is a standalone topology file
;
;	Created by:
;	              :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2022.3-conda_forge (-:
;	
;	Executable:   /home/peastman/miniconda3/envs/cf/bin.AVX2_256/gmx
;	Data prefix:  /home/peastman/miniconda3/envs/cf
;	Working dir:  /home/peastman/temp4
;	Command line:
;	  gmx pdb2gmx -f 1ppt-fixed.pdb
;	Force field was read from the standard GROMACS share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "gromos54a7.ff/forcefield.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein_chain_A     3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
; residue   1 GLY rtp GLY  q +1.0
     1         NL      1    GLY      N      1      0.129    14.0067
     2          H      1    GLY     H1      1      0.248      1.008
     3          H      1    GLY     H2      1      0.248      1.008
     4          H      1    GLY     H3      1      0.248      1.008
     5        CH2      1    GLY     CA      2      0.127     14.027
     6          C      1    GLY      C      3       0.45     12.011
     7          O      1    GLY      O      3      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   2 PRO rtp PRO  q  0.0
     8          N      2    PRO      N      4          0    14.0067
     9        CH1      2    PRO     CA      5          0     13.019
    10       CH2r      2    PRO     CB      5          0     14.027
    11       CH2r      2    PRO     CG      6          0     14.027
    12       CH2r      2    PRO     CD      6          0     14.027
    13          C      2    PRO      C      7       0.45     12.011
    14          O      2    PRO      O      7      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   3 SER rtp SER  q  0.0
    15          N      3    SER      N      8      -0.31    14.0067
    16          H      3    SER      H      8       0.31      1.008
    17        CH1      3    SER     CA      9          0     13.019
    18        CH2      3    SER     CB     10      0.266     14.027
    19         OA      3    SER     OG     10     -0.674    15.9994
    20          H      3    SER     HG     10      0.408      1.008
    21          C      3    SER      C     11       0.45     12.011
    22          O      3    SER      O     11      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   4 GLN rtp GLN  q  0.0
    23          N      4    GLN      N     12      -0.31    14.0067
    24          H      4    GLN      H     12       0.31      1.008
    25        CH1      4    GLN     CA     13          0     13.019
    26        CH2      4    GLN     CB     13          0     14.027
    27        CH2      4    GLN     CG     13          0     14.027
    28          C      4    GLN     CD     14       0.29     12.011
    29          O      4    GLN    OE1     14      -0.45    15.9994
    30         NT      4    GLN    NE2     14      -0.72    14.0067
    31          H      4    GLN   HE21     14       0.44      1.008
    32          H      4    GLN   HE22     14       0.44      1.008
    33          C      4    GLN      C     15       0.45     12.011
    34          O      4    GLN      O     15      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   5 PRO rtp PRO  q  0.0
    35          N      5    PRO      N     16          0    14.0067
    36        CH1      5    PRO     CA     17          0     13.019
    37       CH2r      5    PRO     CB     17          0     14.027
    38       CH2r      5    PRO     CG     18          0     14.027
    39       CH2r      5    PRO     CD     18          0     14.027
    40          C      5    PRO      C     19       0.45     12.011
    41          O      5    PRO      O     19      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   6 THR rtp THR  q  0.0
    42          N      6    THR      N     20      -0.31    14.0067
    43          H      6    THR      H     20       0.31      1.008
    44        CH1      6    THR     CA     21          0     13.019
    45        CH1      6    THR     CB     22      0.266     13.019
    46         OA      6    THR    OG1     22     -0.674    15.9994
    47          H      6    THR    HG1     22      0.408      1.008
    48        CH3      6    THR    CG2     23          0     15.035
    49          C      6    THR      C     24       0.45     12.011
    50          O      6    THR      O     24      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   7 TYR rtp TYR  q  0.0
    51          N      7    TYR      N     25      -0.31    14.0067
    52          H      7    TYR      H     25       0.31      1.008
    53        CH1      7    TYR     CA     26          0     13.019
    54        CH2      7    TYR     CB     26          0     14.027
    55          C      7    TYR     CG     26          0     12.011
    56          C      7    TYR    CD1     27      -0.14     12.011
    57         HC      7    TYR    HD1     27       0.14      1.008
    58          C      7    TYR    CD2     28      -0.14     12.011
    59         HC      7    TYR    HD2     28       0.14      1.008
    60          C      7    TYR    CE1     29      -0.14     12.011
    61         HC      7    TYR    HE1     29       0.14      1.008
    62          C      7    TYR    CE2     30      -0.14     12.011
    63         HC      7    TYR    HE2     30       0.14      1.008
    64          C      7    TYR     CZ     31      0.203     12.011
    65         OA      7    TYR     OH     31     -0.611    15.9994
    66          H      7    TYR     HH     31      0.408      1.008
    67          C      7    TYR      C     32       0.45     12.011
    68          O      7    TYR      O     32      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   8 PRO rtp PRO  q  0.0
    69          N      8    PRO      N     33          0    14.0067
    70        CH1      8    PRO     CA     34          0     13.019
    71       CH2r      8    PRO     CB     34          0     14.027
    72       CH2r      8    PRO     CG     35          0     14.027
    73       CH2r      8    PRO     CD     35          0     14.027
    74          C      8    PRO      C     36       0.45     12.011
    75          O      8    PRO      O     36      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue   9 GLY rtp GLY  q  0.0
    76          N      9    GLY      N     37      -0.31    14.0067
    77          H      9    GLY      H     37       0.31      1.008
    78        CH2      9    GLY     CA     38          0     14.027
    79          C      9    GLY      C     39       0.45     12.011
    80          O      9    GLY      O     39      -0.45    15.9994   ; qtot 1
; residue  10 ASP rtp ASP  q -1.0
    81          N     10    ASP      N     40      -0.31    14.0067
    82          H     10    ASP      H     40       0.31      1.008
    83        CH1     10    ASP     CA     41          0     13.019
    84        CH2     10    ASP     CB     41          0     14.027
    85          C     10    ASP     CG     42       0.27     12.011
    86         OM     10    ASP    OD1     42     -0.635    15.9994
    87         OM     10    ASP    OD2     42     -0.635    15.9994
    88          C     10    ASP      C     43       0.45     12.011
    89          O     10    ASP      O     43      -0.45    15.9994   ; qtot 0
; residue  11 ASP rtp ASP  q -1.0
    90          N     11    ASP      N     44      -0.31    14.0067
    91          H     11    ASP      H     44       0.31      1.008
    92        CH1     11    ASP     CA     45          0     13.019
    93        CH2     11    ASP     CB     45          0     14.027
    94          C     11    ASP     CG     46       0.27     12.011
    95         OM     11    ASP    OD1     46     -0.635    15.9994
    96         OM     11    ASP    OD2     46     -0.635    15.9994
    97          C     11    ASP      C     47       0.45     12.011
    98          O     11    ASP      O     47      -0.45    15.9994   ; qtot -1
; residue  12 ALA rtp ALA  q  0.0
    99          N     12    ALA      N     48      -0.31    14.0067
   100          H     12    ALA      H     48       0.31      1.008
   101        CH1     12    ALA     CA     49          0     13.019
   102        CH3     12    ALA     CB     49          0     15.035
   103          C     12    ALA      C     50       0.45     12.011
   104          O     12    ALA      O     50      -0.45    15.9994   ; qtot -1
; residue  13 PRO rtp PRO  q  0.0
   105          N     13    PRO      N     51          0    14.0067
   106        CH1     13    PRO     CA     52          0     13.019
   107       CH2r     13    PRO     CB     52          0     14.027
   108       CH2r     13    PRO     CG     53          0     14.027
   109       CH2r     13    PRO     CD     53          0     14.027
   110          C     13    PRO      C     54       0.45     12.011
   111          O     13    PRO      O     54      -0.45    15.9994   ; qtot -1
; residue  14 VAL rtp VAL  q  0.0
   112          N     14    VAL      N     55      -0.31    14.0067
   113          H     14    VAL      H     55       0.31      1.008
   114        CH1     14    VAL     CA     56          0     13.019
   115        CH1     14    VAL     CB     56          0     13.019
   116        CH3     14    VAL    CG1     56          0     15.035
   117        CH3     14    VAL    CG2     56          0     15.035
   118          C     14    VAL      C     57       0.45     12.011
   119          O     14    VAL      O     57      -0.45    15.9994   ; qtot -1
; residue  15 GLU rtp GLU  q -1.0
   120          N     15    GLU      N     58      -0.31    14.0067
   121          H     15    GLU      H     58       0.31      1.008
   122        CH1     15    GLU     CA     59          0     13.019
   123        CH2     15    GLU     CB     59          0     14.027
   124        CH2     15    GLU     CG     59          0     14.027
   125          C     15    GLU     CD     60       0.27     12.011
   126         OM     15    GLU    OE1     60     -0.635    15.9994
   127         OM     15    GLU    OE2     60     -0.635    15.9994
   128          C     15    GLU      C     61       0.45     12.011
   129          O     15    GLU      O     61      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  16 ASP rtp ASP  q -1.0
   130          N     16    ASP      N     62      -0.31    14.0067
   131          H     16    ASP      H     62       0.31      1.008
   132        CH1     16    ASP     CA     63          0     13.019
   133        CH2     16    ASP     CB     63          0     14.027
   134          C     16    ASP     CG     64       0.27     12.011
   135         OM     16    ASP    OD1     64     -0.635    15.9994
   136         OM     16    ASP    OD2     64     -0.635    15.9994
   137          C     16    ASP      C     65       0.45     12.011
   138          O     16    ASP      O     65      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  17 LEU rtp LEU  q  0.0
   139          N     17    LEU      N     66      -0.31    14.0067
   140          H     17    LEU      H     66       0.31      1.008
   141        CH1     17    LEU     CA     67          0     13.019
   142        CH2     17    LEU     CB     67          0     14.027
   143        CH1     17    LEU     CG     68          0     13.019
   144        CH3     17    LEU    CD1     68          0     15.035
   145        CH3     17    LEU    CD2     68          0     15.035
   146          C     17    LEU      C     69       0.45     12.011
   147          O     17    LEU      O     69      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  18 ILE rtp ILE  q  0.0
   148          N     18    ILE      N     70      -0.31    14.0067
   149          H     18    ILE      H     70       0.31      1.008
   150        CH1     18    ILE     CA     71          0     13.019
   151        CH1     18    ILE     CB     72          0     13.019
   152        CH2     18    ILE    CG1     72          0     14.027
   153        CH3     18    ILE    CG2     72          0     15.035
   154        CH3     18    ILE     CD     72          0     15.035
   155          C     18    ILE      C     73       0.45     12.011
   156          O     18    ILE      O     73      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  19 ARG rtp ARG  q +1.0
   157          N     19    ARG      N     74      -0.31    14.0067
   158          H     19    ARG      H     74       0.31      1.008
   159        CH1     19    ARG     CA     75          0     13.019
   160        CH2     19    ARG     CB     75          0     14.027
   161        CH2     19    ARG     CG     75          0     14.027
   162        CH2     19    ARG     CD     76       0.09     14.027
   163         NE     19    ARG     NE     76      -0.11    14.0067
   164          H     19    ARG     HE     76       0.24      1.008
   165          C     19    ARG     CZ     76       0.34     12.011
   166         NZ     19    ARG    NH1     76      -0.26    14.0067
   167          H     19    ARG   HH11     76       0.24      1.008
   168          H     19    ARG   HH12     76       0.24      1.008
   169         NZ     19    ARG    NH2     76      -0.26    14.0067
   170          H     19    ARG   HH21     76       0.24      1.008
   171          H     19    ARG   HH22     76       0.24      1.008
   172          C     19    ARG      C     77       0.45     12.011
   173          O     19    ARG      O     77      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  20 PHE rtp PHE  q  0.0
   174          N     20    PHE      N     78      -0.31    14.0067
   175          H     20    PHE      H     78       0.31      1.008
   176        CH1     20    PHE     CA     79          0     13.019
   177        CH2     20    PHE     CB     79          0     14.027
   178          C     20    PHE     CG     79          0     12.011
   179          C     20    PHE    CD1     80      -0.14     12.011
   180         HC     20    PHE    HD1     80       0.14      1.008
   181          C     20    PHE    CD2     81      -0.14     12.011
   182         HC     20    PHE    HD2     81       0.14      1.008
   183          C     20    PHE    CE1     82      -0.14     12.011
   184         HC     20    PHE    HE1     82       0.14      1.008
   185          C     20    PHE    CE2     83      -0.14     12.011
   186         HC     20    PHE    HE2     83       0.14      1.008
   187          C     20    PHE     CZ     84      -0.14     12.011
   188         HC     20    PHE     HZ     84       0.14      1.008
   189          C     20    PHE      C     85       0.45     12.011
   190          O     20    PHE      O     85      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  21 TYR rtp TYR  q  0.0
   191          N     21    TYR      N     86      -0.31    14.0067
   192          H     21    TYR      H     86       0.31      1.008
   193        CH1     21    TYR     CA     87          0     13.019
   194        CH2     21    TYR     CB     87          0     14.027
   195          C     21    TYR     CG     87          0     12.011
   196          C     21    TYR    CD1     88      -0.14     12.011
   197         HC     21    TYR    HD1     88       0.14      1.008
   198          C     21    TYR    CD2     89      -0.14     12.011
   199         HC     21    TYR    HD2     89       0.14      1.008
   200          C     21    TYR    CE1     90      -0.14     12.011
   201         HC     21    TYR    HE1     90       0.14      1.008
   202          C     21    TYR    CE2     91      -0.14     12.011
   203         HC     21    TYR    HE2     91       0.14      1.008
   204          C     21    TYR     CZ     92      0.203     12.011
   205         OA     21    TYR     OH     92     -0.611    15.9994
   206          H     21    TYR     HH     92      0.408      1.008
   207          C     21    TYR      C     93       0.45     12.011
   208          O     21    TYR      O     93      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  22 ASP rtp ASP  q -1.0
   209          N     22    ASP      N     94      -0.31    14.0067
   210          H     22    ASP      H     94       0.31      1.008
   211        CH1     22    ASP     CA     95          0     13.019
   212        CH2     22    ASP     CB     95          0     14.027
   213          C     22    ASP     CG     96       0.27     12.011
   214         OM     22    ASP    OD1     96     -0.635    15.9994
   215         OM     22    ASP    OD2     96     -0.635    15.9994
   216          C     22    ASP      C     97       0.45     12.011
   217          O     22    ASP      O     97      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  23 ASN rtp ASN  q  0.0
   218          N     23    ASN      N     98      -0.31    14.0067
   219          H     23    ASN      H     98       0.31      1.008
   220        CH1     23    ASN     CA     99          0     13.019
   221        CH2     23    ASN     CB     99          0     14.027
   222          C     23    ASN     CG    100       0.29     12.011
   223          O     23    ASN    OD1    100      -0.45    15.9994
   224         NT     23    ASN    ND2    100      -0.72    14.0067
   225          H     23    ASN   HD21    100       0.44      1.008
   226          H     23    ASN   HD22    100       0.44      1.008
   227          C     23    ASN      C    101       0.45     12.011
   228          O     23    ASN      O    101      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  24 LEU rtp LEU  q  0.0
   229          N     24    LEU      N    102      -0.31    14.0067
   230          H     24    LEU      H    102       0.31      1.008
   231        CH1     24    LEU     CA    103          0     13.019
   232        CH2     24    LEU     CB    103          0     14.027
   233        CH1     24    LEU     CG    104          0     13.019
   234        CH3     24    LEU    CD1    104          0     15.035
   235        CH3     24    LEU    CD2    104          0     15.035
   236          C     24    LEU      C    105       0.45     12.011
   237          O     24    LEU      O    105      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  25 GLN rtp GLN  q  0.0
   238          N     25    GLN      N    106      -0.31    14.0067
   239          H     25    GLN      H    106       0.31      1.008
   240        CH1     25    GLN     CA    107          0     13.019
   241        CH2     25    GLN     CB    107          0     14.027
   242        CH2     25    GLN     CG    107          0     14.027
   243          C     25    GLN     CD    108       0.29     12.011
   244          O     25    GLN    OE1    108      -0.45    15.9994
   245         NT     25    GLN    NE2    108      -0.72    14.0067
   246          H     25    GLN   HE21    108       0.44      1.008
   247          H     25    GLN   HE22    108       0.44      1.008
   248          C     25    GLN      C    109       0.45     12.011
   249          O     25    GLN      O    109      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  26 GLN rtp GLN  q  0.0
   250          N     26    GLN      N    110      -0.31    14.0067
   251          H     26    GLN      H    110       0.31      1.008
   252        CH1     26    GLN     CA    111          0     13.019
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   254        CH2     26    GLN     CG    111          0     14.027
   255          C     26    GLN     CD    112       0.29     12.011
   256          O     26    GLN    OE1    112      -0.45    15.9994
   257         NT     26    GLN    NE2    112      -0.72    14.0067
   258          H     26    GLN   HE21    112       0.44      1.008
   259          H     26    GLN   HE22    112       0.44      1.008
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   261          O     26    GLN      O    113      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  27 TYR rtp TYR  q  0.0
   262          N     27    TYR      N    114      -0.31    14.0067
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   264        CH1     27    TYR     CA    115          0     13.019
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; residue  28 LEU rtp LEU  q  0.0
   280          N     28    LEU      N    122      -0.31    14.0067
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; residue  29 ASN rtp ASN  q  0.0
   289          N     29    ASN      N    126      -0.31    14.0067
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   298          C     29    ASN      C    129       0.45     12.011
   299          O     29    ASN      O    129      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  30 VAL rtp VAL  q  0.0
   300          N     30    VAL      N    130      -0.31    14.0067
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; residue  31 VAL rtp VAL  q  0.0
   308          N     31    VAL      N    133      -0.31    14.0067
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   314          C     31    VAL      C    135       0.45     12.011
   315          O     31    VAL      O    135      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  32 THR rtp THR  q  0.0
   316          N     32    THR      N    136      -0.31    14.0067
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   320         OA     32    THR    OG1    138     -0.674    15.9994
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   322        CH3     32    THR    CG2    139          0     15.035
   323          C     32    THR      C    140       0.45     12.011
   324          O     32    THR      O    140      -0.45    15.9994   ; qtot -3
; residue  33 ARG rtp ARG  q +1.0
   325          N     33    ARG      N    141      -0.31    14.0067
   326          H     33    ARG      H    141       0.31      1.008
   327        CH1     33    ARG     CA    142          0     13.019
   328        CH2     33    ARG     CB    142          0     14.027
   329        CH2     33    ARG     CG    142          0     14.027
   330        CH2     33    ARG     CD    143       0.09     14.027
   331         NE     33    ARG     NE    143      -0.11    14.0067
   332          H     33    ARG     HE    143       0.24      1.008
   333          C     33    ARG     CZ    143       0.34     12.011
   334         NZ     33    ARG    NH1    143      -0.26    14.0067
   335          H     33    ARG   HH11    143       0.24      1.008
   336          H     33    ARG   HH12    143       0.24      1.008
   337         NZ     33    ARG    NH2    143      -0.26    14.0067
   338          H     33    ARG   HH21    143       0.24      1.008
   339          H     33    ARG   HH22    143       0.24      1.008
   340          C     33    ARG      C    144       0.45     12.011
   341          O     33    ARG      O    144      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  34 HIS rtp HISB q  0.0
   342          N     34    HIS      N    145      -0.31    14.0067
   343          H     34    HIS      H    145       0.31      1.008
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   347         NR     34    HIS    ND1    147      -0.54    14.0067
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   351         HC     34    HIS    HE1    147       0.14      1.008
   352         NR     34    HIS    NE2    147      -0.05    14.0067
   353          H     34    HIS    HE2    147       0.31      1.008
   354          C     34    HIS      C    148       0.45     12.011
   355          O     34    HIS      O    148      -0.45    15.9994   ; qtot -2
; residue  35 ARG rtp ARG  q +1.0
   356          N     35    ARG      N    149      -0.31    14.0067
   357          H     35    ARG      H    149       0.31      1.008
   358        CH1     35    ARG     CA    150          0     13.019
   359        CH2     35    ARG     CB    150          0     14.027
   360        CH2     35    ARG     CG    150          0     14.027
   361        CH2     35    ARG     CD    151       0.09     14.027
   362         NE     35    ARG     NE    151      -0.11    14.0067
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   364          C     35    ARG     CZ    151       0.34     12.011
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[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
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  332   331   333     2    ga_23
  331   333   334     2    ga_28
  331   333   337     2    ga_28
  334   333   337     2    ga_28
  333   334   335     2    ga_23
  333   334   336     2    ga_23
  335   334   336     2    ga_24
  333   337   338     2    ga_23
  333   337   339     2    ga_23
  338   337   339     2    ga_24
  327   340   341     2    ga_30
  327   340   342     2    ga_19
  341   340   342     2    ga_33
  340   342   343     2    ga_32
  340   342   344     2    ga_31
  343   342   344     2    ga_18
  342   344   345     2    ga_13
  342   344   354     2    ga_13
  345   344   354     2    ga_13
  344   345   346     2    ga_15
  345   346   347     2    ga_37
  345   346   348     2    ga_37
  347   346   348     2    ga_7
  346   347   350     2    ga_7
  346   348   349     2    ga_36
  346   348   352     2    ga_7
  349   348   352     2    ga_36
  347   350   351     2    ga_36
  347   350   352     2    ga_7
  351   350   352     2    ga_36
  348   352   350     2    ga_7
  348   352   353     2    ga_36
  350   352   353     2    ga_36
  344   354   355     2    ga_30
  344   354   356     2    ga_19
  355   354   356     2    ga_33
  354   356   357     2    ga_32
  354   356   358     2    ga_31
  357   356   358     2    ga_18
  356   358   359     2    ga_13
  356   358   371     2    ga_13
  359   358   371     2    ga_13
  358   359   360     2    ga_15
  359   360   361     2    ga_15
  360   361   362     2    ga_13
  361   362   363     2    ga_20
  361   362   364     2    ga_33
  363   362   364     2    ga_23
  362   364   365     2    ga_28
  362   364   368     2    ga_28
  365   364   368     2    ga_28
  364   365   366     2    ga_23
  364   365   367     2    ga_23
  366   365   367     2    ga_24
  364   368   369     2    ga_23
  364   368   370     2    ga_23
  369   368   370     2    ga_24
  358   371   372     2    ga_30
  358   371   373     2    ga_19
  372   371   373     2    ga_33
  371   373   374     2    ga_32
  371   373   375     2    ga_31
  374   373   375     2    ga_18
  373   375   376     2    ga_13
  373   375   389     2    ga_13
  376   375   389     2    ga_13
  375   376   377     2    ga_15
  376   377   378     2    ga_27
  376   377   380     2    ga_27
  378   377   380     2    ga_27
  377   378   379     2    ga_25
  377   378   382     2    ga_27
  379   378   382     2    ga_25
  377   380   381     2    ga_25
  377   380   384     2    ga_27
  381   380   384     2    ga_25
  378   382   383     2    ga_25
  378   382   386     2    ga_27
  383   382   386     2    ga_25
  380   384   385     2    ga_25
  380   384   386     2    ga_27
  385   384   386     2    ga_25
  382   386   384     2    ga_27
  382   386   387     2    ga_27
  384   386   387     2    ga_27
  386   387   388     2    ga_12
  375   389   390     2    ga_22
  375   389   391     2    ga_22
  390   389   391     2    ga_38

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    2     1     5     6     1    gd_39
    1     5     6     8     1    gd_42
    1     5     6     8     1    gd_45
    5     6     8     9     1    gd_14
    6     8     9    13     1    gd_43
    6     8     9    13     1    gd_44
    9     8    12    11     1    gd_39
    8     9    10    11     1    gd_34
    8     9    13    15     1    gd_42
    8     9    13    15     1    gd_45
    9    10    11    12     1    gd_34
   10    11    12     8     1    gd_34
    9    13    15    17     1    gd_14
   13    15    17    21     1    gd_43
   13    15    17    21     1    gd_44
   15    17    18    19     1    gd_34
   15    17    21    23     1    gd_42
   15    17    21    23     1    gd_45
   17    18    19    20     1    gd_23
   17    21    23    25     1    gd_14
   21    23    25    33     1    gd_43
   21    23    25    33     1    gd_44
   23    25    26    27     1    gd_34
   23    25    33    35     1    gd_42
   23    25    33    35     1    gd_45
   25    26    27    28     1    gd_34
   26    27    28    30     1    gd_40
   27    28    30    31     1    gd_14
   25    33    35    36     1    gd_14
   33    35    36    40     1    gd_43
   33    35    36    40     1    gd_44
   36    35    39    38     1    gd_39
   35    36    37    38     1    gd_34
   35    36    40    42     1    gd_42
   35    36    40    42     1    gd_45
   36    37    38    39     1    gd_34
   37    38    39    35     1    gd_34
   36    40    42    44     1    gd_14
   40    42    44    49     1    gd_43
   40    42    44    49     1    gd_44
   42    44    45    46     1    gd_34
   42    44    49    51     1    gd_42
   42    44    49    51     1    gd_45
   44    45    46    47     1    gd_23
   44    49    51    53     1    gd_14
   49    51    53    67     1    gd_43
   49    51    53    67     1    gd_44
   51    53    54    55     1    gd_34
   51    53    67    69     1    gd_42
   51    53    67    69     1    gd_45
   53    54    55    56     1    gd_40
   60    64    65    66     1    gd_11
   53    67    69    70     1    gd_14
   67    69    70    74     1    gd_43
   67    69    70    74     1    gd_44
   70    69    73    72     1    gd_39
   69    70    71    72     1    gd_34
   69    70    74    76     1    gd_42
   69    70    74    76     1    gd_45
   70    71    72    73     1    gd_34
   71    72    73    69     1    gd_34
   70    74    76    78     1    gd_14
   74    76    78    79     1    gd_43
   74    76    78    79     1    gd_44
   76    78    79    81     1    gd_42
   76    78    79    81     1    gd_45
   78    79    81    83     1    gd_14
   79    81    83    88     1    gd_43
   79    81    83    88     1    gd_44
   81    83    84    85     1    gd_34
   81    83    88    90     1    gd_42
   81    83    88    90     1    gd_45
   83    84    85    86     1    gd_40
   83    88    90    92     1    gd_14
   88    90    92    97     1    gd_43
   88    90    92    97     1    gd_44
   90    92    93    94     1    gd_34
   90    92    97    99     1    gd_42
   90    92    97    99     1    gd_45
   92    93    94    95     1    gd_40
   92    97    99   101     1    gd_14
   97    99   101   103     1    gd_43
   97    99   101   103     1    gd_44
   99   101   103   105     1    gd_42
   99   101   103   105     1    gd_45
  101   103   105   106     1    gd_14
  103   105   106   110     1    gd_43
  103   105   106   110     1    gd_44
  106   105   109   108     1    gd_39
  105   106   107   108     1    gd_34
  105   106   110   112     1    gd_42
  105   106   110   112     1    gd_45
  106   107   108   109     1    gd_34
  107   108   109   105     1    gd_34
  106   110   112   114     1    gd_14
  110   112   114   118     1    gd_43
  110   112   114   118     1    gd_44
  112   114   115   116     1    gd_34
  112   114   118   120     1    gd_42
  112   114   118   120     1    gd_45
  114   118   120   122     1    gd_14
  118   120   122   128     1    gd_43
  118   120   122   128     1    gd_44
  120   122   123   124     1    gd_34
  120   122   128   130     1    gd_42
  120   122   128   130     1    gd_45
  122   123   124   125     1    gd_34
  123   124   125   127     1    gd_40
  122   128   130   132     1    gd_14
  128   130   132   137     1    gd_43
  128   130   132   137     1    gd_44
  130   132   133   134     1    gd_34
  130   132   137   139     1    gd_42
  130   132   137   139     1    gd_45
  132   133   134   135     1    gd_40
  132   137   139   141     1    gd_14
  137   139   141   146     1    gd_43
  137   139   141   146     1    gd_44
  139   141   142   143     1    gd_34
  139   141   146   148     1    gd_42
  139   141   146   148     1    gd_45
  141   142   143   144     1    gd_34
  141   146   148   150     1    gd_14
  146   148   150   155     1    gd_43
  146   148   150   155     1    gd_44
  148   150   151   152     1    gd_34
  148   150   155   157     1    gd_42
  148   150   155   157     1    gd_45
  150   151   152   154     1    gd_34
  150   155   157   159     1    gd_14
  155   157   159   172     1    gd_43
  155   157   159   172     1    gd_44
  157   159   160   161     1    gd_34
  157   159   172   174     1    gd_42
  157   159   172   174     1    gd_45
  159   160   161   162     1    gd_34
  160   161   162   163     1    gd_34
  161   162   163   165     1    gd_39
  162   163   165   166     1    gd_14
  163   165   166   167     1    gd_14
  163   165   169   170     1    gd_14
  159   172   174   176     1    gd_14
  172   174   176   189     1    gd_43
  172   174   176   189     1    gd_44
  174   176   177   178     1    gd_34
  174   176   189   191     1    gd_42
  174   176   189   191     1    gd_45
  176   177   178   179     1    gd_40
  176   189   191   193     1    gd_14
  189   191   193   207     1    gd_43
  189   191   193   207     1    gd_44
  191   193   194   195     1    gd_34
  191   193   207   209     1    gd_42
  191   193   207   209     1    gd_45
  193   194   195   196     1    gd_40
  200   204   205   206     1    gd_11
  193   207   209   211     1    gd_14
  207   209   211   216     1    gd_43
  207   209   211   216     1    gd_44
  209   211   212   213     1    gd_34
  209   211   216   218     1    gd_42
  209   211   216   218     1    gd_45
  211   212   213   214     1    gd_40
  211   216   218   220     1    gd_14
  216   218   220   227     1    gd_43
  216   218   220   227     1    gd_44
  218   220   221   222     1    gd_34
  218   220   227   229     1    gd_42
  218   220   227   229     1    gd_45
  220   221   222   224     1    gd_40
  221   222   224   225     1    gd_14
  220   227   229   231     1    gd_14
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  229   231   236   238     1    gd_45
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  236   238   240   248     1    gd_44
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  238   240   248   250     1    gd_45
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  241   242   243   245     1    gd_40
  242   243   245   246     1    gd_14
  240   248   250   252     1    gd_14
  248   250   252   260     1    gd_43
  248   250   252   260     1    gd_44
  250   252   253   254     1    gd_34
  250   252   260   262     1    gd_42
  250   252   260   262     1    gd_45
  252   253   254   255     1    gd_34
  253   254   255   257     1    gd_40
  254   255   257   258     1    gd_14
  252   260   262   264     1    gd_14
  260   262   264   278     1    gd_43
  260   262   264   278     1    gd_44
  262   264   265   266     1    gd_34
  262   264   278   280     1    gd_42
  262   264   278   280     1    gd_45
  264   265   266   267     1    gd_40
  271   275   276   277     1    gd_11
  264   278   280   282     1    gd_14
  278   280   282   287     1    gd_43
  278   280   282   287     1    gd_44
  280   282   283   284     1    gd_34
  280   282   287   289     1    gd_42
  280   282   287   289     1    gd_45
  282   283   284   285     1    gd_34
  282   287   289   291     1    gd_14
  287   289   291   298     1    gd_43
  287   289   291   298     1    gd_44
  289   291   292   293     1    gd_34
  289   291   298   300     1    gd_42
  289   291   298   300     1    gd_45
  291   292   293   295     1    gd_40
  292   293   295   296     1    gd_14
  291   298   300   302     1    gd_14
  298   300   302   306     1    gd_43
  298   300   302   306     1    gd_44
  300   302   303   304     1    gd_34
  300   302   306   308     1    gd_42
  300   302   306   308     1    gd_45
  302   306   308   310     1    gd_14
  306   308   310   314     1    gd_43
  306   308   310   314     1    gd_44
  308   310   311   312     1    gd_34
  308   310   314   316     1    gd_42
  308   310   314   316     1    gd_45
  310   314   316   318     1    gd_14
  314   316   318   323     1    gd_43
  314   316   318   323     1    gd_44
  316   318   319   320     1    gd_34
  316   318   323   325     1    gd_42
  316   318   323   325     1    gd_45
  318   319   320   321     1    gd_23
  318   323   325   327     1    gd_14
  323   325   327   340     1    gd_43
  323   325   327   340     1    gd_44
  325   327   328   329     1    gd_34
  325   327   340   342     1    gd_42
  325   327   340   342     1    gd_45
  327   328   329   330     1    gd_34
  328   329   330   331     1    gd_34
  329   330   331   333     1    gd_39
  330   331   333   334     1    gd_14
  331   333   334   335     1    gd_14
  331   333   337   338     1    gd_14
  327   340   342   344     1    gd_14
  340   342   344   354     1    gd_43
  340   342   344   354     1    gd_44
  342   344   345   346     1    gd_34
  342   344   354   356     1    gd_42
  342   344   354   356     1    gd_45
  344   345   346   347     1    gd_40
  344   354   356   358     1    gd_14
  354   356   358   371     1    gd_43
  354   356   358   371     1    gd_44
  356   358   359   360     1    gd_34
  356   358   371   373     1    gd_42
  356   358   371   373     1    gd_45
  358   359   360   361     1    gd_34
  359   360   361   362     1    gd_34
  360   361   362   364     1    gd_39
  361   362   364   365     1    gd_14
  362   364   365   366     1    gd_14
  362   364   368   369     1    gd_14
  358   371   373   375     1    gd_14
  371   373   375   389     1    gd_43
  371   373   375   389     1    gd_44
  373   375   376   377     1    gd_34
  373   375   389   391     1    gd_42
  373   375   389   391     1    gd_45
  375   376   377   378     1    gd_40
  382   386   387   388     1    gd_11

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    6     5     8     7     2    gi_1
    8     6     9    12     2    gi_1
    9     8    13    10     2    gi_2
   13     9    15    14     2    gi_1
   15    13    17    16     2    gi_1
   17    15    21    18     2    gi_2
   21    17    23    22     2    gi_1
   23    21    25    24     2    gi_1
   25    23    33    26     2    gi_2
   27    30    29    28     2    gi_1
   28    32    31    30     2    gi_1
   33    25    35    34     2    gi_1
   35    33    36    39     2    gi_1
   36    35    40    37     2    gi_2
   40    36    42    41     2    gi_1
   42    40    44    43     2    gi_1
   44    42    49    45     2    gi_2
   44    48    46    45     2    gi_2
   49    44    51    50     2    gi_1
   51    49    53    52     2    gi_1
   53    51    67    54     2    gi_2
   54    58    56    55     2    gi_1
   55    56    60    64     2    gi_1
   55    58    62    64     2    gi_1
   56    55    60    57     2    gi_1
   56    55    58    62     2    gi_1
   56    60    64    62     2    gi_1
   58    55    62    59     2    gi_1
   58    55    56    60     2    gi_1
   58    62    64    60     2    gi_1
   60    64    56    61     2    gi_1
   62    64    58    63     2    gi_1
   64    60    62    65     2    gi_1
   67    53    69    68     2    gi_1
   69    67    70    73     2    gi_1
   70    69    74    71     2    gi_2
   74    70    76    75     2    gi_1
   76    74    78    77     2    gi_1
   79    78    81    80     2    gi_1
   81    79    83    82     2    gi_1
   83    81    88    84     2    gi_2
   84    87    86    85     2    gi_1
   88    83    90    89     2    gi_1
   90    88    92    91     2    gi_1
   92    90    97    93     2    gi_2
   93    96    95    94     2    gi_1
   97    92    99    98     2    gi_1
   99    97   101   100     2    gi_1
  101    99   103   102     2    gi_2
  103   101   105   104     2    gi_1
  105   103   106   109     2    gi_1
  106   105   110   107     2    gi_2
  110   106   112   111     2    gi_1
  112   110   114   113     2    gi_1
  114   112   118   115     2    gi_2
  114   116   117   115     2    gi_2
  118   114   120   119     2    gi_1
  120   118   122   121     2    gi_1
  122   120   128   123     2    gi_2
  124   127   126   125     2    gi_1
  128   122   130   129     2    gi_1
  130   128   132   131     2    gi_1
  132   130   137   133     2    gi_2
  133   136   135   134     2    gi_1
  137   132   139   138     2    gi_1
  139   137   141   140     2    gi_1
  141   139   146   142     2    gi_2
  142   144   145   143     2    gi_2
  146   141   148   147     2    gi_1
  148   146   150   149     2    gi_1
  150   148   155   151     2    gi_2
  150   153   152   151     2    gi_2
  155   150   157   156     2    gi_1
  157   155   159   158     2    gi_1
  159   157   172   160     2    gi_2
  163   162   165   164     2    gi_1
  163   169   166   165     2    gi_1
  165   168   167   166     2    gi_1
  165   171   170   169     2    gi_1
  172   159   174   173     2    gi_1
  174   172   176   175     2    gi_1
  176   174   189   177     2    gi_2
  177   181   179   178     2    gi_1
  178   179   183   187     2    gi_1
  178   181   185   187     2    gi_1
  179   178   183   180     2    gi_1
  179   178   181   185     2    gi_1
  179   183   187   185     2    gi_1
  181   178   185   182     2    gi_1
  181   178   179   183     2    gi_1
  181   185   187   183     2    gi_1
  183   187   179   184     2    gi_1
  185   187   181   186     2    gi_1
  187   183   185   188     2    gi_1
  189   176   191   190     2    gi_1
  191   189   193   192     2    gi_1
  193   191   207   194     2    gi_2
  194   198   196   195     2    gi_1
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  195   198   202   204     2    gi_1
  196   195   200   197     2    gi_1
  196   195   198   202     2    gi_1
  196   200   204   202     2    gi_1
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  198   195   196   200     2    gi_1
  198   202   204   200     2    gi_1
  200   204   196   201     2    gi_1
  202   204   198   203     2    gi_1
  204   200   202   205     2    gi_1
  207   193   209   208     2    gi_1
  209   207   211   210     2    gi_1
  211   209   216   212     2    gi_2
  212   215   214   213     2    gi_1
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  218   216   220   219     2    gi_1
  220   218   227   221     2    gi_2
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  255   259   258   257     2    gi_1
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  264   262   278   265     2    gi_2
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  266   267   271   275     2    gi_1
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  267   271   275   273     2    gi_1
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  300   298   302   301     2    gi_1
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  316   314   318   317     2    gi_1
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  331   337   334   333     2    gi_1
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  347   350   352   348     2    gi_1
  347   346   348   352     2    gi_1
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  350   347   352   351     2    gi_1
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  364   367   366   365     2    gi_1
  364   370   369   368     2    gi_1
  371   358   373   372     2    gi_1
  373   371   375   374     2    gi_1
  375   373   389   376     2    gi_2
  376   380   378   377     2    gi_1
  377   378   382   386     2    gi_1
  377   380   384   386     2    gi_1
  378   377   382   379     2    gi_1
  378   377   380   384     2    gi_1
  378   382   386   384     2    gi_1
  380   377   384   381     2    gi_1
  380   377   378   382     2    gi_1
  380   384   386   382     2    gi_1
  382   386   378   383     2    gi_1
  384   386   380   385     2    gi_1
  386   382   384   387     2    gi_1
  389   375   391   390     2    gi_1

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "gromos54a7.ff/spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "gromos54a7.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1