; ; File 'topol.top' was generated ; By user: peastman (1000) ; On host: System76 ; At date: Tue Apr 4 11:57:56 2023 ; ; This is a standalone topology file ; ; Created by: ; :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2022.3-conda_forge (-: ; ; Executable: /home/peastman/miniconda3/envs/cf/bin.AVX2_256/gmx ; Data prefix: /home/peastman/miniconda3/envs/cf ; Working dir: /home/peastman/temp4 ; Command line: ; gmx pdb2gmx -f 1ppt-fixed.pdb ; Force field was read from the standard GROMACS share directory. ; ; Include forcefield parameters #include "gromos54a7.ff/forcefield.itp" [ moleculetype ] ; Name nrexcl Protein_chain_A 3 [ atoms ] ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB ; residue 1 GLY rtp GLY q +1.0 1 NL 1 GLY N 1 0.129 14.0067 2 H 1 GLY H1 1 0.248 1.008 3 H 1 GLY H2 1 0.248 1.008 4 H 1 GLY H3 1 0.248 1.008 5 CH2 1 GLY CA 2 0.127 14.027 6 C 1 GLY C 3 0.45 12.011 7 O 1 GLY O 3 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 2 PRO rtp PRO q 0.0 8 N 2 PRO N 4 0 14.0067 9 CH1 2 PRO CA 5 0 13.019 10 CH2r 2 PRO CB 5 0 14.027 11 CH2r 2 PRO CG 6 0 14.027 12 CH2r 2 PRO CD 6 0 14.027 13 C 2 PRO C 7 0.45 12.011 14 O 2 PRO O 7 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 3 SER rtp SER q 0.0 15 N 3 SER N 8 -0.31 14.0067 16 H 3 SER H 8 0.31 1.008 17 CH1 3 SER CA 9 0 13.019 18 CH2 3 SER CB 10 0.266 14.027 19 OA 3 SER OG 10 -0.674 15.9994 20 H 3 SER HG 10 0.408 1.008 21 C 3 SER C 11 0.45 12.011 22 O 3 SER O 11 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 4 GLN rtp GLN q 0.0 23 N 4 GLN N 12 -0.31 14.0067 24 H 4 GLN H 12 0.31 1.008 25 CH1 4 GLN CA 13 0 13.019 26 CH2 4 GLN CB 13 0 14.027 27 CH2 4 GLN CG 13 0 14.027 28 C 4 GLN CD 14 0.29 12.011 29 O 4 GLN OE1 14 -0.45 15.9994 30 NT 4 GLN NE2 14 -0.72 14.0067 31 H 4 GLN HE21 14 0.44 1.008 32 H 4 GLN HE22 14 0.44 1.008 33 C 4 GLN C 15 0.45 12.011 34 O 4 GLN O 15 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 5 PRO rtp PRO q 0.0 35 N 5 PRO N 16 0 14.0067 36 CH1 5 PRO CA 17 0 13.019 37 CH2r 5 PRO CB 17 0 14.027 38 CH2r 5 PRO CG 18 0 14.027 39 CH2r 5 PRO CD 18 0 14.027 40 C 5 PRO C 19 0.45 12.011 41 O 5 PRO O 19 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 6 THR rtp THR q 0.0 42 N 6 THR N 20 -0.31 14.0067 43 H 6 THR H 20 0.31 1.008 44 CH1 6 THR CA 21 0 13.019 45 CH1 6 THR CB 22 0.266 13.019 46 OA 6 THR OG1 22 -0.674 15.9994 47 H 6 THR HG1 22 0.408 1.008 48 CH3 6 THR CG2 23 0 15.035 49 C 6 THR C 24 0.45 12.011 50 O 6 THR O 24 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 7 TYR rtp TYR q 0.0 51 N 7 TYR N 25 -0.31 14.0067 52 H 7 TYR H 25 0.31 1.008 53 CH1 7 TYR CA 26 0 13.019 54 CH2 7 TYR CB 26 0 14.027 55 C 7 TYR CG 26 0 12.011 56 C 7 TYR CD1 27 -0.14 12.011 57 HC 7 TYR HD1 27 0.14 1.008 58 C 7 TYR CD2 28 -0.14 12.011 59 HC 7 TYR HD2 28 0.14 1.008 60 C 7 TYR CE1 29 -0.14 12.011 61 HC 7 TYR HE1 29 0.14 1.008 62 C 7 TYR CE2 30 -0.14 12.011 63 HC 7 TYR HE2 30 0.14 1.008 64 C 7 TYR CZ 31 0.203 12.011 65 OA 7 TYR OH 31 -0.611 15.9994 66 H 7 TYR HH 31 0.408 1.008 67 C 7 TYR C 32 0.45 12.011 68 O 7 TYR O 32 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 8 PRO rtp PRO q 0.0 69 N 8 PRO N 33 0 14.0067 70 CH1 8 PRO CA 34 0 13.019 71 CH2r 8 PRO CB 34 0 14.027 72 CH2r 8 PRO CG 35 0 14.027 73 CH2r 8 PRO CD 35 0 14.027 74 C 8 PRO C 36 0.45 12.011 75 O 8 PRO O 36 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 9 GLY rtp GLY q 0.0 76 N 9 GLY N 37 -0.31 14.0067 77 H 9 GLY H 37 0.31 1.008 78 CH2 9 GLY CA 38 0 14.027 79 C 9 GLY C 39 0.45 12.011 80 O 9 GLY O 39 -0.45 15.9994 ; qtot 1 ; residue 10 ASP rtp ASP q -1.0 81 N 10 ASP N 40 -0.31 14.0067 82 H 10 ASP H 40 0.31 1.008 83 CH1 10 ASP CA 41 0 13.019 84 CH2 10 ASP CB 41 0 14.027 85 C 10 ASP CG 42 0.27 12.011 86 OM 10 ASP OD1 42 -0.635 15.9994 87 OM 10 ASP OD2 42 -0.635 15.9994 88 C 10 ASP C 43 0.45 12.011 89 O 10 ASP O 43 -0.45 15.9994 ; qtot 0 ; residue 11 ASP rtp ASP q -1.0 90 N 11 ASP N 44 -0.31 14.0067 91 H 11 ASP H 44 0.31 1.008 92 CH1 11 ASP CA 45 0 13.019 93 CH2 11 ASP CB 45 0 14.027 94 C 11 ASP CG 46 0.27 12.011 95 OM 11 ASP OD1 46 -0.635 15.9994 96 OM 11 ASP OD2 46 -0.635 15.9994 97 C 11 ASP C 47 0.45 12.011 98 O 11 ASP O 47 -0.45 15.9994 ; qtot -1 ; residue 12 ALA rtp ALA q 0.0 99 N 12 ALA N 48 -0.31 14.0067 100 H 12 ALA H 48 0.31 1.008 101 CH1 12 ALA CA 49 0 13.019 102 CH3 12 ALA CB 49 0 15.035 103 C 12 ALA C 50 0.45 12.011 104 O 12 ALA O 50 -0.45 15.9994 ; qtot -1 ; residue 13 PRO rtp PRO q 0.0 105 N 13 PRO N 51 0 14.0067 106 CH1 13 PRO CA 52 0 13.019 107 CH2r 13 PRO CB 52 0 14.027 108 CH2r 13 PRO CG 53 0 14.027 109 CH2r 13 PRO CD 53 0 14.027 110 C 13 PRO C 54 0.45 12.011 111 O 13 PRO O 54 -0.45 15.9994 ; qtot -1 ; residue 14 VAL rtp VAL q 0.0 112 N 14 VAL N 55 -0.31 14.0067 113 H 14 VAL H 55 0.31 1.008 114 CH1 14 VAL CA 56 0 13.019 115 CH1 14 VAL CB 56 0 13.019 116 CH3 14 VAL CG1 56 0 15.035 117 CH3 14 VAL CG2 56 0 15.035 118 C 14 VAL C 57 0.45 12.011 119 O 14 VAL O 57 -0.45 15.9994 ; qtot -1 ; residue 15 GLU rtp GLU q -1.0 120 N 15 GLU N 58 -0.31 14.0067 121 H 15 GLU H 58 0.31 1.008 122 CH1 15 GLU CA 59 0 13.019 123 CH2 15 GLU CB 59 0 14.027 124 CH2 15 GLU CG 59 0 14.027 125 C 15 GLU CD 60 0.27 12.011 126 OM 15 GLU OE1 60 -0.635 15.9994 127 OM 15 GLU OE2 60 -0.635 15.9994 128 C 15 GLU C 61 0.45 12.011 129 O 15 GLU O 61 -0.45 15.9994 ; qtot -2 ; residue 16 ASP rtp ASP q -1.0 130 N 16 ASP N 62 -0.31 14.0067 131 H 16 ASP H 62 0.31 1.008 132 CH1 16 ASP CA 63 0 13.019 133 CH2 16 ASP CB 63 0 14.027 134 C 16 ASP CG 64 0.27 12.011 135 OM 16 ASP OD1 64 -0.635 15.9994 136 OM 16 ASP OD2 64 -0.635 15.9994 137 C 16 ASP C 65 0.45 12.011 138 O 16 ASP O 65 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 17 LEU rtp LEU q 0.0 139 N 17 LEU N 66 -0.31 14.0067 140 H 17 LEU H 66 0.31 1.008 141 CH1 17 LEU CA 67 0 13.019 142 CH2 17 LEU CB 67 0 14.027 143 CH1 17 LEU CG 68 0 13.019 144 CH3 17 LEU CD1 68 0 15.035 145 CH3 17 LEU CD2 68 0 15.035 146 C 17 LEU C 69 0.45 12.011 147 O 17 LEU O 69 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 18 ILE rtp ILE q 0.0 148 N 18 ILE N 70 -0.31 14.0067 149 H 18 ILE H 70 0.31 1.008 150 CH1 18 ILE CA 71 0 13.019 151 CH1 18 ILE CB 72 0 13.019 152 CH2 18 ILE CG1 72 0 14.027 153 CH3 18 ILE CG2 72 0 15.035 154 CH3 18 ILE CD 72 0 15.035 155 C 18 ILE C 73 0.45 12.011 156 O 18 ILE O 73 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 19 ARG rtp ARG q +1.0 157 N 19 ARG N 74 -0.31 14.0067 158 H 19 ARG H 74 0.31 1.008 159 CH1 19 ARG CA 75 0 13.019 160 CH2 19 ARG CB 75 0 14.027 161 CH2 19 ARG CG 75 0 14.027 162 CH2 19 ARG CD 76 0.09 14.027 163 NE 19 ARG NE 76 -0.11 14.0067 164 H 19 ARG HE 76 0.24 1.008 165 C 19 ARG CZ 76 0.34 12.011 166 NZ 19 ARG NH1 76 -0.26 14.0067 167 H 19 ARG HH11 76 0.24 1.008 168 H 19 ARG HH12 76 0.24 1.008 169 NZ 19 ARG NH2 76 -0.26 14.0067 170 H 19 ARG HH21 76 0.24 1.008 171 H 19 ARG HH22 76 0.24 1.008 172 C 19 ARG C 77 0.45 12.011 173 O 19 ARG O 77 -0.45 15.9994 ; qtot -2 ; residue 20 PHE rtp PHE q 0.0 174 N 20 PHE N 78 -0.31 14.0067 175 H 20 PHE H 78 0.31 1.008 176 CH1 20 PHE CA 79 0 13.019 177 CH2 20 PHE CB 79 0 14.027 178 C 20 PHE CG 79 0 12.011 179 C 20 PHE CD1 80 -0.14 12.011 180 HC 20 PHE HD1 80 0.14 1.008 181 C 20 PHE CD2 81 -0.14 12.011 182 HC 20 PHE HD2 81 0.14 1.008 183 C 20 PHE CE1 82 -0.14 12.011 184 HC 20 PHE HE1 82 0.14 1.008 185 C 20 PHE CE2 83 -0.14 12.011 186 HC 20 PHE HE2 83 0.14 1.008 187 C 20 PHE CZ 84 -0.14 12.011 188 HC 20 PHE HZ 84 0.14 1.008 189 C 20 PHE C 85 0.45 12.011 190 O 20 PHE O 85 -0.45 15.9994 ; qtot -2 ; residue 21 TYR rtp TYR q 0.0 191 N 21 TYR N 86 -0.31 14.0067 192 H 21 TYR H 86 0.31 1.008 193 CH1 21 TYR CA 87 0 13.019 194 CH2 21 TYR CB 87 0 14.027 195 C 21 TYR CG 87 0 12.011 196 C 21 TYR CD1 88 -0.14 12.011 197 HC 21 TYR HD1 88 0.14 1.008 198 C 21 TYR CD2 89 -0.14 12.011 199 HC 21 TYR HD2 89 0.14 1.008 200 C 21 TYR CE1 90 -0.14 12.011 201 HC 21 TYR HE1 90 0.14 1.008 202 C 21 TYR CE2 91 -0.14 12.011 203 HC 21 TYR HE2 91 0.14 1.008 204 C 21 TYR CZ 92 0.203 12.011 205 OA 21 TYR OH 92 -0.611 15.9994 206 H 21 TYR HH 92 0.408 1.008 207 C 21 TYR C 93 0.45 12.011 208 O 21 TYR O 93 -0.45 15.9994 ; qtot -2 ; residue 22 ASP rtp ASP q -1.0 209 N 22 ASP N 94 -0.31 14.0067 210 H 22 ASP H 94 0.31 1.008 211 CH1 22 ASP CA 95 0 13.019 212 CH2 22 ASP CB 95 0 14.027 213 C 22 ASP CG 96 0.27 12.011 214 OM 22 ASP OD1 96 -0.635 15.9994 215 OM 22 ASP OD2 96 -0.635 15.9994 216 C 22 ASP C 97 0.45 12.011 217 O 22 ASP O 97 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 23 ASN rtp ASN q 0.0 218 N 23 ASN N 98 -0.31 14.0067 219 H 23 ASN H 98 0.31 1.008 220 CH1 23 ASN CA 99 0 13.019 221 CH2 23 ASN CB 99 0 14.027 222 C 23 ASN CG 100 0.29 12.011 223 O 23 ASN OD1 100 -0.45 15.9994 224 NT 23 ASN ND2 100 -0.72 14.0067 225 H 23 ASN HD21 100 0.44 1.008 226 H 23 ASN HD22 100 0.44 1.008 227 C 23 ASN C 101 0.45 12.011 228 O 23 ASN O 101 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 24 LEU rtp LEU q 0.0 229 N 24 LEU N 102 -0.31 14.0067 230 H 24 LEU H 102 0.31 1.008 231 CH1 24 LEU CA 103 0 13.019 232 CH2 24 LEU CB 103 0 14.027 233 CH1 24 LEU CG 104 0 13.019 234 CH3 24 LEU CD1 104 0 15.035 235 CH3 24 LEU CD2 104 0 15.035 236 C 24 LEU C 105 0.45 12.011 237 O 24 LEU O 105 -0.45 15.9994 ; qtot -3 ; residue 25 GLN rtp GLN q 0.0 238 N 25 GLN N 106 -0.31 14.0067 239 H 25 GLN H 106 0.31 1.008 240 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ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 6 5 8 7 2 gi_1 8 6 9 12 2 gi_1 9 8 13 10 2 gi_2 13 9 15 14 2 gi_1 15 13 17 16 2 gi_1 17 15 21 18 2 gi_2 21 17 23 22 2 gi_1 23 21 25 24 2 gi_1 25 23 33 26 2 gi_2 27 30 29 28 2 gi_1 28 32 31 30 2 gi_1 33 25 35 34 2 gi_1 35 33 36 39 2 gi_1 36 35 40 37 2 gi_2 40 36 42 41 2 gi_1 42 40 44 43 2 gi_1 44 42 49 45 2 gi_2 44 48 46 45 2 gi_2 49 44 51 50 2 gi_1 51 49 53 52 2 gi_1 53 51 67 54 2 gi_2 54 58 56 55 2 gi_1 55 56 60 64 2 gi_1 55 58 62 64 2 gi_1 56 55 60 57 2 gi_1 56 55 58 62 2 gi_1 56 60 64 62 2 gi_1 58 55 62 59 2 gi_1 58 55 56 60 2 gi_1 58 62 64 60 2 gi_1 60 64 56 61 2 gi_1 62 64 58 63 2 gi_1 64 60 62 65 2 gi_1 67 53 69 68 2 gi_1 69 67 70 73 2 gi_1 70 69 74 71 2 gi_2 74 70 76 75 2 gi_1 76 74 78 77 2 gi_1 79 78 81 80 2 gi_1 81 79 83 82 2 gi_1 83 81 88 84 2 gi_2 84 87 86 85 2 gi_1 88 83 90 89 2 gi_1 90 88 92 91 2 gi_1 92 90 97 93 2 gi_2 93 96 95 94 2 gi_1 97 92 99 98 2 gi_1 99 97 101 100 2 gi_1 101 99 103 102 2 gi_2 103 101 105 104 2 gi_1 105 103 106 109 2 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system ] ; Name Protein [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1