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Uni-Fold_pytorch
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eadbfa60
Commit
eadbfa60
authored
Apr 26, 2023
by
zhangqha
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model.properties
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README.md
View file @
eadbfa60
# Uni-Fold-main
# Uni-Fold-main
## 模型介绍
## 模型介绍
深势科技推出的蛋白质结构预测工具Uni-Fold,成功复现曾引起生物学界轰动的 AlphaFold2 的全规模训练,并开源训练代码与推理代码。相应解决方案已集成至深势科技自主研发的药物设计平台 Hermite,供广大用户测试使用。
深势科技推出的蛋白质结构预测工具Uni-Fold,成功复现曾引起生物学界轰动的 AlphaFold2 的全规模训练,并开源训练代码与推理代码。相应解决方案已集成至深势科技自主研发的药物设计平台 Hermite,供广大用户测试使用。
Uni-Fold 克服了
AlphaFold2 未开源训练代码、硬件支持单一、模型不可商用等局限性,在训练与推理环节进行了 NVIDIA GPU上的适配、性能优化及功能完善等工作,为更多人参与推动领域进一步发展提供了基础。
Uni-Fold 克服了AlphaFold2 未开源训练代码、硬件支持单一、模型不可商用等局限性,在训练与推理环节进行了 NVIDIA GPU上的适配、性能优化及功能完善等工作,为更多人参与推动领域进一步发展提供了基础。
## 模型结构
## 模型结构
...
@@ -15,50 +16,69 @@ Uni-Fold,参考https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold
...
@@ -15,50 +16,69 @@ Uni-Fold,参考https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold
原始代码位置:https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold.git
原始代码位置:https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold.git
## 数据集
## 数据集
示例中验证的数据集来自:
示例中验证的数据集来自:
bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory
bash scripts/download/download_all_data.sh /path/to/database/directory
## 预训练模型参数
## 预训练模型参数
wget https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold/releases/download/v2.0.0/unifold_params_2022-08-01.tar.gz
wget https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold/releases/download/v2.0.0/unifold_params_2022-08-01.tar.gz
tar -zxf unifold_params_2022-08-01.tar.gz
tar -zxf unifold_params_2022-08-01.tar.gz
## 推理
## 推理
### 环境配置
### 环境配置
提供
[
光源
](
https://www.sourcefind.cn/#/service-details
)
拉取的训练的docker镜像:
提供
[
光源
](
https://www.sourcefind.cn/#/service-details
)
拉取的训练的docker镜像:
*
推理镜像:
*
推理镜像:
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:unifold-latest
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:unifold-latest
cd /root/Uni-Fold-main
cd /root/Uni-Fold-main
*
依赖安装:
*
依赖安装:
(如使用镜像,则无需再次安装)
安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式
安装requirement.txt中的工具,镜像中已经安装好,加载方式
export PATH=/root/software/hmmer/bin${PATH:+:${PATH}}
export PATH=/root/software/hmmer/bin${PATH:+:${PATH}}
export PATH=/root/software/hh-suite-master/bin${PATH:+:${PATH}}
export PATH=/root/software/hh-suite-master/bin${PATH:+:${PATH}}
export PATH=/root/software/kalign/bin${PATH:+:${PATH}}
export PATH=/root/software/kalign/bin${PATH:+:${PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/root/software/hh-suite-master/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/root/software/hh-suite-master/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
### 安装
### 安装
#### 安装Uni-Core-main
#### 安装Uni-Core-main(如使用镜像,则无需再次安装)
cd Uni-Core-main
cd Uni-Core-main
export CUDA_HOME=/opt/dtk-22.04.2
export CUDA_HOME=/opt/dtk-22.04.2
python3 setup.py install
python3 setup.py install
#### 安装Uni-Fold-main
#### 安装Uni-Fold-main(如使用镜像,则无需再次安装)
pip install -e .
pip install -e .
### 单卡测试
### 单卡测试
#### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
#### 多聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
sh run_multimer.sh
sh run_multimer.sh
#### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
#### 单聚体参考脚本,需要根据实际情况修改路径配置
sh run_monomer.sh
sh run_monomer.sh
### 性能数据
### 准确率验证
| 类别 | case | inference time |
| :---- | :---- | ----: |
参考https://zhanggroup.org/TM-score/
| 多聚体 |H1036 | 406.94s |
| 单聚体 |T1024| 138.51s |
## 历史版本
*
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/uni-fold
## 参考
## 参考
*
https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold
*
https://github.com/dptech-corp/Uni-Fold
...
...
model.properties
0 → 100644
View file @
eadbfa60
# 模型名称
modelName
=
Uni-Fold
# 模型描述
modelDescription
=
Uni-Fold是深势科技推出的蛋白质结构预测工具
# 应用场景(多个标签以英文逗号分割)
appScenario
=
蛋白质预测,AI For Science,推理
# 框架类型(多个标签以英文逗号分割)
frameType
=
BladeDISC,Pytorch
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