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@@ -37,7 +37,7 @@ docker run -it -d --name fastfold --device=/dev/kfd --privileged --network=host
 激活镜像环境：
 `source /home/env.sh`
 
-测试目录：
+单体测试目录：
 `/home/fastfold_pytorch`
 
 ## 数据集
@@ -127,26 +127,24 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间，因此我们通过[ray](ht
 要使用ray工作流运行推理，应将参数--enable_workflow添加到cmdline或`./inference.sh`脚本中。
 
 ### 多体
-    python inference.py SUGP1.fasta data/pdb_mmcif/mmcif_files/ \
-    --output_dir ./ \
-    --gpus 1 \
-    --use_precomputed_alignments alignments/ \
+    python3 inference.py SUGP1.fasta /alphafold/pdb_mmcif/mmcif_files \
+    --output_dir ./output \
+    --gpus 4 \
     --model_preset multimer \
-    --uniref90_database_path data/uniref90/uniref90.fasta \
-    --mgnify_database_path data/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
-    --pdb70_database_path data/pdb70/pdb70 \
-    --uniclust30_database_path data/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
-    --bfd_database_path data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt \
-    --uniprot_database_path data/uniprot/uniprot_sprot.fasta \
-    --pdb_seqres_database_path data/pdb_seqres/pdb_seqres.txt  \
-    --param_path data/params/params_model_1_multimer.npz \
+    --uniref90_database_path /alphafold/uniref90/uniref90.fasta \
+    --mgnify_database_path /alphafold/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
+    --pdb70_database_path /alphafold/pdb70/pdb70 \
+    --uniclust30_database_path /alphafold/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
+    --uniprot_database_path /alphafold/uniprot/uniprot_trembl.fasta \
+    --pdb_seqres_database_path /alphafold/pdb_seqres/pdb_seqres.txt \
+    --param_path /alphafold/params/params_model_1_multimer.npz \
     --model_name model_1_multimer \
     --jackhmmer_binary_path `which jackhmmer` \
     --hhblits_binary_path `which hhblits` \
     --hhsearch_binary_path `which hhsearch` \
     --kalign_binary_path `which kalign` \
     --chunk_size 4 \
-    --inplace 
+    --inplace \
 
 或者使用`./inference_multimer.sh`