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...@@ -147,6 +147,7 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht ...@@ -147,6 +147,7 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
--inplace \ --inplace \
或者使用`./inference_multimer.sh` 或者使用`./inference_multimer.sh`
根据实际情况修改数据集路径
#### 多体推理参数说明 #### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;`--param_path`为加载多体模型路径,需要和`--model_name`保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致. SUGP1.fasta为推理的多体序列;`--param_path`为加载多体模型路径,需要和`--model_name`保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致.
...@@ -176,14 +177,14 @@ alignments/ ...@@ -176,14 +177,14 @@ alignments/
## 精度 ## 精度
测试数据:[casp14](https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi)(或者通过`SCNet`快速下载[casp14](http://113.200.138.88:18080/aimodels/findsource-dependency/casp14))、[uniprot](https://www.uniprot.org/),使用的加速卡:1张 Z100L-32G 测试数据:[casp14](https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi)(或者通过`SCNet`快速下载[casp14](http://113.200.138.88:18080/aimodels/findsource-dependency/casp14))、[uniprot](https://www.uniprot.org/),使用的加速卡:1张 Z100L-32G
1、计算plddts的值 <!--1、计算plddts的值
python3 pkl2plddt.py python3 pkl2plddt.py
其中,data_path为推理生成的pkl文件路径。 其中,data_path为推理生成的pkl文件路径。
2、其它精度值计算:[https://zhanggroup.org/TM-score/](https://zhanggroup.org/TM-score/) 2、其它精度值计算:[https://zhanggroup.org/TM-score/](https://zhanggroup.org/TM-score/)
-->
准确性数据: 准确性数据:
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | PLDDTS | TM score | MaxSub | RMSD | | 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | PLDDTS | TM score | MaxSub | RMSD |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: | | :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
...@@ -194,7 +195,7 @@ alignments/ ...@@ -194,7 +195,7 @@ alignments/
## 应用场景 ## 应用场景
### 算法类别 ### 算法类别
NLP 蛋白质结构预测
### 热点应用行业 ### 热点应用行业
医疗,科研,教育 医疗,科研,教育
...@@ -203,6 +204,6 @@ NLP ...@@ -203,6 +204,6 @@ NLP
## 源码仓库及问题反馈 ## 源码仓库及问题反馈
* [https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch](https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch) * [https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch](https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch)
## 参考 ## 参考资料
* [https://github.com/deepmind/alphafold](https://github.com/deepmind/alphafold) * [https://github.com/deepmind/alphafold](https://github.com/deepmind/alphafold)
* [https://github.com/hpcaitech/FastFold](https://github.com/hpcaitech/FastFold) * [https://github.com/hpcaitech/FastFold](https://github.com/hpcaitech/FastFold)
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