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...@@ -18,7 +18,7 @@ ...@@ -18,7 +18,7 @@
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取的训练的docker镜像: 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取的训练的docker镜像:
``` ```
等待上传镜像 docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:unifold-torch2.1.0-dtk24.04.2-ubuntu20.04-py310
docker run -it --network=host -v <unifold代码路径>:<容器内路径> --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video -v /opt/hyhal:/opt/hyhal:ro -v /opt/dtk-24.04.2-runtime/:/opt/dtk/:ro --name <镜像名称> <上面获得的镜像ID> bash docker run -it --network=host -v <unifold代码路径>:<容器内路径> --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video -v /opt/hyhal:/opt/hyhal:ro -v /opt/dtk-24.04.2-runtime/:/opt/dtk/:ro --name <镜像名称> <上面获得的镜像ID> bash
...@@ -38,12 +38,14 @@ cd /root/Uni-Fold ...@@ -38,12 +38,14 @@ cd /root/Uni-Fold
测试目录: 测试目录:
`/root/Uni-Fold` `/root/Uni-Fold`
安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式 安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式
``` ```
source /root/env.sh source /root/env.sh
``` ```
若报错`rm: cannot remove 'software': No such file or directory`等不必理会,其中的rm命令只是希望删除两个空文件夹。
## 数据集 ## 数据集
推荐使用[AlphaFold2](http://113.200.138.88:18080/aidatasets/project-dependency/alphafold)中的开源数据集,包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下: 推荐使用[AlphaFold2](http://113.200.138.88:18080/aidatasets/project-dependency/alphafold)中的开源数据集,包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下:
``` ```
...@@ -114,12 +116,12 @@ pip install -e . ...@@ -114,12 +116,12 @@ pip install -e .
#### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置 #### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
``` ```
sh run_multimer.sh bash run_multimer.sh
``` ```
#### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置 #### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
``` ```
sh run_monomer.sh bash run_monomer.sh
``` ```
## result ## result
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