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  * @Author: zhuww
  * @email: zhuww@sugon.com
  * @Date: 2023-06-14 17:07:00
- * @LastEditTime: 2023-06-14 20:34:00
+ * @LastEditTime: 2023-06-14 20:40:00
 -->
 # RFDesign
 ## 模型介绍
@@ -33,28 +33,29 @@ RFDesign是一个使用Rosetta软件实现的蛋白质设计方法,模型结构
 
 
 #### 下载权重
-cd /opt/RFDesign/hallucination/weights/rf_Nov05
-wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_last.pt
 
-cd /opt/RFDesign/inpainting/weights/
-wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_mix_epoch25.pt
+    cd /opt/RFDesign/hallucination/weights/rf_Nov05
+    wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_last.pt
 
+    cd /opt/RFDesign/inpainting/weights/
+    wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_mix_epoch25.pt
 
-#### hallucination
+
+##### hallucination
 基于hallucination的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/hallucination/tests/
     ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/hallucination/tests/output
 
-    参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--out是结果保存路径，--len是hallucination蛋白的长度范围, --contigs是以逗号分隔的pdb范围列表来参考pdb,--steps是逗号分隔的优化步骤数列表,--num是是设计数量
+参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--out是结果保存路径，--len是hallucination蛋白的长度范围, --contigs是以逗号分隔的pdb范围列表来参考pdb,--steps是逗号分隔的优化步骤数列表,--num是是设计数量
 
-#### inpainting
+##### inpainting
 基于inpainting的测试命令：
 
     cd /opt/RFDesign/inpainting/tests/
     ./run_tests.sh  # 结果默认保存在/opt/RFDesign/hallucination/tests/out
 
-    参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--contigs是要保存的输入蛋白质片段,--out 是结果保存路径,--dump_all是将所有可能的输出转存到结果保存路径(若不需要，可去掉该参数),--n_cycle是通过RFold回收的数量,--num_designs是设计数量
+参数说明：--pdb是输入的pdb文件，--contigs是要保存的输入蛋白质片段,--out 是结果保存路径,--dump_all是将所有可能的输出转存到结果保存路径(若不需要，可去掉该参数),--n_cycle是通过RFold回收的数量,--num_designs是设计数量
 
 #### 准备输入和后处理以及hallucination评分结果
 运行hallucination或inpainting后，首先生成一个带侧链的松弛模型(.fas、.pdb、.npz、.trb 文件),该步骤需要.pdb和.npz文件，完成后，会生成一个FOLDER/trf_relax文件夹(包含松弛结构的pdb)
@@ -66,8 +67,7 @@ wget http://files.ipd.uw.edu/pub/rfdesign/weights/BFF_mix_epoch25.pt
 ##### AlphaFold2
 根据hallucination设计模型和模板结构，进行AlphaFold2预测和计算RMSD:
 
-    修改af2_metrics.py中第241行的data_dir为自己的alphafold2数据集路径
-    ./af2_metrics.py FOLDER/trf_relax
+    ./af2_metrics.py FOLDER/trf_relax # 修改第241行的data_dir为自己的alphafold2数据集路径
 
 该步骤会将AF2模型输出到FOLDER/trf_relax/af2/,并将指标输出到FOLDER/af2_metrics.csv