update docker image and bump DSE

DeepSpeedExamples @ a0a80fcc

-Subproject commit 9e2c34e31cec99f7d5785c6a1a3b0854c322f883
+Subproject commit a0a80fcc010be54dca1710d71436859eabc52c0c

azure-pipelines-docker.yml

@@ -29,7 +29,7 @@ stages:
       displayName: Build and Push
       inputs:
         command: buildAndPush
-        dockerfile: '$(Build.SourcesDirectory)/Dockerfile'
+        dockerfile: '$(Build.SourcesDirectory)/docker/Dockerfile'
         repository: deepspeed/deepspeed
         tags: |
           $(tag)

Dockerfile → docker/Dockerfile

@@ -11,11 +11,13 @@ RUN mkdir -p ${STAGE_DIR}
 ##############################################################################
 RUN apt-get update && \
     apt-get install -y --no-install-recommends \
-    software-properties-common \
-    openssh-client openssh-server \
-    pdsh curl sudo net-tools \
-    vim iputils-ping wget
-    #llvm-9-dev cmake
+        software-properties-common build-essential autotools-dev \
+        nfs-common pdsh \
+        cmake g++ gcc \
+        curl wget vim tmux emacs less unzip \
+        htop iftop iotop ca-certificates openssh-client openssh-server \
+        rsync iputils-ping net-tools sudo \
+        llvm-9-dev
 
 ##############################################################################
 # Installation Latest Git
@@ -25,6 +27,43 @@ RUN add-apt-repository ppa:git-core/ppa -y && \
     apt-get install -y git && \
     git --version
 
+##############################################################################
+# Client Liveness & Uncomment Port 22 for SSH Daemon
+##############################################################################
+# Keep SSH client alive from server side
+RUN echo "ClientAliveInterval 30" >> /etc/ssh/sshd_config
+RUN cp /etc/ssh/sshd_config ${STAGE_DIR}/sshd_config && \
+    sed "0,/^#Port 22/s//Port 22/" ${STAGE_DIR}/sshd_config > /etc/ssh/sshd_config
+
+##############################################################################
+# Mellanox OFED
+##############################################################################
+ENV MLNX_OFED_VERSION=4.6-1.0.1.1
+RUN apt-get install -y libnuma-dev
+RUN cd ${STAGE_DIR} && \
+    wget -q -O - http://www.mellanox.com/downloads/ofed/MLNX_OFED-${MLNX_OFED_VERSION}/MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64.tgz | tar xzf - && \
+    cd MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64 && \
+    ./mlnxofedinstall --user-space-only --without-fw-update --all -q && \
+    cd ${STAGE_DIR} && \
+    rm -rf ${STAGE_DIR}/MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64*
+
+##############################################################################
+# nv_peer_mem
+##############################################################################
+ENV NV_PEER_MEM_VERSION=1.1
+ENV NV_PEER_MEM_TAG=1.1-0
+RUN mkdir -p ${STAGE_DIR} && \
+    git clone https://github.com/Mellanox/nv_peer_memory.git --branch ${NV_PEER_MEM_TAG} ${STAGE_DIR}/nv_peer_memory && \
+    cd ${STAGE_DIR}/nv_peer_memory && \
+    ./build_module.sh && \
+    cd ${STAGE_DIR} && \
+    tar xzf ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory_${NV_PEER_MEM_VERSION}.orig.tar.gz && \
+    cd ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory-${NV_PEER_MEM_VERSION} && \
+    apt-get update && \
+    apt-get install -y dkms && \
+    dpkg-buildpackage -us -uc && \
+    dpkg -i ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory_${NV_PEER_MEM_TAG}_all.deb
+
 ##############################################################################
 # OPENMPI
 ##############################################################################
@@ -63,6 +102,7 @@ RUN apt-get install -y python3 python3-dev && \
     # Print python an pip version
     python -V && pip -V
 RUN pip install pyyaml
+RUN pip install ipython
 
 ##############################################################################
 # TensorFlow
@@ -70,6 +110,49 @@ RUN pip install pyyaml
 ENV TENSORFLOW_VERSION=1.15.2
 RUN pip install tensorflow-gpu==${TENSORFLOW_VERSION}
 
+##############################################################################
+# Some Packages
+##############################################################################
+RUN apt-get update && \
+    apt-get install -y --no-install-recommends \
+        libsndfile-dev \
+        libcupti-dev \
+        libjpeg-dev \
+        libpng-dev \
+        screen
+RUN pip install psutil \
+                yappi \
+                cffi \
+                ipdb \
+                pandas \
+                matplotlib \
+                py3nvml \
+                pyarrow \
+                graphviz \
+                astor \
+                boto3 \
+                tqdm \
+                sentencepiece \
+                msgpack \
+                requests \
+                pandas \
+                sphinx \
+                sphinx_rtd_theme \
+                scipy \
+                numpy \
+                sklearn \
+                scikit-learn \
+                nvidia-ml-py3 \
+                mpi4py \
+                cupy-cuda100
+
+##############################################################################
+## SSH daemon port inside container cannot conflict with host OS port
+###############################################################################
+ENV SSH_PORT=2222
+RUN cat /etc/ssh/sshd_config > ${STAGE_DIR}/sshd_config && \
+    sed "0,/^#Port 22/s//Port ${SSH_PORT}/" ${STAGE_DIR}/sshd_config > /etc/ssh/sshd_config
+
 ##############################################################################
 # PyTorch
 ##############################################################################
@@ -81,46 +164,11 @@ RUN pip install torchvision==${TORCHVISION_VERSION}
 RUN pip install tensorboardX==${TENSORBOARDX_VERSION}
 
 ##############################################################################
-# Temporary Installation Directory
-##############################################################################
-ENV STAGE_DIR=/tmp
-RUN mkdir -p ${STAGE_DIR}
-
-##############################################################################
-# Mellanox OFED
-##############################################################################
-ENV MLNX_OFED_VERSION=4.6-1.0.1.1
-RUN apt-get install -y libnuma-dev
-RUN cd ${STAGE_DIR} && \
-    wget -q -O - http://www.mellanox.com/downloads/ofed/MLNX_OFED-${MLNX_OFED_VERSION}/MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64.tgz | tar xzf - && \
-    cd MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64 && \
-    ./mlnxofedinstall --user-space-only --without-fw-update --all -q && \
-    cd ${STAGE_DIR} && \
-    rm -rf ${STAGE_DIR}/MLNX_OFED_LINUX-${MLNX_OFED_VERSION}-ubuntu18.04-x86_64*
-
-##############################################################################
-# nv_peer_mem
+# PyYAML build issue
+# https://stackoverflow.com/a/53926898
 ##############################################################################
-ENV NV_PEER_MEM_VERSION=1.1
-ENV NV_PEER_MEM_TAG=1.1-0
-RUN mkdir -p ${STAGE_DIR} && \
-    git clone https://github.com/Mellanox/nv_peer_memory.git --branch ${NV_PEER_MEM_TAG} ${STAGE_DIR}/nv_peer_memory && \
-    cd ${STAGE_DIR}/nv_peer_memory && \
-    ./build_module.sh && \
-    cd ${STAGE_DIR} && \
-    tar xzf ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory_${NV_PEER_MEM_VERSION}.orig.tar.gz && \
-    cd ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory-${NV_PEER_MEM_VERSION} && \
-    apt-get update && \
-    apt-get install -y dkms && \
-    dpkg-buildpackage -us -uc && \
-    dpkg -i ${STAGE_DIR}/nvidia-peer-memory_${NV_PEER_MEM_TAG}_all.deb
-
-##############################################################################
-## SSH daemon port inside container cannot conflict with host OS port
-###############################################################################
-ENV SSH_PORT=2222
-RUN cat /etc/ssh/sshd_config > ${STAGE_DIR}/sshd_config && \
-    sed "0,/^#Port 22/s//Port ${SSH_PORT}/" ${STAGE_DIR}/sshd_config > /etc/ssh/sshd_config
+RUN rm -rf /usr/lib/python3/dist-packages/yaml && \
+    rm -rf /usr/lib/python3/dist-packages/PyYAML-*
 
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