update modelzoo std

README.md

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  * @Author: zhuww
  * @email: zhuww@sugon.com
  * @Date: 2023-06-14 17:07:00
- * @LastEditTime: 2023-08-24 10:30:00
+ * @LastEditTime: 2023-09-08 10:30:00
 -->
 # RFDesign
 ## 论文
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 ## 模型结构
 RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构包括特征提取器，用于从蛋白质序列和结构中提取特征的;序列-结构耦合模型,用于将蛋白质的序列信息和结构信息进行耦合，以捕捉它们之间的关联性；功能评估器,用于评估蛋白质的功能性;优化器用于对蛋白质进行优化，以改善其稳定性和功能。
 
+![img](./docs/rfdesign.png)
+
 ## 算法原理
 RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设计的开源软件包)开发,支持蛋白质分子设计任务，使用预先训练的蛋白质模型来预测和优化蛋白质的稳定性和功能。
 
@@ -18,7 +20,10 @@ RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设
 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取推理的docker镜像：
 ```
 docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:rfdesign-dtk22.10-patch4-py39-latest
-docker run -it --name rfdesign --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined --ulimit memlock=-1:-1 --ipc=host --network host --group-add video image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:rfdesign-dtk22.10-patch4-py39-latest /bin/bash
+# <Image ID>用上面拉取docker镜像的ID替换
+# <Host Path>主机端路径
+# <Container Path>容器映射路径
+docker run -it --name rfdesign --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined --ulimit memlock=-1:-1 --ipc=host --network host --group-add video -v <Host Path>:<Container Path> <Image ID> /bin/bash
 ```
 
 镜像版本依赖：
@@ -94,9 +99,34 @@ docker run -it --name rfdesign --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/dev/d
 ## result
 /opt/RFDesign/
     hallucination/
-        tests/output
+        tests/output/
+                trf_relax/
+                    af2/
+                        test1_0.npz
+                        test1_0.pdb
+                        ...
+                    af2_metrics.csv
+                    pyrosetta_metrics.csv
+                    test1_0.pdb
+                    ...
+                test1_0.fas
+                test1_0.pdb
+                ...
+
     inpainting/
-        tests/out
+        tests/out/
+            trf_relax/
+                af2/
+                    2KL8_test_0.npz
+                    2KL8_test_0.pdb
+                    ...
+                af2_metrics.csv
+                pyrosetta_metrics.csv
+                2KL8_test_0.pdb
+                ...
+            2KL8_test_0.npz
+            2KL8_test_0.pdb
+            ...
 
 ## 精度
 测试数据：`/opt/RFDesign/hallucination/tests`和`/opt/RFDesign/inpainting/tests/2KL8.pdb`，使用的加速卡:1张 DCU Z100L-32G