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@@ -10,7 +10,7 @@ RFDesign基于Rosetta(一个广泛应用于蛋白质结构预测和蛋白质设
 ## 模型结构
 RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构包括特征提取器，用于从蛋白质序列和结构中提取特征的;序列-结构耦合模型,用于将蛋白质的序列信息和结构信息进行耦合，以捕捉它们之间的关联性；功能评估器,用于评估蛋白质的功能性;优化器用于对蛋白质进行优化，以改善其稳定性和功能。
 ## 数据集
-此处介绍使用的数据集
+[PDB(Protein Data Bank)数据集](https://www.rcsb.org/) 
 
 
 ## 推理
@@ -41,21 +41,21 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
     wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_mix_epoch25.pt
 
 
-##### hallucination
+#### hallucination
 基于hallucination的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/hallucination/tests/
     ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/hallucination/tests/output
 
-参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--out是结果保存路径，--len是hallucination蛋白的长度范围, --contigs是以逗号分隔的pdb范围列表来参考pdb,--steps是逗号分隔的优化步骤数列表,--num是是设计数量
+参数说明：--pdb是模板pdb结构，--out是结果保存路径的前缀，--len是hallucination蛋白的长度范围, --contigs是以逗号分隔的pdb范围列表来参考pdb,--steps是逗号分隔的优化步骤数列表,--num是是设计数量
 
-##### inpainting
+#### inpainting 蛋白质修复
 基于inpainting的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/inpainting/tests/
     ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/hallucination/tests/out
 
-参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--contigs是要保存的输入蛋白质片段,--out 是结果保存路径,--dump_all是将所有可能的输出转存到结果保存路径(若不需要，可去掉该参数),--n_cycle是通过RFold回收的数量,--num_designs是设计数量
+参数说明：--pdb是模板蛋白质结构(序列)的pdb文件,--out 是结果保存路径的前缀,--contigs是指定保留、移除和修复蛋白质的部分,--num_designs是生成的设计数量
 
 #### 准备输入和后处理以及hallucination评分结果
 运行hallucination或inpainting后，首先生成一个带侧链的松弛模型(.fas、.pdb、.npz、.trb 文件),该步骤需要.pdb和.npz文件，完成后，会生成一个FOLDER/trf_relax文件夹(包含松弛结构的pdb)
@@ -87,7 +87,7 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
 ## 准确率数据
 测试数据：`/opt/RFDesign/hallucination/tests`和`/opt/RFDesign/inpainting/tests/2KL8.pdb`，使用的加速卡:1张 DCU Z100L-32G
 
-hallucination准确率数据：
+准确率数据：
 | pdb | af2_lddt | rmsd_af2_des | contig_rmsd_af2_des | contig_rmsd_af2 |
 | :------: | :------: | :------: | :------: | :------: |
 | C3d_relaxed | 63.826 | 18.537 | 16.375 | 16.435 |