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...@@ -27,8 +27,7 @@ mv -f <容器内unifold代码路径>/run_multimer.sh /root/Uni-Fold/run_multimer ...@@ -27,8 +27,7 @@ mv -f <容器内unifold代码路径>/run_multimer.sh /root/Uni-Fold/run_multimer
cd /root/Uni-Fold cd /root/Uni-Fold
``` ```
进行homosearch需要挂载AF2数据集至容器内`/alphafold`,若只为测试,本镜像无需挂载AF2数据集。 进行homosearch需要挂载AF2数据集至容器内`/alphafold`,若只为测试,本镜像可不挂载AF2数据集。
因为本镜像在昆山K100_AI的eco卡节点测试,dtk24.04.2不能正常使用,测试时挂载dtk-24.04.2-runtime至/opt/dtk,若确认本节点dtk24.04.2能正常使用可以选择不挂载。
镜像版本依赖: 镜像版本依赖:
* DTK驱动:dtk24.04.2 * DTK驱动:dtk24.04.2
...@@ -98,6 +97,7 @@ bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory ...@@ -98,6 +97,7 @@ bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory
``` ```
## 推理 ## 推理
<!--
### 安装 ### 安装
#### 安装Uni-Core-main(如使用镜像,则无需再次安装) #### 安装Uni-Core-main(如使用镜像,则无需再次安装)
``` ```
...@@ -110,9 +110,8 @@ python3 setup.py install ...@@ -110,9 +110,8 @@ python3 setup.py install
``` ```
pip install -e . pip install -e .
``` ```
### 多卡测试 ### 多卡测试
!-->
如果没有挂载AF2数据集,会出现多体、单体测试脚本运行homosearch中报错`ValueError: Could not find hmmsearch database /alphafold/pdb_seqres/pdb_seqres.txt`并停止搜索、直接进行推理的情况,由于本镜像内置了部分序列的搜索结果,因此可以无视此报错进行正常推理。 如果没有挂载AF2数据集,会出现多体、单体测试脚本运行homosearch中报错`ValueError: Could not find hmmsearch database /alphafold/pdb_seqres/pdb_seqres.txt`并停止搜索、直接进行推理的情况,由于本镜像内置了部分序列的搜索结果,因此可以无视此报错进行正常推理。
内置搜索结果的目录见`/root/Uni-Fold/data`,其中有H1036、H1072、T1024的搜索结果,若要选择其他序列进行推理,请挂载AF2数据集并进行homosearch(非常耗时)。 内置搜索结果的目录见`/root/Uni-Fold/data`,其中有H1036、H1072、T1024的搜索结果,若要选择其他序列进行推理,请挂载AF2数据集并进行homosearch(非常耗时)。
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