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FastFold_pytorch
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4bfc3fe1
Commit
4bfc3fe1
authored
Oct 15, 2024
by
dcuai
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4bfc3fe1
...
@@ -147,6 +147,7 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
...
@@ -147,6 +147,7 @@ Alphafold的数据预处理需要花费大量时间,因此我们通过[ray](ht
--inplace
\
--inplace
\
或者使用
`./inference_multimer.sh`
或者使用
`./inference_multimer.sh`
根据实际情况修改数据集路径
#### 多体推理参数说明
#### 多体推理参数说明
SUGP1.fasta为推理的多体序列;
`--param_path`
为加载多体模型路径,需要和
`--model_name`
保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致.
SUGP1.fasta为推理的多体序列;
`--param_path`
为加载多体模型路径,需要和
`--model_name`
保持一致,其他参数同单体推理参数说明一致.
...
@@ -176,14 +177,14 @@ alignments/
...
@@ -176,14 +177,14 @@ alignments/
## 精度
## 精度
测试数据:
[
casp14
](
https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi
)
(或者通过
`SCNet`
快速下载
[
casp14
](
http://113.200.138.88:18080/aimodels/findsource-dependency/casp14
)
)、
[
uniprot
](
https://www.uniprot.org/
)
,使用的加速卡:1张 Z100L-32G
测试数据:
[
casp14
](
https://www.predictioncenter.org/casp14/targetlist.cgi
)
(或者通过
`SCNet`
快速下载
[
casp14
](
http://113.200.138.88:18080/aimodels/findsource-dependency/casp14
)
)、
[
uniprot
](
https://www.uniprot.org/
)
,使用的加速卡:1张 Z100L-32G
1、计算plddts的值
<!--
1、计算plddts的值
python3 pkl2plddt.py
python3 pkl2plddt.py
其中,data_path为推理生成的pkl文件路径。
其中,data_path为推理生成的pkl文件路径。
2、其它精度值计算:
[
https://zhanggroup.org/TM-score/
](
https://zhanggroup.org/TM-score/
)
2、其它精度值计算:
[
https://zhanggroup.org/TM-score/
](
https://zhanggroup.org/TM-score/
)
-->
准确性数据:
准确性数据:
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | PLDDTS | TM score | MaxSub | RMSD |
| 数据类型 | 序列类型 | 序列标签 | 序列长度 | GDT-TS | GDT-HA | PLDDTS | TM score | MaxSub | RMSD |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
| :------: | :------: | :------: | :------: |:------: |:------: | :------: | :------: | :------: |:------: |
...
@@ -194,7 +195,7 @@ alignments/
...
@@ -194,7 +195,7 @@ alignments/
## 应用场景
## 应用场景
### 算法类别
### 算法类别
NLP
蛋白质结构预测
### 热点应用行业
### 热点应用行业
医疗,科研,教育
医疗,科研,教育
...
@@ -203,6 +204,6 @@ NLP
...
@@ -203,6 +204,6 @@ NLP
## 源码仓库及问题反馈
## 源码仓库及问题反馈
*
[
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch
](
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch
)
*
[
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch
](
https://developer.hpccube.com/codes/modelzoo/fastfold_pytorch
)
## 参考
## 参考
资料
*
[
https://github.com/deepmind/alphafold
](
https://github.com/deepmind/alphafold
)
*
[
https://github.com/deepmind/alphafold
](
https://github.com/deepmind/alphafold
)
*
[
https://github.com/hpcaitech/FastFold
](
https://github.com/hpcaitech/FastFold
)
*
[
https://github.com/hpcaitech/FastFold
](
https://github.com/hpcaitech/FastFold
)
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