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......@@ -153,12 +153,12 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
或者使用`sh inference_multimer.sh`,请根据实际情况修改数据集路径。
注意您运行多体测试时,如果挂载的AF2数据集如果没有`bfd`而是`small_bfd`,请删除`--bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt`,如果提示您没有`/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta`,请将`uniprot_sprot.fasta`换成您数据目录下有的`uniprot_*.fasta`,例如`/data/uniprot/uniprot_trembl.fasta`
#### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;`--param_path`为加载多体模型路径,需要和`--model_name`保持一致。
运行后您会发现卡在`running in multimer mode...`并且没有使用DCU,这是正常的,因为要使用CPU进行序列搜索一段时间,以本项目的多体测试为例,序列搜索结束后会输出`Finished running alignment for sp_Q8IWZ8_SUGP1_HUMAN_SURP_and_G-patch_domain-containing_protein_1_OS_Homo_sapiens_OX_9606_GN_SUGP1_PE_1-SV_2_188_242`信息,然后会卡在这个输出信息,无法使用DCU加速,这是正常现象,因为正在进行更加耗时的CPU操作,具体耗时与您的CPU型号有关
注意您运行多体测试时,如果挂载的AF2数据集如果没有`bfd`而是`small_bfd`,请删除`--bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt`;如果提示您没有`/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta`,请将`uniprot_sprot.fasta`换成您数据目录下有的`uniprot_*.fasta`,例如`/data/uniprot/uniprot_trembl.fasta`
#### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;`--param_path`为加载多体模型路径,需要和`--model_name`保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致.
运行后您会发现卡在`running in multimer mode...`并且没有使用DCU,这是正常的,因为要使用CPU进行序列搜索一段时间,以本项目的多体测试为例,序列搜索结束后会输出`Finished running alignment for sp_Q8IWZ8_SUGP1_HUMAN_SURP_and_G-patch_domain-containing_protein_1_OS_Homo_sapiens_OX_9606_GN_SUGP1_PE_1-SV_2_188_242`信息,然后会卡在这个输出信息,无法使用DCU加速,这是正常现象,因为正在进行更加耗时的CPU操作,具体耗时与您的CPU型号有关。
## result
`--output_dir`目录结构如下:
......
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