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...@@ -2,7 +2,7 @@ ...@@ -2,7 +2,7 @@
* @Author: zhuww * @Author: zhuww
* @email: zhuww@sugon.com * @email: zhuww@sugon.com
* @Date: 2023-04-06 18:04:07 * @Date: 2023-04-06 18:04:07
* @LastEditTime: 2023-08-18 16:21:01 * @LastEditTime: 2023-08-24 09:34:01
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# AlphaFold2 # AlphaFold2
## 论文 ## 论文
...@@ -16,12 +16,15 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经 ...@@ -16,12 +16,15 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经
## 环境配置 ## 环境配置
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取推理的docker镜像: 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取推理的docker镜像:
* 推理镜像:docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38 ```
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38
docker run -it --name alphafold --shm-size=32G --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined --ulimit memlock=-1:-1 --ipc=host --network host --group-add video image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38 /bin/bash
```
镜像版本依赖: 镜像版本依赖:
* DTK驱动:dtk22.04.2 * DTK驱动:dtk22.04.2
* Jax: 0.3.14 * Jax: 0.3.14
* TensorFlow2: 2.7.0 * TensorFlow2: 2.10.0
* python: python3.8 * python: python3.8
激活镜像环境: 激活镜像环境:
...@@ -39,7 +42,6 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经 ...@@ -39,7 +42,6 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息,使用神经
此处提供了一个脚本download_all_data.sh用于下载使用的数据集和模型文件: 此处提供了一个脚本download_all_data.sh用于下载使用的数据集和模型文件:
git clone http://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/alphafold2.git
./scripts/download_all_data.sh 数据集下载目录 ./scripts/download_all_data.sh 数据集下载目录
## 推理 ## 推理
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