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 # DeePMD
 ## 论文
 参考End-to-end Symmetry Preserving Inter-atomic Potential Energy Model for Finite and Extended Systems
+https://dl.acm.org/doi/pdf/10.5555/3327345.3327356
 
 ## 模型结构
 DeePMD-kit是深度势能分子动力学的开源项目。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动。分子动力学在微观世界模拟中起着承载作用，在物理、化学、生物、材料科>学以及力学等领域都有着非常重要的应用。
@@ -17,6 +18,7 @@ DeePMD-kit使用第一性原理计算的输入、输出结果来训练模型。
 2、将矩阵输入一个多层全连接网络（fitting net），得到该体系中单个原子的能量，求和即可得到体系总能量；
 3、体系总能量对原子坐标求一阶导，一阶导对应原子受力；
 4、将模型输出结果（能量+原子受力）输入分子动力学模拟软件LAMMPS中求解动力学结果；
+![Algorithm_principle](Algorithm_principle.png)
 
 ## 环境配置
 ### Docker(方法一)
@@ -25,19 +27,18 @@ DeePMD-kit使用第一性原理计算的输入、输出结果来训练模型。
 训练镜像：
 ```
   docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:deepmd
+  docker run -it -v /path/your_code_data/:/path/your_code_data/ --shm-size=32G --privileged=true --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --group-add video --name docker_name imageID bash
+
 ```
 激活镜像环境及运行测试
 ```
   source /root/env_disc.sh
 
-  cd /root/test_case/water
-
-  sh run.sh
 ```
 python依赖安装：
 
 ```
-  pip3 install -r requirement.txt
+  pip3 install -r requirements.txt
 ```
 ## 数据集
 
@@ -47,6 +48,15 @@ python依赖安装：
 wget http://pai-blade.oss-accelerate.aliyuncs.com/bladedisc_notebook_binaries/data/disc_deepmd_example/data.tar.gz
 
 tar -xvf data.tar.gz
+data
+    ├── data_0
+    ├── data_1
+        ├──set.000
+        ├──set.001
+        ...
+    ├── data_2
+    ├── data_3
+
 ```
 
 实际业务测试请选择合适的数据集进行测试。
@@ -63,12 +73,17 @@ DP_VARIANT=rocm  python3 -m pip install .  -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/
 
 使用BladeDISC加速的测试命令（此处以单机单卡规模为例说明）,请根据实际使用的卡id号调整run.sh中指定的卡号：
 ```
+    cd /root/test_case/water
+
     bash run.sh
 ```
 如果需要关闭BladeDISC加速，需要注释掉main.py文件中的如下内容：
 ```
     disc.enable()
 ```
+## result
+无
+
 ## 精度
 ![DeePMD_result](DeePMD_result.jpg)
 
@@ -77,13 +92,13 @@ DP_VARIANT=rocm  python3 -m pip install .  -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/
 AI For Science
 
 ### 热点行业
-分子动力学,AI For Science
+分子动力学,AI For Science,半导体材料
 
-### 源码仓库及问题反馈
+## 源码仓库及问题反馈
 
 https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/bladedisc_deepmd
 
-### 参考
+## 参考资料
 
 https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit 
 

model.properties

 # 模型唯一标识
 modelCode=134
 # 模型名称
-modelName=DeePMD_bladedisc
+modelName=deepmd_bladedisc
 # 模型描述
 modelDescription=DeePMD是深度势能分子动力学的开源项目,基于BladeDISC进行深度学习编译优化
 # 应用场景(多个标签以英文逗号分割)
-appScenario=训练,分子动力学,AI For Science
+appScenario=训练,分子动力学,AI For Science,半导体材料
 # 框架类型(多个标签以英文逗号分割)
 frameType=BladeDISC,TensorFlow