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Uni-Fold_pytorch
Commits
1816d5c4
Commit
1816d5c4
authored
Oct 31, 2024
by
yuhai
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1816d5c4
...
@@ -18,7 +18,7 @@
...
@@ -18,7 +18,7 @@
提供
[
光源
](
https://www.sourcefind.cn/#/service-details
)
拉取的训练的docker镜像:
提供
[
光源
](
https://www.sourcefind.cn/#/service-details
)
拉取的训练的docker镜像:
```
```
等待上传镜像
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:unifold-torch2.1.0-dtk24.04.2-ubuntu20.04-py310
docker run -it --network=host -v <unifold代码路径>:<容器内路径> --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video -v /opt/hyhal:/opt/hyhal:ro -v /opt/dtk-24.04.2-runtime/:/opt/dtk/:ro --name <镜像名称> <上面获得的镜像ID> bash
docker run -it --network=host -v <unifold代码路径>:<容器内路径> --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video -v /opt/hyhal:/opt/hyhal:ro -v /opt/dtk-24.04.2-runtime/:/opt/dtk/:ro --name <镜像名称> <上面获得的镜像ID> bash
...
@@ -38,12 +38,14 @@ cd /root/Uni-Fold
...
@@ -38,12 +38,14 @@ cd /root/Uni-Fold
测试目录:
测试目录:
`/root/Uni-Fold`
`/root/Uni-Fold`
安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式
安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式
:
```
```
source /root/env.sh
source /root/env.sh
```
```
若报错
`rm: cannot remove 'software': No such file or directory`
等不必理会,其中的rm命令只是希望删除两个空文件夹。
## 数据集
## 数据集
推荐使用
[
AlphaFold2
](
http://113.200.138.88:18080/aidatasets/project-dependency/alphafold
)
中的开源数据集,包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下:
推荐使用
[
AlphaFold2
](
http://113.200.138.88:18080/aidatasets/project-dependency/alphafold
)
中的开源数据集,包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下:
```
```
...
@@ -114,12 +116,12 @@ pip install -e .
...
@@ -114,12 +116,12 @@ pip install -e .
#### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
#### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
```
```
sh run_multimer.sh
ba
sh run_multimer.sh
```
```
#### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
#### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
```
```
sh run_monomer.sh
ba
sh run_monomer.sh
```
```
## result
## result
...
...
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