README.md

# DeePMD-kit(Deep Potential Molecular Dynamics)
## 模型介绍
DeePMD-kit是深度势能分子动力学的开源项目。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动。分子动力学在微观世界模拟中起着承载作用，在物理、化学、生物、材料科学以及力学等领域都有着非常重要的应用。

深势科技成功将DeePMD-kit进行了并行化，首次实现了具有AIMD精度的第一性原理分子动力学模拟的商业与原子规模的应用，为分子动力学提供了革命性的高性能解决方案。

## 模型结构

DeePMD-Kit,参考https://docs.deepmodeling.com/projects/deepmd/en/master/index.html

## DeePMD代码参考版本

版本：v2.1.5

原始代码位置：https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit

## 数据集
示例中验证的数据集来自：

wget http://pai-blade.oss-accelerate.aliyuncs.com/bladedisc_notebook_binaries/data/disc_deepmd_example/data.tar.gz
tar -xvf data.tar.gz
实际业务测试请选择合适的数据集进行测试。

## 训练

### 环境配置
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取的训练的docker镜像：
* 训练镜像：

python依赖安装：

    pip3 install -r requirement.txt

### 安装

export ROCM_ROOT=/opt/dtk-22.04.2
DP_VARIANT=rocm  python3 -m pip install .  -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple --trusted-host pypi.tuna.tsinghua.edu.cn

### 单卡测试

使用BladeDISC加速的测试命令（此处以单机单卡规模为例说明）,请根据实际使用的卡id号调整run.sh中指定的卡号：

    bash run.sh
如果需要关闭BladeDISC加速，需要注释掉main.py文件中的如下内容：
    disc.enable()

### 性能和准确率数据

| case | 优化前(关闭disc) | 优化后(打开disc) | 性能提升 |
| :---- | ----: | :----: | ---- |
water | 3.1s | 2.7s | 12.9%
 GeTe_2_body描述符| 4.06s | 2.67s | 34.2%
| GeTe_hybrid描述符 | 18.5s | 17.8s | 3.7% |

准确率通过对比优化前与优化后的输出文件lcurve.out输出趋势一致进行确认；


## 参考
* https://github.com/deepmodeling/deepmd-kit