utils.py

import argparse
from datetime import date


def add_data_args(parser: argparse.ArgumentParser):
    parser.add_argument(
        '--uniref90_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--mgnify_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--pdb70_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--pdb_seqres_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--uniclust30_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--uniprot_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--bfd_database_path', type=str, default=None,
    )
    parser.add_argument(
        '--jackhmmer_binary_path', type=str, default='/usr/bin/jackhmmer'
    )
    parser.add_argument(
        '--hhblits_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hhblits'
    )
    parser.add_argument(
        '--hhsearch_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hhsearch'
    )
    parser.add_argument(
        '--hmmsearch_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hmmsearch'
    )
    parser.add_argument(
        '--hmmbuild_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hmmbuild'
    )
    parser.add_argument(
        '--kalign_binary_path', type=str, default='/usr/bin/kalign'
    )
    parser.add_argument(
        '--max_template_date', type=str, 
        default=date.today().strftime("%Y-%m-%d"),
    )
    parser.add_argument(
        '--obsolete_pdbs_path', type=str, default=None
    )
    parser.add_argument(
        '--release_dates_path', type=str, default=None
    )