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Commit 77ab4b60 authored by mashun1's avatar mashun1
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...@@ -19,7 +19,7 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经 ...@@ -19,7 +19,7 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经
![img](./docs/alphafold2_1.png) ![img](./docs/alphafold2_1.png)
## 环境配置 <!-- ## 环境配置
### Docker ### Docker
...@@ -65,9 +65,9 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经 ...@@ -65,9 +65,9 @@ AlphaFold2通过从蛋白质序列和结构数据中提取信息，使用神经
wget https://github.com/openmm/pdbfixer/archive/refs/tags/1.9.zip wget https://github.com/openmm/pdbfixer/archive/refs/tags/1.9.zip
unzip 1.9.zip && cd pdbfixer-1.9 && python setup.py install unzip 1.9.zip && cd pdbfixer-1.9 && python setup.py install -->
<!-- ## 环境配置 ## 环境配置
提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/image/dcu/custom)拉取推理的docker镜像： 提供[光源](https://www.sourcefind.cn/#/image/dcu/custom)拉取推理的docker镜像：
``` ```
docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.3.2-dtk23.10-py38 docker pull image.sourcefind.cn:5000/dcu/admin/base/custom:alphafold2-2.3.2-dtk23.10-py38
...@@ -81,7 +81,7 @@ docker run -it --name alphafold --privileged --shm-size=32G --device=/dev/kfd - ...@@ -81,7 +81,7 @@ docker run -it --name alphafold --privileged --shm-size=32G --device=/dev/kfd -
* DTK驱动：dtk23.10 * DTK驱动：dtk23.10
* Jax: 0.3.25 * Jax: 0.3.25
* TensorFlow2: 2.11.0 * TensorFlow2: 2.11.0
* python: python3.8 --> * python: python3.8
## 数据集 ## 数据集
推荐使用AlphaFold2中的开源数据集，包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下： 推荐使用AlphaFold2中的开源数据集，包括BFD、MGnify、PDB70、Uniclust、Uniref90等,数据集大小约2.62TB。数据集格式如下：
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