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-# Uni-Fold(An Open-Source Platform for Developing Protein Folding Models beyond AlphaFold)
-## 模型介绍
+# Uni-Fold
 
-深势科技推出的蛋白质结构预测工具Uni-Fold，成功复现曾引起生物学界轰动的 AlphaFold2 的全规模训练，并开源训练代码与推理代码。相应解决方案已集成至深势科技自主研发的药物设计平台 Hermite，供广大用户测试使用。
-
-Uni-Fold 克服了AlphaFold2 未开源训练代码、硬件支持单一、模型不可商用等局限性，在训练与推理环节进行了 NVIDIA GPU上的适配、性能优化及功能完善等工作，为更多人参与推动领域进一步发展提供了基础。
+## 论文
 
+Uni-Fold: An Open-Source Platform for Developing Protein Folding Models beyond AlphaFold
+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/08/06/2022.08.04.502811.full.pdf
 ## 模型结构
+模型核心是一个基于Transformer架构的神经网络，包括两个主要组件：Sequence to Sequence Model和Structure Model，这两个组件通过迭代训练进行优化，以提高其预测准确性。
 
-Uni-Fold,参考https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold
-
-## Uni-Fold代码参考版本
+![img](./alphafold2.png)
 
-版本：master
+## 算法原理
+通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经网络模型来预测蛋白质三维结构。
 
-原始代码位置：https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold.git
-
-## 数据集
-
-示例中验证的数据集来自：
-
-```
-bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory
-```
-
-## 预训练模型参数
-```
-wget https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold/releases/download/v2.0.0/unifold_params_2022-08-01.tar.gz
-
-tar -zxf unifold_params_2022-08-01.tar.gz
-```
-## 推理
+![img](./alphafold2_1.png)
 
-### 环境配置
+## 环境配置
 
 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取的训练的docker镜像：
 
-* 推理镜像：
 ```
 docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:unifold-latest
+docker run -it -v /path/your_code_data/:/path/your_code_data/ --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video --name docker_name imageID bash
 
 cd /root/Uni-Fold-main
 ```
-* 依赖安装：(如使用镜像，则无需再次安装)
-
 安装requirement.txt中的工具，镜像中已经安装好,加载方式
 ```
 export PATH=/root/software/hmmer/bin${PATH:+:${PATH}}
@@ -53,6 +34,55 @@ export PATH=/root/software/kalign/bin${PATH:+:${PATH}}
 
 export LD_LIBRARY_PATH=/root/software/hh-suite-master/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
 ```
+## 数据集
+推荐使用AlphaFold2中的开源数据集，包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下：
+```
+$DOWNLOAD_DIR/                             
+    bfd/  
+        bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt_hhm.ffindex
+        bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt_hhm.ffdata 
+        bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt_cs219.ffindex                           
+        ...
+    mgnify/                                
+        mgy_clusters_2022_05.fa
+    params/                                
+        params_model_1.npz
+        params_model_2.npz
+        params_model_3.npz
+        ...
+    pdb70/                                
+        pdb_filter.dat
+        pdb70_hhm.ffindex
+        pdb70_hhm.ffdata
+        ...
+    pdb_mmcif/                            
+        mmcif_files/
+            100d.cif
+            101d.cif
+            101m.cif
+            ...
+        obsolete.dat
+    pdb_seqres/                            
+        pdb_seqres.txt
+    small_bfd/                           
+        bfd-first_non_consensus_sequences.fasta
+    uniref30/                            
+        UniRef30_2021_03_hhm.ffindex
+        UniRef30_2021_03_hhm.ffdata
+        UniRef30_2021_03_cs219.ffindex
+        ...
+    uniprot/                               
+        uniprot.fasta
+    uniref90/                             
+        uniref90.fasta
+```
+此处提供了一个脚本download_all_data.sh用于下载使用的数据集和模型文件：
+```
+bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory
+```
+
+## 推理
+
 ### 安装
 #### 安装Uni-Core-main(如使用镜像，则无需再次安装)
 ```
@@ -75,6 +105,19 @@ sh run_multimer.sh
 ```
 sh run_monomer.sh
 ```
+## result
+无
+
+## 精度
+无
+## 应用场景
+
+### 算法类别
+NLP
+
+### 热点应用行业
+医疗,科研,教育
+
 ## 源码仓库及问题反馈 
 * https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/uni-fold