Skip to content

GitLab

Switch branch/tag
Find file Normal viewHistoryPermalink
selected_system.py 2.8 KB
Newer Older
Xiang Gao's avatar
torchani 0.1  
Xiang Gao committed
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64 
mols = {
    '20': [
        'COC(=O)c1ccc([N+](=O)[O-])cc1',
        'O=c1nnc2ccccc2n1CO',
        'CCc1ccc([N+](=O)[O-])cc1',
        'Nc1ccc(c2cnco2)cc1',
        'COc1ccc(N)c(N)c1',
        'O=C(O)CNc1ccccc1',
        'NC(=O)NNc1ccccc1',
        'Cn1c(=O)oc(=O)c2ccccc12',
        'CC(=O)Nc1ccc(O)cc1',
        'COc1ccc(CC#N)cc1'
    ],
    '50': [
        'O=[N+]([O-])c1ccc(NN=Cc2ccc(C=NNc3ccc([N+](=O)[O-])cc3[N+](=O)[O-])cc2)c([N+](=O)[O-])c1',
        'CCCCCc1nccnc1OCC(C)(C)CC(C)C',
        'CC(C)(C)c1ccc(N(C(=O)c2ccccc2)C(C)(C)C)cc1',
        'CCCCCCCCCCCOC(=O)Nc1ccccc1',
        'CC(=O)NCC(CN1CCCC1)(c1ccccc1)c1ccccc1',
        'CCCCCc1cnc(C)c(OCC(C)(C)CCC)n1',
        'CCCCCCCCCCCCN1CCOC(=O)C1',
        'CCCCOc1ccc(C=Nc2ccc(CCCC)cc2)cc1',
        'CC1CC(C)C(=NNC(=O)N)C(C(O)CC2CC(=O)NC(=O)C2)C1',
        'CCCCCOc1ccc(C=Nc2ccc(C(=O)OCC)cc2)cc1'
    ],
    '10': [
        'N#CCC(=O)N',
        'N#CCCO',
        'O=C1NC(=O)C(=O)N1',
        'COCC#N',
        'N#CCNC=O',
        'ON=CC=NO',
        'NCC(=O)O',
        'NC(=O)CO',
        'N#Cc1ccco1',
        'C=CC(=O)N'
    ],
    '4,5,6': [
        'C',
        'C#CC#N',
        'C=C',
        'CC#N',
        'C#CC#C',
        'O=CC#C',
        'C#C'
    ],
    '100': [
        'CC(C)C[C@@H](C(=O)O)NC(=O)C[C@@H]([C@H](CC1CCCCC1)NC(=O)CC[C@@H]([C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)OC(C)(C)C)O)O',
        'CC(C)(C)OC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)[C@@H](CN[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc3ccccc3)C(=O)N)O',
        'CC(C)(C)OC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)[C@H](CN[C@@H](Cc2ccccc2)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc3ccccc3)C(=O)N)O',
        'CC[C@H](c1ccc(cc1)O)[C@H](c2ccc(cc2)O)C(=O)OCCCCCCCCOC(=O)C(c3ccc(cc3)O)C(CC)c4ccc(cc4)O',
        'CC/C(=C\\CC[C@H](C)C[C@@H](C)CC[C@@H]([C@H](C)C(=O)C[C@H]([C@H](C)[C@@H](C)OC(=O)C[C@H](/C(=C(\\C)/C(=O)O)/C(=O)O)O)O)O)/C=C/C(=O)O',
        'CC[C@H](C)[C@H]1C(=O)NCCCOc2ccc(cc2)C[C@@H](C(=O)N1)NC(=O)[C@@H]3Cc4ccc(cc4)OCCCCC(=O)N[C@H](C(=O)N3)C(C)C',
        'CC(C)(C)CC(C)(C)c1ccc(cc1)OCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCO',
        'CCOC(=O)CC[C@H](C[C@@H]1CCNC1=O)NC(=O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)[C@H](CCC(=O)OC(C)(C)C)NC(=O)OCc3ccccc3',
        'C[C@]12CC[C@@H]3c4ccc(cc4CC[C@H]3[C@@H]1C[C@@H]([C@@H]2O)CCCCCCCCC(=O)OC[C@@H]5[C@H]([C@H]([C@@H](O5)n6cnc7c6ncnc7N)O)O)O',
        'c1cc(ccc1CCc2c[nH]c3c2C(=O)NC(=N3)N)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)N[C@@H](CCC(=O)N[C@@H](CCC(=O)N[C@H](CCC(=O)O)C(=O)O)C(=O)O)C(=O)O)C(=O)O'
    ],
    '305': [
        '[H]/N=C(/N)\\NCCC[C@H](C(=O)N[C@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@H](Cc1ccc(cc1)O)C(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)NCC(=O)O)NC(=O)[C@H](CCCCNC(=O)[C@@H](Cc2ccc(cc2)O)NC(=O)[C@@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@@H](CCCN/C(=N\\[H])/N)N)NC(=O)[C@@H](Cc3ccc(cc3)O)NC(=O)[C@@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@@H](CCCN/C(=N\\[H])/N)N)NC(=O)[C@@H](Cc4ccc(cc4)O)NC(=O)[C@@H]([C@@H](C)O)NC(=O)[C@@H](CCCN/C(=N\\[H])/N)N)N'
    ]
}

mol_file = "molecules.hdf5"