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Torchani
## 简介 torchani 是一个基于 PyTorch 的神经网络势能(ANI)的开源实现。ANI 是一种利用深度学习模型来预测分子间相互作用力的方法,广泛应用于分子动力学模拟、化学反应路径探索等领域。torchani 的设计目标是提供一种高效、易于使用且高度可扩展的神经网络势能计算工具。 ## 安装 组件支持组合 | PyTorch版本 | fastpt版本 |torchani版本 | DTK版本 | Python版本 | 推荐编译方式 | | ----------- | ----------- | ----------- | ------------------------ | -----------------| ------------ | | 2.5.1 | 2.1.0 |0.1 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 | | 2.4.1 | 2.0.1 |0.1 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 | + pytorch版本大于2.4.1 && dtk版本大于25.04 推荐使用fastpt不转码编译。 ### 1、使用pip方式安装 torchani whl包下载目录:[光和开发者社区](https://download.sourcefind.cn:65024/4/main/),选择对应的pytorch版本和python版本下载对应torchani的whl包 ```shell pip install torch* (下载torch的whl包) pip install fastpt* --no-deps (下载fastpt的whl包) source /usr/local/bin/fastpt -E pip install torchani* (下载的torchani-fastpt的whl包) ``` ### 2、使用源码编译方式安装 #### 编译环境准备 提供基于fastpt不转码编译: 1. 基于光源pytorch基础镜像环境:镜像下载地址:[光合开发者社区](https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch),根据pytorch、python、dtk及系统下载对应的镜像版本。 2. 基于现有python环境:安装pytorch,fastpt whl包下载目录:[光合开发者社区](https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch),根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下: ```shell pip3 install pytest pip3 install wheel pip3 isntall ase pip install torch* (下载torch的whl包) pip install fastpt* --no-deps (下载fastpt的whl包, 安装顺序,先安装torch,后安装fastpt) pip install setuptools==59.5.0 wheel ``` #### 源码编译安装 - 代码下载 ```shell git clone http://developer.sourcefind.cn/codes/OpenDAS/torchani.git # 根据编译需要切换分支 ``` - 提供2种源码编译方式(进入torchani目录): ``` 1. 设置不转码编译环境变量 source /usr/local/bin/fastpt -C 2. 编译whl包并安装 python3 setup.py -v bdist_wheel --cuaev pip install dist/torchani* 3. 源码编译安装 python3 setup.py install --cuaev ``` #### 注意事项 + 若使用pip install下载安装过慢,可添加pypi清华源:-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ + ROCM_PATH为dtk的路径,默认为/opt/dtk + 在pytorch2.5.1环境下编译需要支持c++17语法,打开setup.py文件,把文件中的 -std=c++14 修改为 -std=c++17 ## 验证 ``` python3 Python 3.10.12 (main, Feb 4 2025, 14:57:36) [GCC 11.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. >>> import torchani >>> torchani.__version__ '0.1*' >>> ``` 版本号与官方版本同步,查询该软件的版本号,例如0.1*; ## Known Issue - 无 ## 参考资料 - [README_ORIGIN](README_ORIGIN.md) - [README_zh-CN](README_zh-CN.md) - [https://github.com/aiqm/torchani](https://github.com/aiqm/torchani)