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FastFold_pytorch
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380c66aa
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380c66aa
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Apr 25, 2023
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zhuwenwen
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@Author: zhuww
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@Author: zhuww
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@email: zhuww@sugon.com
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@email: zhuww@sugon.com
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@Date: 2023-03-31 17:09:07
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@Date: 2023-03-31 17:09:07
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@LastEditTime: 2023-04-
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@LastEditTime: 2023-04-
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# FastFold
# FastFold
## 模型介绍
## 模型介绍
...
@@ -90,6 +90,16 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
...
@@ -90,6 +90,16 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
##### 多体推理参数说明
##### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;--param_path为加载多体模型路径,需要和--model_name保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致。
SUGP1.fasta为推理的多体序列;--param_path为加载多体模型路径,需要和--model_name保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致。
## 准确率数据
测试数据:
[
casp14
](
https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi
)
、
[
uniprot
](
https://www.uniprot.org/
)
,使用的加速卡:4张 DCU 1代-16G
准确性数据:
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | LDDT | TM score | MaxSub | RMSD |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
| fp32 | 单体 | T1026 | 172 | 0.914 | 0.765 | 79.634 | 0.941 | 0.907 | 1.289 |
| fp32 | 单体 | T1053 | 580 | 0.937 | 0.782 | 92.284 | 0.984 | 0.929 | 1.105 |
| fp32 | 单体 | Q9NYK1 | 1046 | 0.907 | 0.744 | 86.642 | 0.962 | 0.905 | 5.757 |
## 历史版本
## 历史版本
*
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/FastFold
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https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/FastFold
## 参考
## 参考
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