README.md

# Higashi

## 论文

https://doi.org/10.1038/s41587-021-01034-y

## 模型结构


Higashi使用超图神经网络来揭示这个构造的超图中的高阶交互模式。Higashi可以为scHi-C制作嵌入物，用于下游分析。Higashi可以输入单细胞Hi-C接触图谱，从而能够以单细胞分辨率详细表征3D基因组特征，如TAD样结构域边界和A/B区分数。

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## 算法原理

Higashi的关键算法设计是将scHi-C数据转换为超图。这种转化保留了scHi-C接触图谱的单细胞分辨率和3D基因组特征。具体来说，嵌入scHi-C数据的过程现在相当于学习超图的节点嵌入，输入scHi-C接触图就变成了预测超图中缺失的超边。在Higashi，我们使用我们最近开发的Hyper-SAGNN架构22，这是一个通用的超图表示学习框架，专门针对scHi-C分析进行了大量的新开发

![Alt text](./image/image-1.png)


## 环境配置
### Docker(方式一)
推荐使用docker方式运行，提供拉取的docker镜像：

```
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/pytorch:2.1.0-ubuntu20.04-dtk24.04.1-py3.10
docker run -dit --shm-size 80g --network=host --name=higashi --privileged --device=/dev/kfd --device=/dev/dri --group-add video --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined -u root -v /opt/hyhal/:/opt/hyhal/:ro image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/pytorch:2.1.0-ubuntu20.04-dtk24.04.1-py3.10 /bin/bash
docker exec -it higashi /bin/bash
```

安装docker中没有的依赖:

```
pip install -r requirements.txt  -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
python setup.py install
```

### Dockerfile(方式二)

```
docker build -t higashi:latest .
docker run -dit --shm-size 80g --network=host --name=higashi --privileged --device=/dev/kfd --device=/dev/dri --group-add video --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined -u root -v /opt/hyhal/:/opt/hyhal/:ro higashi:latest /bin/bash
docker exec -it higashi  /bin/bash

```
安装docker中没有的依赖:

```
pip install -r requirements.txt  -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
python setup.py install
```


### Conda(方式三)

1.创建conda虚拟环境：

```
conda create -n higashi python=3.10
conda activate higashi 
```

2.关于本项目DCU显卡所需的工具包、深度学习库等均可从光合开发者社区下载安装。
- [DTK 24.04.1](https://cancon.hpccube.com:65024/directlink/1/DTK-24.04.1/Ubuntu20.04.1/DTK-24.04.1-Ubuntu20.04.1-x86_64.tar.gz)
- [Pytorch 2.1](https://cancon.hpccube.com:65024/directlink/4/pytorch/DAS1.2/torch-2.1.0+das.opt1.dtk24042-cp310-cp310-manylinux_2_28_x86_64.whl)


Tips：以上dtk驱动、torch等工具版本需要严格一一对应。


3.其它依赖库参照requirements.txt安装：
```
python setup.py install
pip install -r requirements.txt -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
```

## 数据集

- ramani数据集:ramani-et-ai根据源README查找

```
apt-get update 
apt-get install git-lfs
mkdir -p /work/magroup/ruochiz/Data/scHiC_collection/ramani
mkdir -p /work/magroup/ruochiz/Higashi/Temp/ramani
wget -P  /work/magroup/ruochiz/Higashi/ https://mirror.ghproxy.com/https://raw.githubusercontent.com/hanfang/Topsorter/refs/heads/master/data/hg19.chrom.sizes.txt
wget -P  /work/magroup/ruochiz/Higashi/   https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/database/cytoBand.txt.gz
cp -r ramani-et-ai/* /work/magroup/ruochiz/Data/scHiC_collection/ramani/ 
```


## 训练

结合测试数据和Higashi模型生成具备超图分析与接触图嵌入能力的demo

```
python train.py 
```
## 推理
无

## result
无

### 精度

bce:  0.5046, mse:  0.7233,  acc: 86.692 %, pearson: 0.590, spearman: 0.514, elapse: 27.894 s 

## 应用场景
### 算法类别
ai for science

### 热点应用行业

科研  单细胞预测    基因预测

## 源码仓库及问题反馈

https://developer.sourcefind.cn/codes/modelzoo/higashi_pytorch



## 参考资料


https://github.com/ma-compbio/Higashi/