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+# cirideep
 
-
-# 论文
+## 论文
 CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning
 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202308115
 
 
 
-# 模型结构
+## 模型结构
 CIRI-deep模型可有效用于各转录组样本间推断差异剪接环形RNA，拓展了环形RNA的研究范围，为环形RNA研究提供了新的高效分析方法。同时，CIRI-deepA模型可以提供单细胞及空间水平环形RNA的有效解析，
 
 ![img](./images/image.png)
 
 
 
-# 算法原理
+## 算法原理
 CIRI deep通过深度神经网络对circRNA的顺式特征和样本对（总RNA或富含poly（A）的RNA）的RBP表达进行训练。
 
 ![Alt text](./images/image-1.png)
 
 
-# 环境配置
-## Docker（方法一）
+## 环境配置
+### Docker（方法一）
 
 ```
 docker pull  image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:cirideep
@@ -29,16 +29,8 @@ docker run -dit --shm-size 80g --network=host --name=CIRI --privileged --device=
 docker exec -it CIRI /bin/bash
 ```
 
-安装依赖
-
-```
-pip install ./whl/tensorflow-1.15.1+git06e2e8aa.dtk2404-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl
-pip install -r requirements.txt  -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com
-```
-
-
 
-## Dockerfile（方法二）
+### Dockerfile（方法二）
 
 ```
 docker build -t cirideep:latest .
@@ -46,7 +38,7 @@ docker run -dit --shm-size 80g --network=host --name=CIRI --privileged --device=
 docker exec -it CIRI /bin/bash
 ```
 
-## anaconda (方法三)
+### anaconda (方法三)
 
 1.创建conda虚拟环境：
 
@@ -63,10 +55,10 @@ pip install -r requirements.txt -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trus
 ```
 
 
-# 预测
+## 推理
 
 
-## 用CIRI-deep进行预测
+### 使用CIRI-deep进行预测
 ```
 python CIRIdeep.py predict -geneExp_absmax ./demo/RBPmax_totalRNA.tsv -seqFeature ./demo/cisfeature.tsv -splicing_max ./demo/splicingamount_max.tsv -predict_list ./demo/predict_list.txt -model_path ./models/CIRIdeep.h5 -outdir ./outdir -RBP_dir ./demo/RBPexp_total -splicing_dir ./demo/splicingamount
 ```
@@ -77,7 +69,7 @@ python CIRIdeep.py predict -geneExp_absmax ./demo/RBPmax_totalRNA.tsv -seqFeatur
 
 
 
-## 用CIRI-deepA进行预测
+### 用CIRI-deepA进行预测
 
 ```
 python CIRIdeep.py predict -geneExp_absmax ./demo/RBPmax_polyA.tsv -seqFeature ./demo/cisfeature.tsv -predict_list ./demo/predict_list.txt -model_path ./models/CIRIdeepA.h5 -outdir ./outdir -RBP_dir ./demo/RBPexp_polyA --CIRIdeepA