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@@ -127,27 +127,34 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间，因此我们通过[ray](ht
 要使用ray工作流运行推理，应将参数--enable_workflow添加到cmdline或`./inference.sh`脚本中。
 
 ### 多体
-    python3 inference.py SUGP1.fasta /alphafold/pdb_mmcif/mmcif_files \
-    --output_dir ./output \
-    --gpus 4 \
-    --model_preset multimer \
-    --uniref90_database_path /alphafold/uniref90/uniref90.fasta \
-    --mgnify_database_path /alphafold/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
-    --pdb70_database_path /alphafold/pdb70/pdb70 \
-    --uniclust30_database_path /alphafold/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
-    --uniprot_database_path /alphafold/uniprot/uniprot_trembl.fasta \
-    --pdb_seqres_database_path /alphafold/pdb_seqres/pdb_seqres.txt \
-    --param_path /alphafold/params/params_model_1_multimer.npz \
-    --model_name model_1_multimer \
-    --jackhmmer_binary_path `which jackhmmer` \
-    --hhblits_binary_path `which hhblits` \
-    --hhsearch_binary_path `which hhsearch` \
-    --kalign_binary_path `which kalign` \
-    --chunk_size 4 \
+
+本项目因为多体测试要进行序列搜索，昆山节点CPU在这项工作上非常耗时，所以没有提供对应的alignments以及内置params_model_1_multimer.npz。
+若您想要进行多体测试，挂载AF2数据集目录至/data，例如在创建容器时添加"-v /public/DL_DATA/AI/alphaflod:/data:ro"。
+
+    python3 inference.py SUGP1.fasta /data/pdb_mmcif/mmcif_files \
+    --output_dir ./output  \
+    --gpus 2  \
+    --model_preset multimer  \
+    --uniref90_database_path /data/uniref90/uniref90.fasta  \
+    --mgnify_database_path /data/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa  \
+    --pdb70_database_path /data/pdb70/pdb70  \
+    --uniclust30_database_path /data/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08  \
+    --bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt  \
+    --uniprot_database_path /data/uniprot/uniprot_sprot.fasta  \
+    --pdb_seqres_database_path /data/pdb_seqres/pdb_seqres.txt  \
+    --param_path /data/params/params_model_1_multimer.npz  \
+    --model_name model_1_multimer  \
+    --jackhmmer_binary_path `which jackhmmer`  \
+    --hhblits_binary_path `which hhblits`  \
+    --hhsearch_binary_path `which hhsearch`  \
+    --kalign_binary_path `which kalign`  \
+    --chunk_size 4  \
     --inplace \
 
-或者使用`./inference_multimer.sh`
-根据实际情况修改数据集路径
+或者使用`sh inference_multimer.sh`
+请根据实际情况修改数据集路径。
+注意您运行多体测试时，如果挂载的AF2数据集如果没有"bfd"而是"small_bfd"，请删除"--bfd_database_path /data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt"，如果提示您没有"/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta"，请将"uniprot_sprot.fasta"换成您数据目录下有的"uniprot_*.fasta"，例如"/data/uniprot/uniprot_trembl.fasta"。
+运行后您会发现卡在"running in multimer mode..."并且没有使用DCU，这是正常的，因为要使用CPU进行序列搜索一段时间，以本项目的多体测试为例，序列搜索结束后会输出"Finished running alignment for sp_Q8IWZ8_SUGP1_HUMAN_SURP_and_G-patch_domain-containing_protein_1_OS_Homo_sapiens_OX_9606_GN_SUGP1_PE_1-SV_2_188_242"信息，然后会卡在这个输出信息，无法使用DCU加速，这是正常现象，因为正在进行更加耗时的CPU操作，具体耗时与您的CPU型号有关。
 
 #### 多体推理参数说明
 SUGP1.fasta为推理的多体序列；`--param_path`为加载多体模型路径，需要和`--model_name`保持一致，其他参数同单体推理参数说明一致.