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FastFold_pytorch
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d3c25ddd
Commit
d3c25ddd
authored
Sep 24, 2024
by
yuhai
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d3c25ddd
...
...
@@ -120,7 +120,7 @@ T1024.fasta为推理的单体序列;data修改为数据集下载目录;
`--param_path`
为加载单体模型路径,需要和
`--model_name`
保持一致,默认为model_1;
`--chunk_size`
为分块数量,设置为4,并且使用
`--inplace`
来降低显存占用;
默认不进行relax操作,若需要,添加
`--relaxation`
;默认不保存输出的.pkl文件,若需要,添加
`--save_outputs`
。
如果bfd数据集过大只能下载small_bfd数据集,请指定
`--bfd_database_path`
为small_bfd路径并且添加参数
`--preset reduced_dbs`
。
如果没有数据集、无法下载数据集,可使用
`data/pkl/`
下的对应pkl文件进行测试。
如果没有数据集、无法下载数据集
、想进行快速测试
,可使用
`data/pkl/`
下的对应pkl文件进行测试
,将
`inference.py`
改为
`inference_use_pkl.py`
,此时不再需要alphafold数据集路径
。
Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过
[
ray
](
https://docs.ray.io/en/latest/workflows/concepts.html
)
加快了数据预处理工作流程。
...
...
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