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......@@ -19,7 +19,7 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经
![img](./docs/alphafold2_1.png)
## 环境配置
<!-- ## 环境配置
### Docker
......@@ -65,9 +65,9 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经
wget https://github.com/openmm/pdbfixer/archive/refs/tags/1.9.zip
unzip 1.9.zip && cd pdbfixer-1.9 && python setup.py install
unzip 1.9.zip && cd pdbfixer-1.9 && python setup.py install -->
<!-- ## 环境配置
## 环境配置
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/image/dcu/custom)拉取推理的docker镜像:
```
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.3.2-dtk23.10-py38
......@@ -81,7 +81,7 @@ docker run -it --name alphafold --privileged --shm-size=32G --device=/dev/kfd -
* DTK驱动:dtk23.10
* Jax: 0.3.25
* TensorFlow2: 2.11.0
* python: python3.8 -->
* python: python3.8
## 数据集
推荐使用AlphaFold2中的开源数据集,包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下:
......
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