update modelzoo std

README.md

@@ -2,21 +2,32 @@
  * @Author: zhuww
  * @email: zhuww@sugon.com
  * @Date: 2023-06-14 17:07:00
- * @LastEditTime: 2023-06-14 09:20:00
+ * @LastEditTime: 2023-08-24 10:30:00
 -->
 # RFDesign
-## 模型介绍
-RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设计的开源软件包)开发,支持蛋白质分子设计任务，使用预先训练的蛋白质模型来预测和优化蛋白质的稳定性和功能。
+## 论文
+- [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.10.468128v2](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.10.468128v2)
+
 ## 模型结构
 RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构包括特征提取器，用于从蛋白质序列和结构中提取特征的;序列-结构耦合模型,用于将蛋白质的序列信息和结构信息进行耦合，以捕捉它们之间的关联性；功能评估器,用于评估蛋白质的功能性;优化器用于对蛋白质进行优化，以改善其稳定性和功能。
-## 数据集
-[PDB(Protein Data Bank)数据集](https://www.rcsb.org/) 
 
+## 算法原理
+RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设计的开源软件包)开发,支持蛋白质分子设计任务，使用预先训练的蛋白质模型来预测和优化蛋白质的稳定性和功能。
 
-## 推理
 ### 环境配置
 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取推理的docker镜像：
-* 推理镜像：docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:rfdesign-dtk22.10-patch4-py39-latest
+```
+docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:rfdesign-dtk22.10-patch4-py39-latest
+docker run -it --name rfdesign --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined --ulimit memlock=-1:-1 --ipc=host --network host --group-add video image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:rfdesign-dtk22.10-patch4-py39-latest /bin/bash
+```
+
+镜像版本依赖：
+* DTK驱动：dtk22.10
+* Pytorch: 1.10
+* Tensorflow: 2.7
+* Jax: 0.2.21
+* dgl: 0.9.1
+* python: python3.9
 
 激活镜像环境：
 `source /opt/dtk-22.10/env.sh`
@@ -24,15 +35,11 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
 测试目录：
 `/opt/RFDesign`
 
-### 推理
-推理版本：
-* Pytorch(DCU版本) >= 1.10.0a0
-* Dgl(DCU版本) >= 0.9.1
-* TensorFlow2(DCU版本) >= 2.7.0
-* Jax(DCU版本) >= 0.2.21
-
+## 数据集
+[PDB(Protein Data Bank)数据集](https://www.rcsb.org/) 
 
-#### 下载权重
+## 推理
+### 下载权重
 
     cd /opt/RFDesign/hallucination/weights/rf_Nov05
     wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_last.pt
@@ -41,7 +48,7 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
     wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_mix_epoch25.pt
 
 
-#### hallucination
+### hallucination
 基于hallucination的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/hallucination/tests/
@@ -49,42 +56,49 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
 
 参数说明：--pdb是模板pdb结构，--out是结果保存路径的前缀，--len是hallucination蛋白的长度范围, --contigs是以逗号分隔的pdb范围列表来参考pdb,--steps是逗号分隔的优化步骤数列表,--num是是设计数量
 
-#### inpainting
+### inpainting
 基于inpainting的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/inpainting/tests/
-    ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/hallucination/tests/out
+    ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/inpainting/tests/out
 
 参数说明：--pdb是模板蛋白质结构(序列)的pdb文件,--out 是结果保存路径的前缀,--contigs是指定保留、移除和修复蛋白质的部分,--num_designs是生成的设计数量
 
-#### 准备输入和后处理以及hallucination评分结果
+### 准备输入和后处理以及hallucination评分结果
 运行hallucination或inpainting后，首先生成一个带侧链的松弛模型(.fas、.pdb、.npz、.trb 文件),该步骤需要.pdb和.npz文件，完成后，会生成一个FOLDER/trf_relax文件夹(包含松弛结构的pdb)
 
     cd /opt/RFDesign/scripts
     ./trf_relax.sh FOLDER  # FOLDER包含hallucination或inpainting的结果
     
 
-##### AlphaFold2
+#### AlphaFold2
 根据hallucination设计模型和模板结构，进行AlphaFold2预测和计算RMSD:
 
     ./af2_metrics.py FOLDER/trf_relax # 修改第241行的data_dir为自己的alphafold2数据集路径
 
 该步骤会将AF2模型输出到FOLDER/trf_relax/af2/,并将指标输出到FOLDER/af2_metrics.csv
 
-##### Pyrosetta指标
+#### Pyrosetta指标
 
     ./pyrosetta_metrics.py FOLDER/trf_relax
 
 该步骤会计算hallucination（RoseTTAFold）设计模型和参考结构之间的RMSD，以及回转半径、二级结构、拓扑结构（即HHH或HEEH）
 
-##### 在PyMOL中对齐模型
+#### 在PyMOL中对齐模型
 使设计与受限区域上的参考结构对齐的pymol会话:
 
     ./pymol_align.py -- -o OUTPUT.pse FOLDER/*pdb
 
 该步骤会在当前文件夹中创建一个名为OUTPUT.pse的会话,其中包含来自REFERENCE.pdb的原始结构，所有设计都与FOLDER/*.pdb对齐
 
-## 准确率数据
+## result
+/opt/RFDesign/
+    hallucination/
+        tests/output
+    inpainting/
+        tests/out
+
+## 精度
 测试数据：`/opt/RFDesign/hallucination/tests`和`/opt/RFDesign/inpainting/tests/2KL8.pdb`，使用的加速卡:1张 DCU Z100L-32G
 
 准确率数据：
@@ -95,6 +109,14 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
 | rsvf-v_5tpn | 75.460 | 2.685 | 1.536 | 3.917 |  
 | 2KL8 | 89.197 | 0.813 | 0.824 | 0.865 |
 
+## 应用场景
+
+### 算法类别
+NLP
+
+### 热点应用行业
+医疗,科研,教育
+
 ## 源码仓库及问题反馈
 * [https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/rfdesign_rosetta](https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/rfdesign_rosetta) 
 

model.properties

+# 模型唯一标识
+modelCode = 203
 # 模型名称
-modelName=RFDesign_RoseTTA
+modelName=rfdesign_rosetta
 # 模型描述
 modelDescription=RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设计的开源软件包)开发,支持蛋白质分子设计任务，使用预先训练的蛋白质模型来预测和优化蛋白质的稳定性和功能
 # 应用场景
-appScenario=推理,蛋白质分子设计
+appScenario=推理,rosetta,蛋白质分子设计
 # 框架类型
-frameType=DGL,PyTorch,Tensorflow,JAX
+frameType=dgl,pytorch,tensorflow,jax