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PyTorch Cluster是一个小型的扩展库,其中包含了高度优化的图聚类算法,用于在PyTorch中使用。该包包括以下聚类算法:Graclus,Voxel Grid Pooling,迭代最远点采样,k-NN和Radius图生成,基于最近点的聚类,随机游走采样等。DAS软件栈中的PyTorch Cluster版本,不仅保证了组件核心功能在DCU加速卡的可用性,还针对DCU特有的硬件架构进行了深度定制优化。这使得开发者能够以极低的成本,轻松实现应用程序在DCU加速卡上的快速迁移和性能提升。目前支持Pytorch1.13 Pyotrch2.1 Pytorch2.4.1 Pytorch2.5.1 PyTorch Cluster是一个小型的扩展库,其中包含了高度优化的图聚类算法,用于在PyTorch中使用。该包包括以下聚类算法:Graclus,Voxel Grid Pooling,迭代最远点采样,k-NN和Radius图生成,基于最近点的聚类,随机游走采样等。DAS软件栈中的PyTorch Cluster版本,不仅保证了组件核心功能在DCU加速卡的可用性,还针对DCU特有的硬件架构进行了深度定制优化。这使得开发者能够以极低的成本,轻松实现应用程序在DCU加速卡上的快速迁移和性能提升。目前支持Pytorch1.13 Pyotrch2.1 Pytorch2.4.1 Pytorch2.5.1
## 安装 ## 安装
组件支持组合
### 使用pip方式安装 | PyTorch版本 | fastpt版本 |pytorch_Cluster版本 | DTK版本 | Python版本 | 推荐编译方式 |
pytorch-cluster whl包下载目录:[https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/installation?id=2083b36e-6c1b-11ef-bb3e-005056904552&type=frame](https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/installation?id=2083b36e-6c1b-11ef-bb3e-005056904552&type=frame). | ----------- | ----------- | -------------------- | ------------ | ---------------- | ------------ |
```shell | 2.5.1 | 2.1.0 |1.6.3 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 |
pip install torch_cluster* (下载的torch_cluster的whl包) | 2.4.1 | 2.0.1 |1.6.3 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 |
``` | 其他 | 其他 | 其他 | 其他 | 3.8、3.10、3.11 | hip转码 |
### 使用源码编译方式安装
+ pytorch版本大于2.4.1 && dtk版本大于25.04 推荐使用fastpt不转码编译。
#### 编译环境准备
- 安装相关依赖 - 安装相关依赖
```shell ```shell
pip install numpy
pip install 'urllib3==1.26.14' pip install 'urllib3==1.26.14'
pip install pytest pip install pytest
pip install wheel pip install wheel
``` ```
- 在首页 | 光合开发者社区下载 dtk25.04 解压至 /opt/ 路径下,并建立软链接 ### 1、使用pip方式安装
pytorch-cluster whl包下载目录:[光和开发者社区](https://download.sourcefind.cn:65024/4/main/torch_cluster),选择对应的pytorch版本和python版本下载对应torch_cluster的whl包
```shell ```shell
cd /opt && ln -s dtk-25.04 dtk pip install torch* (下载torch的whl包)
pip install fastpt* --no-deps (下载fastpt的whl包)
source /usr/local/bin/fastpt -E
pip install torch_cluster* (下载的torch_cluster-fastpt的whl包)
```
### 2、使用源码编译方式安装
- 安装pytorch,pytorch whl包下载目录:[http://10.16.4.1:8000/debug/pytorch/dtk25.04/](http://10.16.4.1:8000/debug/pytorch/dtk25.04/),根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下: #### 编译环境准备
pip install torch* (下载的torch的whl包) 提供基于fastpt不转码编译:
- 安装fastpt,fastpt whl包下载目录:[https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/home](https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/home). 1. 基于光源pytorch基础镜像环境:镜像下载地址:[光合开发者社区](https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch),根据pytorch、python、dtk及系统下载对应的镜像版本。
pip install fastpt*
2. 基于现有python环境:安装pytorch,fastpt whl包下载目录:[光合开发者社区](https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch),根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下:
```shell
pip install torch* (下载torch的whl包)
pip install fastpt* --no-deps (下载fastpt的whl包, 安装顺序,先安装torch,后安装fastpt)
``` ```
#### 源码编译安装 #### 源码编译安装
```shell ```shell
git clone -b 1.6.3-fastpt http://developer.hpccube.com/codes/aicomponent/torch-cluster.git git clone http://developer.sourcefind.cn/codes/OpenDAS/torch-cluster.git # 根据编译需要切换分支
```
- 提供2种源码编译方式(进入torch-cluster目录):
1. 设置不转码编译环境变量
```shell
export FORCE_CUDA=1 export FORCE_CUDA=1
source /usr/local/bin/fastpt -C source /usr/local/bin/fastpt -C
```
cd pytorch_cluster 2. 编译whl包并安装
```shell
cd pytorch_cluster || torch-cluster
python setup.py bdist_wheel python setup.py bdist_wheel
pip install dist/*.whl pip install dist/*.whl
```
3. 源码编译安装
```shell
python3 setup.py install
``` ```
#### 注意事项
+ 若使用pip install下载安装过慢,可添加pypi清华源:-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
+ ROCM_PATH为dtk的路径,默认为/opt/dtk
## 验证
python -c "import torch_cluster; torch_cluster.\_\_version__",版本号与官方版本同步,查询该软件的版本号,例如1.6.3
## 单测 ## 单测
```shell ```shell
cd pytorch_cluster cd torch-cluster
pytest pytest
``` ```
## Known Issue ## Known Issue
完成安装进行单测时,会报错ImportError: Could not find module '_version_cpu' ~,在根目录/下查找一下,然后把库文件目录添加一下软链接即可。 + 完成安装进行单测时,会报错ImportError: Could not find module '_version_cpu' ~,在根目录/下查找一下,然后把库文件目录添加一下软链接即可。
``` ```shell
find / -name "_version_cpu.so" find / -name "_version_cpu.so"
cd /pytorch_cluster/torch_cluster cd /pytorch_cluster/torch_cluster
ln -s /usr/local/lib/python3.8/site-packages/torch_cluster/* . ln -s /usr/local/lib/python3.8/site-packages/torch_cluster/* .
``` ```
## 参考资料 ## 参考资料
[README_ORIGIN](README_ORIGIN.md)
PyTorch Cluster官方github地址:[https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster](https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster) PyTorch Cluster官方github地址:[https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster](https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster)
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