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# OpenFold # <div align="center"><strong>OpenFold</strong></div>
## 简介
OpenFold是蛋白质结构预测模型训练和推理的库,主要提供以下功能:蛋白质单体和多体的训练和推理。OpenFold官方github地址:[https://github.com/aqlaboratory/openfold](https://github.com/aqlaboratory/openfold)
## 安装 ## 安装
OpenFold支持 OpenFold支持
...@@ -14,48 +16,42 @@ openfold whl包下载目录:[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/openfold/ ...@@ -14,48 +16,42 @@ openfold whl包下载目录:[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/openfold/
pip install openfold* (下载的openfold的whl包) pip install openfold* (下载的openfold的whl包)
``` ```
### 使用源码安装 ### 使用源码编译方式安装
#### 编译环境准备 #### 编译环境准备
pytorch whl包下载目录:[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04](https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04) 提供2种环境准备方式:
根据python版本,下载对应pytorch的whl包
```shell
pip install torch* (下载的torch的whl包)
```
1. 基于光源pytorch基础镜像环境:镜像下载地址:[https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch](https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch),根据pytorch、python、dtk及系统下载对应的镜像版本。
2. 基于现有python环境:安装pytorch,pytorch whl包下载目录:[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04](https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04),根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下:
```shell ```shell
pip install setuptools=59.5.0 wheel pip install torch* (下载的torch的whl包)
pip install setuptools==59.5.0 wheel
``` ```
#### 编译安装 #### 源码编译安装
```shell ```shell
git clone https://developer.hpccube.com/codes/aicomponent/openfold # 根据需要的分支进行切换 git clone https://developer.hpccube.com/codes/aicomponent/openfold # 根据需要的分支进行切换
cd openfold ```
1、 编译whl包并安装 - 提供2种源码编译方式(进入openfold目录):
```
1. 编译whl包并安装
python setup.py bdist_wheel python setup.py bdist_wheel
pip install dist/openfold* pip install dist/openfold*
2、 直接编译安装 2. 源码编译安装
python setup.py install python3 setup.py install
``` ```
## 安装包命名
例: openfold-1.0.1+gitae4af8f.abi0.dtk2304.torch1.10-cp37-cp37m-manylinux2014_x86_64.whl
- openfold: 安装包名称;
- 1.0.1: 安装包版本号;
- gitae4af8f: git号;
- abi0: 对应centos和rocky多系统的标识,取值为abi0(centos7),abi1(rocky8),可使用命令行动态查询获取辅助判断(echo '#include <string>' | gcc -x c++ -E -dM - | fgrep _GLIBCXX_USE_CXX11_ABI);
- dtk2304: 对应dtk大版本号,命令行动态查询取值(/opt/dtk-23.04/.info/rocm_version);
- torch1.10: 对应构建的torch版本号,命令行动态查询取值(torch.\_\_version__);
- cp37-cp37m: 对应python版本号;
- manylinux2014_x86_64: 系统架构;
## 版本号查询 ## 版本号查询
- openfold.\_\_version__:与官方版本同步,查询该安装包的版本号,例如1.0.1; - python -c "import openfold; print(openfold.\_\_version__)",版本号与官方版本同步,查询该软件的版本号,例如1.0.1;
## Known Issue
-
## Note ## Note
+ 若使用 pip install 下载安装过慢,可添加源:-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ + 若使用 pip install 下载安装过慢,可添加源:-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
## 参考 ## 参考
- [README_ORIGIN](README_ORIGIN.md) - [README_ORIGIN](README_ORIGIN.md)
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