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# DeePMD-kit(Deep Potential Molecular Dynamics)
## 模型介绍
DeePMD-kit是深度势能分子动力学的开源项目。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动。分子动力学在微观世界模拟中起着承载作用,在物理、化学、生物、材料科学以及力学等领域都有着非常重要的应用。
深势科技成功将DeePMD-kit进行了并行化,首次实现了具有AIMD精度的第一性原理分子动力学模拟的商业与原子规模的应用,为分子动力学提供了革命性的高性能解决方案。
......@@ -15,25 +16,38 @@ DeePMD-Kit,参考https://docs.deepmodeling.com/projects/deepmd/en/master/index.h
原始代码位置:https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit
## 数据集
示例中验证的数据集来自:
wget http://pai-blade.oss-accelerate.aliyuncs.com/bladedisc_notebook_binaries/data/disc_deepmd_example/data.tar.gz
tar -xvf data.tar.gz
实际业务测试请选择合适的数据集进行测试。
## 训练
### 环境配置
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取的训练的docker镜像:
* 训练镜像:
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:deepmd
* 激活镜像环境及运行测试
source /root/env_disc.sh
cd /root/test_case/water
sh run.sh
python依赖安装:
* python依赖安装:
pip3 install -r requirement.txt
pip3 install -r requirement.txt
### 安装
### 安装(如使用镜像,则无需再次安装)
export ROCM_ROOT=/opt/dtk-22.04.2
DP_VARIANT=rocm python3 -m pip install . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn
### 单卡测试
......@@ -41,20 +55,20 @@ DP_VARIANT=rocm python3 -m pip install . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/
使用BladeDISC加速的测试命令(此处以单机单卡规模为例说明),请根据实际使用的卡id号调整run.sh中指定的卡号:
bash run.sh
如果需要关闭BladeDISC加速,需要注释掉main.py文件中的如下内容:
disc.enable()
### 性能和准确率数据
disc.enable()
| case | 优化前(关闭disc) | 优化后(打开disc) | 性能提升 |
| :---- | ----: | :----: | ---- |
water | 3.1s | 2.7s | 12.9%
GeTe_2_body描述符| 4.06s | 2.67s | 34.2%
| GeTe_hybrid描述符 | 18.5s | 17.8s | 3.7% |
### 准确率验证
准确率通过对比优化前与优化后的输出文件lcurve.out输出趋势一致进行确认;
## 历史版本
* https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/bladedisc_deepmd
## 参考
* https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit
# 模型名称
modelName=DeePMD
# 模型描述
modelDescription=DeePMD是深度势能分子动力学的开源项目
# 应用场景(多个标签以英文逗号分割)
appScenario=分子动力学,AI For Science,训练
# 框架类型(多个标签以英文逗号分割)
frameType=BladeDISC,TensorFlow
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