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README.md

@@ -2,7 +2,7 @@
  * @Author: zhuww
  * @email: zhuww@sugon.com
  * @Date: 2023-04-15 14:34:07
- * @LastEditTime: 2023-08-24 10:06:01
+ * @LastEditTime: 2023-10-09 17:11:01
 -->
 # PROTEINMPNN
 ## 论文
@@ -44,10 +44,24 @@ docker run -it --name proteinmpnn --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/de
 ## 数据集
 模型数据集[PDB biunits 2021/08/02](https://files.ipd.uw.edu/pub/training_sets/pdb_2021aug02.tar.gz)，数据集大小为16.5GB。
 用于测试此数据集的小样本[PDB biunits sample 2021/08/02](https://files.ipd.uw.edu/pub/training_sets/pdb_2021aug02_sample.tar.gz)，数据集大小为47MB。
+```
+pdb_2021aug02_sample/                             
+    pdb/
+        l3/  
+            1l30_A.pt
+            1l30.pt
+            1l3n_B.pt
+            ...
+    valid_clusters.txt
+    test_clusters.txt
+    README
+    list.csv
+```
 
 ## 训练
 ### 单机单卡
 
+    pip install python-dateutil
     cd /opt/ProteinMPNN-main/training
     python ./training.py \
            --path_for_outputs "模型保存路径" \
@@ -59,12 +73,12 @@ docker run -it --name proteinmpnn --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/de
 分别提供了基于Pytorch的单体和多体的推理脚本。
 ### 单体
 
-    cd examples
+    cd  /opt/ProteinMPNN-main/examples
     ./submit_example_1.sh
 
 ### 多体
 
-    cd examples
+    cd  /opt/ProteinMPNN-main/examples
     ./submit_example_2.sh
 
 ## result
@@ -104,7 +118,7 @@ outputs/
 ## 应用场景
 
 ### 算法类别
-NLP
+蛋白质结构预测
 
 ### 热点应用行业
 医疗,科研,教育

model.properties

@@ -5,6 +5,6 @@ modelName=proteinmpnn_pytorch
 # 模型描述
 modelDescription=ProteinMPNN是一种使用MPNN进行蛋白质预测的模型,该模型输入蛋白质序列和结构信息,输出蛋白质的三维结构
 # 应用场景(多个标签以英文逗号分割)
-appScenario=推理,训练,NLP,医疗,科研,教育
+appScenario=推理,训练,蛋白质结构预测,医疗,科研,教育
 # 框架类型(多个标签以英文逗号分割)
 frameType=pytorch