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......@@ -2,7 +2,7 @@
* @Author: zhuww
* @email: zhuww@sugon.com
* @Date: 2023-03-31 17:09:07
* @LastEditTime: 2023-04-01 09:53:01
* @LastEditTime: 2023-04-01 11:26:01
* @FilePath: \FastFold\README.md
-->
# FastFold
......@@ -61,7 +61,7 @@ T1024.fasta为推理的单体序列;data修改为数据集下载目录;
--chunk_size为分块数量,设置为4,并且使用--inplace来降低显存占用。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray]加快了数据预处理(https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html)工作流程。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html)加快了数据预处理工作流程。
要使用ray工作流运行推理,应将参数--enable_workflow添加到cmdline或`./inference.sh`脚本中。
#### 多体
......@@ -93,24 +93,24 @@ SUGP1.fasta为推理的多体序列;--param_path为加载多体模型路径,
## 性能和准确率数据
测试数据:[casp14](https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi)[uniprot](https://www.uniprot.org/),使用的加速卡:DCU 1代-16G
测试数据:[casp14](https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi)[uniprot](https://www.uniprot.org/),使用的加速卡:4张 DCU 1代-16G
性能数据:
| 卡数 | 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | Speed(s) |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: |
| 4 | fp32 | 单体 | T1024 | 408 | 80 |
| 4 | fp32 | 单体 | Q9NYK1 | 1046 | 488 |
| 4 | fp32 | 单体 | Q8CHI8 | 3072 | 8718 |
| 4 | fp32 | 多体 | H1036 | 856 | 324 |
| 4 | fp32 | 多体 | H1060 | 1106 | 449 |
| 4 | fp32 | 多体 | 6h3c | 2030 | 2142 |
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | Speed(s) |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
| fp32 | 单体 | T1024 | 408 | 80 |
| fp32 | 单体 | Q9NYK1 | 1046 | 488 |
| fp32 | 单体 | Q8CHI8 | 3072 | 8718 |
| fp32 | 多体 | H1036 | 856 | 324 |
| fp32 | 多体 | H1060 | 1106 | 449 |
| fp32 | 多体 | 6h3c | 2030 | 2142 |
准确性数据:
| 卡数 | 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | LDDT | TM score | MaxSub | RMSE |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: |
| 4 | fp32 | 单体 | T1026 | 172 | 91.4 | 76.5 | 79.6 | 94.1 | 90.7 | 1.3 |
| 4 | fp32 | 单体 | T1053 | 580 | 93.7 | 78.2 | 92.3 | 98.4 | 92.9 | 1.1 |
| 4 | fp32 | 单体 | Q9NYK1 | 1046 | 90.1 | 74.4 | 86.6 | 96.2 | 90.5 | 5.8 |
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | LDDT | TM score | MaxSub | RMSE |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
| fp32 | 单体 | T1026 | 172 | 91.4 | 76.5 | 79.6 | 94.1 | 90.7 | 1.3 |
| fp32 | 单体 | T1053 | 580 | 93.7 | 78.2 | 92.3 | 98.4 | 92.9 | 1.1 |
| fp32 | 单体 | Q9NYK1 | 1046 | 90.1 | 74.4 | 86.6 | 96.2 | 90.5 | 5.8 |
## 历史版本
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