fix download datasets error

README.md

@@ -14,6 +14,7 @@ AlphaFold2是一个用于预测蛋白质三维结构的深度学习模型。
 
 我们提供了一个脚本download_all_data.sh用于下载使用的数据集和模型文件：
 
+    git clone http://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/alphafold2.git
     ./scripts/download_all_data.sh 数据集下载目录
 
 ## 推理
@@ -27,10 +28,6 @@ AlphaFold2是一个用于预测蛋白质三维结构的深度学习模型。
 
 `source /opt/openmm-hip/env.sh`
 
-测试目录：
-
-`/opt/docker/test`
-
 ### 推理
 我们分别提供了基于Jax的单体和多体的推理脚本，版本依赖：
 * Jax(DCU版本) >= 0.3.14

scripts/download_pdb_mmcif.sh

@@ -45,9 +45,9 @@ echo "  * rsync.ebi.ac.uk::pub/databases/pdb/data/structures/divided/mmCIF/ (Eur
 echo "  * ftp.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ (Asia)"
 echo "or see https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites for more download options."
 mkdir --parents "${RAW_DIR}"
-# rsync --recursive --links --perms --times --compress --info=progress2 --delete --port=33444 \
-#   rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ \
-#   "${RAW_DIR}"
+ rsync --recursive --links --perms --times --compress --info=progress2 --delete --port=33444 \
+   rsync.rcsb.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ \
+   "${RAW_DIR}"
 
 # rsync --recursive --links --perms --times --compress --info=progress2 --delete --port=33444 \
 #   data.pdbj.org::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ \
@@ -59,7 +59,7 @@ find "${RAW_DIR}/" -type f -iname "*.gz" -exec gunzip {} +
 echo "Flattening all mmCIF files..."
 mkdir --parents "${MMCIF_DIR}"
 find "${RAW_DIR}" -type d -empty -delete  # Delete empty directories.
-for subdir in "${RAW_DIR}"/*; do
+for subdir in "${RAW_DIR}"; do
   mv "${subdir}/"*.cif "${MMCIF_DIR}"
 done