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553414eb · zhuwenwen · ddaaa43a · 553414eb
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 * @Author: zhuww
 * @email: zhuww@sugon.com
 * @Date: 2023-04-06 18:04:07
- * @LastEditTime: 2023-08-18 16:21:01
+ * @LastEditTime: 2023-08-24 09:34:01
 -->
 # AlphaFold2
 ## 论文
@@ -16,12 +16,15 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经

 ## 环境配置
 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/service-details)拉取推理的docker镜像：
-* 推理镜像：docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38
+```
+docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38
+docker run -it --name alphafold --shm-size=32G  --device=/dev/kfd --device=/dev/dri/ --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined --ulimit memlock=-1:-1 --ipc=host --network host --group-add video image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.2.1-centos7.6-dtk-22.04.2-py38 /bin/bash
+```

 镜像版本依赖：
 * DTK驱动：dtk22.04.2
 * Jax: 0.3.14
-* TensorFlow2: 2.7.0
+* TensorFlow2: 2.10.0
 * python: python3.8

 激活镜像环境：
@@ -39,7 +42,6 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经

 此处提供了一个脚本download_all_data.sh用于下载使用的数据集和模型文件：

-    git clone http://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/alphafold2.git
    ./scripts/download_all_data.sh 数据集下载目录

 ## 推理