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......@@ -128,8 +128,8 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
### 多体
本项目因为多体测试要进行序列搜索,昆山节点CPU在这项工作上非常耗时,所以没有提供对应的alignments以及内置params_model_1_multimer.npz。
若您想要进行多体测试,挂载AF2数据集目录至/data,例如在创建容器时添加"-v /public/DL_DATA/AI/alphaflod:/data:ro"
本项目因为多体测试要进行序列搜索,昆山节点CPU在这项工作上非常耗时,所以没有提供对应的`alignments`以及内置`params_model_1_multimer.npz`
若您想要进行多体测试,挂载AF2数据集目录至/data,例如在创建容器时添加`-v /public/DL_DATA/AI/alphaflod:/data:ro`
python3 inference.py SUGP1.fasta /data/pdb_mmcif/mmcif_files \
--output_dir ./output \
......@@ -153,8 +153,8 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
或者使用`sh inference_multimer.sh`
请根据实际情况修改数据集路径。
注意您运行多体测试时,如果挂载的AF2数据集如果没有"bfd"而是"small_bfd",请删除"--bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt",如果提示您没有"/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta",请将"uniprot_sprot.fasta"换成您数据目录下有的"uniprot_*.fasta",例如"/data/uniprot/uniprot_trembl.fasta"
运行后您会发现卡在"running in multimer mode..."并且没有使用DCU,这是正常的,因为要使用CPU进行序列搜索一段时间,以本项目的多体测试为例,序列搜索结束后会输出"Finished running alignment for sp_Q8IWZ8_SUGP1_HUMAN_SURP_and_G-patch_domain-containing_protein_1_OS_Homo_sapiens_OX_9606_GN_SUGP1_PE_1-SV_2_188_242"信息,然后会卡在这个输出信息,无法使用DCU加速,这是正常现象,因为正在进行更加耗时的CPU操作,具体耗时与您的CPU型号有关。
注意您运行多体测试时,如果挂载的AF2数据集如果没有`bfd`而是`small_bfd`,请删除`--bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt`,如果提示您没有`/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta`,请将`uniprot_sprot.fasta`换成您数据目录下有的`uniprot_*.fasta`,例如`/data/uniprot/uniprot_trembl.fasta`
运行后您会发现卡在`running in multimer mode...`并且没有使用DCU,这是正常的,因为要使用CPU进行序列搜索一段时间,以本项目的多体测试为例,序列搜索结束后会输出`Finished running alignment for sp_Q8IWZ8_SUGP1_HUMAN_SURP_and_G-patch_domain-containing_protein_1_OS_Homo_sapiens_OX_9606_GN_SUGP1_PE_1-SV_2_188_242`信息,然后会卡在这个输出信息,无法使用DCU加速,这是正常现象,因为正在进行更加耗时的CPU操作,具体耗时与您的CPU型号有关。
#### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;`--param_path`为加载多体模型路径,需要和`--model_name`保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致.
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