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Commit 5e6d705e authored by Peter Eastman's avatar Peter Eastman
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Created simulateGromacs.py example

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;
; File 'topol.top' was generated
; By user: peastman (1000)
; On host: higgs
; At date: Wed Apr 17 13:46:13 2013
;
; This is a standalone topology file
;
; It was generated using program:
; pdb2gmx - VERSION 4.5.5
;
; Command line was:
; pdb2gmx -f input.pdb
;
; Force field was read from the standard Gromacs share directory.
;
; Include forcefield parameters
#include "amber99sb.ff/forcefield.itp"
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
Protein 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
; residue 1 LEU rtp NLEU q +1.0
1 N3 1 LEU N 1 0.101 14.01 ; qtot 0.101
2 H 1 LEU H1 2 0.2148 1.008 ; qtot 0.3158
3 H 1 LEU H2 3 0.2148 1.008 ; qtot 0.5306
4 H 1 LEU H3 4 0.2148 1.008 ; qtot 0.7454
5 CT 1 LEU CA 5 0.0104 12.01 ; qtot 0.7558
6 HP 1 LEU HA 6 0.1053 1.008 ; qtot 0.8611
7 CT 1 LEU CB 7 -0.0244 12.01 ; qtot 0.8367
8 HC 1 LEU HB1 8 0.0256 1.008 ; qtot 0.8623
9 HC 1 LEU HB2 9 0.0256 1.008 ; qtot 0.8879
10 CT 1 LEU CG 10 0.3421 12.01 ; qtot 1.23
11 HC 1 LEU HG 11 -0.038 1.008 ; qtot 1.192
12 CT 1 LEU CD1 12 -0.4106 12.01 ; qtot 0.7814
13 HC 1 LEU HD11 13 0.098 1.008 ; qtot 0.8794
14 HC 1 LEU HD12 14 0.098 1.008 ; qtot 0.9774
15 HC 1 LEU HD13 15 0.098 1.008 ; qtot 1.075
16 CT 1 LEU CD2 16 -0.4104 12.01 ; qtot 0.665
17 HC 1 LEU HD21 17 0.098 1.008 ; qtot 0.763
18 HC 1 LEU HD22 18 0.098 1.008 ; qtot 0.861
19 HC 1 LEU HD23 19 0.098 1.008 ; qtot 0.959
20 C 1 LEU C 20 0.6123 12.01 ; qtot 1.571
21 O 1 LEU O 21 -0.5713 16 ; qtot 1
; residue 2 SER rtp SER q 0.0
22 N 2 SER N 22 -0.4157 14.01 ; qtot 0.5843
23 H 2 SER H 23 0.2719 1.008 ; qtot 0.8562
24 CT 2 SER CA 24 -0.0249 12.01 ; qtot 0.8313
25 H1 2 SER HA 25 0.0843 1.008 ; qtot 0.9156
26 CT 2 SER CB 26 0.2117 12.01 ; qtot 1.127
27 H1 2 SER HB1 27 0.0352 1.008 ; qtot 1.162
28 H1 2 SER HB2 28 0.0352 1.008 ; qtot 1.198
29 OH 2 SER OG 29 -0.6546 16 ; qtot 0.5431
30 HO 2 SER HG 30 0.4275 1.008 ; qtot 0.9706
31 C 2 SER C 31 0.5973 12.01 ; qtot 1.568
32 O 2 SER O 32 -0.5679 16 ; qtot 1
; residue 3 ASP rtp ASP q -1.0
33 N 3 ASP N 33 -0.5163 14.01 ; qtot 0.4837
34 H 3 ASP H 34 0.2936 1.008 ; qtot 0.7773
35 CT 3 ASP CA 35 0.0381 12.01 ; qtot 0.8154
36 H1 3 ASP HA 36 0.088 1.008 ; qtot 0.9034
37 CT 3 ASP CB 37 -0.0303 12.01 ; qtot 0.8731
38 HC 3 ASP HB1 38 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8609
39 HC 3 ASP HB2 39 -0.0122 1.008 ; qtot 0.8487
40 C 3 ASP CG 40 0.7994 12.01 ; qtot 1.648
41 O2 3 ASP OD1 41 -0.8014 16 ; qtot 0.8467
42 O2 3 ASP OD2 42 -0.8014 16 ; qtot 0.0453
43 C 3 ASP C 43 0.5366 12.01 ; qtot 0.5819
44 O 3 ASP O 44 -0.5819 16 ; qtot 0
; residue 4 GLU rtp GLU q -1.0
45 N 4 GLU N 45 -0.5163 14.01 ; qtot -0.5163
46 H 4 GLU H 46 0.2936 1.008 ; qtot -0.2227
47 CT 4 GLU CA 47 0.0397 12.01 ; qtot -0.183
48 H1 4 GLU HA 48 0.1105 1.008 ; qtot -0.0725
49 CT 4 GLU CB 49 0.056 12.01 ; qtot -0.0165
50 HC 4 GLU HB1 50 -0.0173 1.008 ; qtot -0.0338
51 HC 4 GLU HB2 51 -0.0173 1.008 ; qtot -0.0511
52 CT 4 GLU CG 52 0.0136 12.01 ; qtot -0.0375
53 HC 4 GLU HG1 53 -0.0425 1.008 ; qtot -0.08
54 HC 4 GLU HG2 54 -0.0425 1.008 ; qtot -0.1225
55 C 4 GLU CD 55 0.8054 12.01 ; qtot 0.6829
56 O2 4 GLU OE1 56 -0.8188 16 ; qtot -0.1359
57 O2 4 GLU OE2 57 -0.8188 16 ; qtot -0.9547
58 C 4 GLU C 58 0.5366 12.01 ; qtot -0.4181
59 O 4 GLU O 59 -0.5819 16 ; qtot -1
; residue 5 ASP rtp ASP q -1.0
60 N 5 ASP N 60 -0.5163 14.01 ; qtot -1.516
61 H 5 ASP H 61 0.2936 1.008 ; qtot -1.223
62 CT 5 ASP CA 62 0.0381 12.01 ; qtot -1.185
63 H1 5 ASP HA 63 0.088 1.008 ; qtot -1.097
64 CT 5 ASP CB 64 -0.0303 12.01 ; qtot -1.127
65 HC 5 ASP HB1 65 -0.0122 1.008 ; qtot -1.139
66 HC 5 ASP HB2 66 -0.0122 1.008 ; qtot -1.151
67 C 5 ASP CG 67 0.7994 12.01 ; qtot -0.3519
68 O2 5 ASP OD1 68 -0.8014 16 ; qtot -1.153
69 O2 5 ASP OD2 69 -0.8014 16 ; qtot -1.955
70 C 5 ASP C 70 0.5366 12.01 ; qtot -1.418
71 O 5 ASP O 71 -0.5819 16 ; qtot -2
; residue 6 PHE rtp PHE q 0.0
72 N 6 PHE N 72 -0.4157 14.01 ; qtot -2.416
73 H 6 PHE H 73 0.2719 1.008 ; qtot -2.144
74 CT 6 PHE CA 74 -0.0024 12.01 ; qtot -2.146
75 H1 6 PHE HA 75 0.0978 1.008 ; qtot -2.048
76 CT 6 PHE CB 76 -0.0343 12.01 ; qtot -2.083
77 HC 6 PHE HB1 77 0.0295 1.008 ; qtot -2.053
78 HC 6 PHE HB2 78 0.0295 1.008 ; qtot -2.024
79 CA 6 PHE CG 79 0.0118 12.01 ; qtot -2.012
80 CA 6 PHE CD1 80 -0.1256 12.01 ; qtot -2.138
81 HA 6 PHE HD1 81 0.133 1.008 ; qtot -2.005
82 CA 6 PHE CE1 82 -0.1704 12.01 ; qtot -2.175
83 HA 6 PHE HE1 83 0.143 1.008 ; qtot -2.032
84 CA 6 PHE CZ 84 -0.1072 12.01 ; qtot -2.139
85 HA 6 PHE HZ 85 0.1297 1.008 ; qtot -2.009
86 CA 6 PHE CE2 86 -0.1704 12.01 ; qtot -2.18
87 HA 6 PHE HE2 87 0.143 1.008 ; qtot -2.037
88 CA 6 PHE CD2 88 -0.1256 12.01 ; qtot -2.162
89 HA 6 PHE HD2 89 0.133 1.008 ; qtot -2.029
90 C 6 PHE C 90 0.5973 12.01 ; qtot -1.432
91 O 6 PHE O 91 -0.5679 16 ; qtot -2
; residue 7 LYS rtp LYS q +1.0
92 N 7 LYS N 92 -0.3479 14.01 ; qtot -2.348
93 H 7 LYS H 93 0.2747 1.008 ; qtot -2.073
94 CT 7 LYS CA 94 -0.24 12.01 ; qtot -2.313
95 H1 7 LYS HA 95 0.1426 1.008 ; qtot -2.171
96 CT 7 LYS CB 96 -0.0094 12.01 ; qtot -2.18
97 HC 7 LYS HB1 97 0.0362 1.008 ; qtot -2.144
98 HC 7 LYS HB2 98 0.0362 1.008 ; qtot -2.108
99 CT 7 LYS CG 99 0.0187 12.01 ; qtot -2.089
100 HC 7 LYS HG1 100 0.0103 1.008 ; qtot -2.079
101 HC 7 LYS HG2 101 0.0103 1.008 ; qtot -2.068
102 CT 7 LYS CD 102 -0.0479 12.01 ; qtot -2.116
103 HC 7 LYS HD1 103 0.0621 1.008 ; qtot -2.054
104 HC 7 LYS HD2 104 0.0621 1.008 ; qtot -1.992
105 CT 7 LYS CE 105 -0.0143 12.01 ; qtot -2.006
106 HP 7 LYS HE1 106 0.1135 1.008 ; qtot -1.893
107 HP 7 LYS HE2 107 0.1135 1.008 ; qtot -1.779
108 N3 7 LYS NZ 108 -0.3854 14.01 ; qtot -2.165
109 H 7 LYS HZ1 109 0.34 1.008 ; qtot -1.825
110 H 7 LYS HZ2 110 0.34 1.008 ; qtot -1.485
111 H 7 LYS HZ3 111 0.34 1.008 ; qtot -1.145
112 C 7 LYS C 112 0.7341 12.01 ; qtot -0.4106
113 O 7 LYS O 113 -0.5894 16 ; qtot -1
; residue 8 ALA rtp ALA q 0.0
114 N 8 ALA N 114 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
115 H 8 ALA H 115 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
116 CT 8 ALA CA 116 0.0337 12.01 ; qtot -1.11
117 H1 8 ALA HA 117 0.0823 1.008 ; qtot -1.028
118 CT 8 ALA CB 118 -0.1825 12.01 ; qtot -1.21
119 HC 8 ALA HB1 119 0.0603 1.008 ; qtot -1.15
120 HC 8 ALA HB2 120 0.0603 1.008 ; qtot -1.09
121 HC 8 ALA HB3 121 0.0603 1.008 ; qtot -1.029
122 C 8 ALA C 122 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
123 O 8 ALA O 123 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 9 VAL rtp VAL q 0.0
124 N 9 VAL N 124 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
125 H 9 VAL H 125 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
126 CT 9 VAL CA 126 -0.0875 12.01 ; qtot -1.231
127 H1 9 VAL HA 127 0.0969 1.008 ; qtot -1.134
128 CT 9 VAL CB 128 0.2985 12.01 ; qtot -0.8359
129 HC 9 VAL HB 129 -0.0297 1.008 ; qtot -0.8656
130 CT 9 VAL CG1 130 -0.3192 12.01 ; qtot -1.185
131 HC 9 VAL HG11 131 0.0791 1.008 ; qtot -1.106
132 HC 9 VAL HG12 132 0.0791 1.008 ; qtot -1.027
133 HC 9 VAL HG13 133 0.0791 1.008 ; qtot -0.9475
134 CT 9 VAL CG2 134 -0.3192 12.01 ; qtot -1.267
135 HC 9 VAL HG21 135 0.0791 1.008 ; qtot -1.188
136 HC 9 VAL HG22 136 0.0791 1.008 ; qtot -1.109
137 HC 9 VAL HG23 137 0.0791 1.008 ; qtot -1.029
138 C 9 VAL C 138 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
139 O 9 VAL O 139 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 10 PHE rtp PHE q 0.0
140 N 10 PHE N 140 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
141 H 10 PHE H 141 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
142 CT 10 PHE CA 142 -0.0024 12.01 ; qtot -1.146
143 H1 10 PHE HA 143 0.0978 1.008 ; qtot -1.048
144 CT 10 PHE CB 144 -0.0343 12.01 ; qtot -1.083
145 HC 10 PHE HB1 145 0.0295 1.008 ; qtot -1.053
146 HC 10 PHE HB2 146 0.0295 1.008 ; qtot -1.024
147 CA 10 PHE CG 147 0.0118 12.01 ; qtot -1.012
148 CA 10 PHE CD1 148 -0.1256 12.01 ; qtot -1.138
149 HA 10 PHE HD1 149 0.133 1.008 ; qtot -1.005
150 CA 10 PHE CE1 150 -0.1704 12.01 ; qtot -1.175
151 HA 10 PHE HE1 151 0.143 1.008 ; qtot -1.032
152 CA 10 PHE CZ 152 -0.1072 12.01 ; qtot -1.139
153 HA 10 PHE HZ 153 0.1297 1.008 ; qtot -1.009
154 CA 10 PHE CE2 154 -0.1704 12.01 ; qtot -1.18
155 HA 10 PHE HE2 155 0.143 1.008 ; qtot -1.037
156 CA 10 PHE CD2 156 -0.1256 12.01 ; qtot -1.162
157 HA 10 PHE HD2 157 0.133 1.008 ; qtot -1.029
158 C 10 PHE C 158 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
159 O 10 PHE O 159 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 11 GLY rtp GLY q 0.0
160 N 11 GLY N 160 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
161 H 11 GLY H 161 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
162 CT 11 GLY CA 162 -0.0252 12.01 ; qtot -1.169
163 H1 11 GLY HA1 163 0.0698 1.008 ; qtot -1.099
164 H1 11 GLY HA2 164 0.0698 1.008 ; qtot -1.029
165 C 11 GLY C 165 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
166 O 11 GLY O 166 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 12 MET rtp MET q 0.0
167 N 12 MET N 167 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
168 H 12 MET H 168 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
169 CT 12 MET CA 169 -0.0237 12.01 ; qtot -1.167
170 H1 12 MET HA 170 0.088 1.008 ; qtot -1.079
171 CT 12 MET CB 171 0.0342 12.01 ; qtot -1.045
172 HC 12 MET HB1 172 0.0241 1.008 ; qtot -1.021
173 HC 12 MET HB2 173 0.0241 1.008 ; qtot -0.9971
174 CT 12 MET CG 174 0.0018 12.01 ; qtot -0.9953
175 H1 12 MET HG1 175 0.044 1.008 ; qtot -0.9513
176 H1 12 MET HG2 176 0.044 1.008 ; qtot -0.9073
177 S 12 MET SD 177 -0.2737 32.06 ; qtot -1.181
178 CT 12 MET CE 178 -0.0536 12.01 ; qtot -1.235
179 H1 12 MET HE1 179 0.0684 1.008 ; qtot -1.166
180 H1 12 MET HE2 180 0.0684 1.008 ; qtot -1.098
181 H1 12 MET HE3 181 0.0684 1.008 ; qtot -1.029
182 C 12 MET C 182 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
183 O 12 MET O 183 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 13 THR rtp THR q 0.0
184 N 13 THR N 184 -0.4157 14.01 ; qtot -1.416
185 H 13 THR H 185 0.2719 1.008 ; qtot -1.144
186 CT 13 THR CA 186 -0.0389 12.01 ; qtot -1.183
187 H1 13 THR HA 187 0.1007 1.008 ; qtot -1.082
188 CT 13 THR CB 188 0.3654 12.01 ; qtot -0.7166
189 H1 13 THR HB 189 0.0043 1.008 ; qtot -0.7123
190 CT 13 THR CG2 190 -0.2438 12.01 ; qtot -0.9561
191 HC 13 THR HG21 191 0.0642 1.008 ; qtot -0.8919
192 HC 13 THR HG22 192 0.0642 1.008 ; qtot -0.8277
193 HC 13 THR HG23 193 0.0642 1.008 ; qtot -0.7635
194 OH 13 THR OG1 194 -0.6761 16 ; qtot -1.44
195 HO 13 THR HG1 195 0.4102 1.008 ; qtot -1.029
196 C 13 THR C 196 0.5973 12.01 ; qtot -0.4321
197 O 13 THR O 197 -0.5679 16 ; qtot -1
; residue 14 ARG rtp ARG q +1.0
198 N 14 ARG N 198 -0.3479 14.01 ; qtot -1.348
199 H 14 ARG H 199 0.2747 1.008 ; qtot -1.073
200 CT 14 ARG CA 200 -0.2637 12.01 ; qtot -1.337
201 H1 14 ARG HA 201 0.156 1.008 ; qtot -1.181
202 CT 14 ARG CB 202 -0.0007 12.01 ; qtot -1.182
203 HC 14 ARG HB1 203 0.0327 1.008 ; qtot -1.149
204 HC 14 ARG HB2 204 0.0327 1.008 ; qtot -1.116
205 CT 14 ARG CG 205 0.039 12.01 ; qtot -1.077
206 HC 14 ARG HG1 206 0.0285 1.008 ; qtot -1.049
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580 C 35 PHE C 580 0.766 12.01 ; qtot 3.605
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; residue 37 Cl rtp CL q -1.0
584 Cl 37 Cl Cl 584 -1 35.45 ; qtot 0
[ bonds ]
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[ angles ]
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[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
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485 484 487 489 9
485 484 487 490 9
486 484 487 488 9
486 484 487 489 9
486 484 487 490 9
484 487 490 491 9
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479 497 499 501 9
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502 501 512 514 9
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513 512 514 516 9
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522 521 524 526 9
522 521 524 527 9
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523 521 524 526 9
523 521 524 527 9
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525 524 527 529 9
525 524 527 530 9
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526 524 527 529 9
526 524 527 530 9
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524 527 530 533 9
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528 527 530 532 9
528 527 530 533 9
529 527 530 531 9
529 527 530 532 9
529 527 530 533 9
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516 534 536 538 9
535 534 536 537 9
535 534 536 538 9
534 536 538 539 9
534 536 538 540 9
534 536 538 541 9
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537 536 538 540 9
537 536 538 541 9
536 538 541 542 9
536 538 541 543 9
539 538 541 542 9
539 538 541 543 9
540 538 541 542 9
540 538 541 543 9
538 541 543 544 9
538 541 543 545 9
542 541 543 544 9
542 541 543 545 9
541 543 545 546 9
541 543 545 547 9
541 543 545 560 9
544 543 545 546 9
544 543 545 547 9
544 543 545 560 9
543 545 547 548 9
543 545 547 549 9
543 545 547 550 9
546 545 547 548 9
546 545 547 549 9
546 545 547 550 9
560 545 547 548 9
560 545 547 549 9
560 545 547 550 9
543 545 560 561 9
543 545 560 562 9
546 545 560 561 9
546 545 560 562 9
547 545 560 561 9
547 545 560 562 9
545 547 550 551 9
545 547 550 552 9
545 547 550 556 9
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548 547 550 552 9
548 547 550 556 9
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549 547 550 556 9
547 550 552 553 9
547 550 552 554 9
547 550 552 555 9
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551 550 552 554 9
551 550 552 555 9
556 550 552 553 9
556 550 552 554 9
556 550 552 555 9
547 550 556 557 9
547 550 556 558 9
547 550 556 559 9
551 550 556 557 9
551 550 556 558 9
551 550 556 559 9
552 550 556 557 9
552 550 556 558 9
552 550 556 559 9
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545 560 562 564 9
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561 560 562 564 9
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563 562 564 580 9
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562 564 566 569 9
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565 564 566 568 9
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580 564 566 568 9
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562 564 580 582 9
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565 564 580 582 9
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566 564 580 582 9
564 566 569 570 9
564 566 569 578 9
567 566 569 570 9
567 566 569 578 9
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568 566 569 578 9
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578 569 570 572 9
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566 569 578 579 9
570 569 578 576 9
570 569 578 579 9
569 570 572 573 9
569 570 572 574 9
571 570 572 573 9
571 570 572 574 9
570 572 574 575 9
570 572 574 576 9
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573 572 574 576 9
572 574 576 577 9
572 574 576 578 9
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575 574 576 578 9
574 576 578 569 9
574 576 578 579 9
577 576 578 569 9
577 576 578 579 9
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3
5 22 20 21 4
20 24 22 23 4
24 33 31 32 4
31 35 33 34 4
35 45 43 44 4
37 41 40 42 4
43 47 45 46 4
47 60 58 59 4
52 56 55 57 4
58 62 60 61 4
62 72 70 71 4
64 68 67 69 4
70 74 72 73 4
74 92 90 91 4
76 79 88 80 4
79 82 80 81 4
79 86 88 89 4
80 84 82 83 4
82 86 84 85 4
84 88 86 87 4
90 94 92 93 4
94 114 112 113 4
112 116 114 115 4
116 124 122 123 4
122 126 124 125 4
126 140 138 139 4
138 142 140 141 4
142 160 158 159 4
144 147 156 148 4
147 150 148 149 4
147 154 156 157 4
148 152 150 151 4
150 154 152 153 4
152 156 154 155 4
158 162 160 161 4
162 167 165 166 4
165 169 167 168 4
169 184 182 183 4
182 186 184 185 4
186 198 196 197 4
196 200 198 199 4
200 222 220 221 4
208 213 211 212 4
211 214 213 217 4
213 215 214 216 4
213 218 217 219 4
220 224 222 223 4
224 233 231 232 4
231 235 233 234 4
235 243 241 242 4
241 245 243 244 4
245 263 261 262 4
247 250 259 251 4
250 253 251 252 4
250 257 259 260 4
251 255 253 254 4
253 257 255 256 4
255 259 257 258 4
261 265 263 264 4
265 273 271 272 4
271 275 273 274 4
275 287 285 286 4
277 282 280 281 4
280 283 282 284 4
285 289 287 288 4
289 306 304 305 4
304 307 306 316 4
316 320 318 319 4
318 322 320 321 4
322 339 337 338 4
337 341 339 340 4
341 363 361 362 4
346 349 347 348 4
347 351 349 350 4
347 346 343 360 4
351 354 352 353 4
352 356 354 355 4
354 358 356 357 4
356 360 358 359 4
361 365 363 364 4
365 385 383 384 4
383 387 385 386 4
387 402 400 401 4
392 397 395 396 4
395 398 397 399 4
400 404 402 403 4
404 419 417 418 4
409 414 412 413 4
412 415 414 416 4
417 421 419 420 4
421 436 434 435 4
423 426 432 427 4
426 430 432 433 4
427 430 428 429 4
428 432 430 431 4
434 438 436 437 4
438 455 453 454 4
453 457 455 456 4
457 477 475 476 4
475 479 477 478 4
479 499 497 498 4
497 501 499 500 4
501 514 512 513 4
506 510 509 511 4
512 516 514 515 4
516 536 534 535 4
534 538 536 537 4
538 543 541 542 4
541 545 543 544 4
545 562 560 561 4
560 564 562 563 4
564 581 580 582 4
566 569 578 570 4
569 572 570 571 4
569 576 578 579 4
570 574 572 573 4
572 576 574 575 4
574 578 576 577 4
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include water topology
#include "amber99sb.ff/tip3p.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
; Include topology for ions
#include "amber99sb.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
Villin N68H in explicit water
[ molecules ]
; Compound #mols
Protein 1
SOL 2761
examples/simulateGromacs.py 0 → 100644
View file @ 5e6d705e
from simtk.openmm.app import *
from simtk.openmm import *
from simtk.unit import *
from sys import stdout
gro = GromacsGroFile('input.gro')
top = GromacsTopFile('input.top', unitCellDimensions=gro.getUnitCellDimensions(), includeDir='/usr/local/gromacs/share/gromacs/top')
system = top.createSystem(nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)
integrator = LangevinIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)
simulation = Simulation(top.topology, system, integrator)
simulation.context.setPositions(gro.positions)
simulation.minimizeEnergy()
simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))
simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True, potentialEnergy=True, temperature=True))
simulation.step(10000)
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