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torch-cluster
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f4e5ad54
Commit
f4e5ad54
authored
May 30, 2025
by
limm
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f4e5ad54
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...
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PyTorch Cluster是一个小型的扩展库,其中包含了高度优化的图聚类算法,用于在PyTorch中使用。该包包括以下聚类算法:Graclus,Voxel Grid Pooling,迭代最远点采样,k-NN和Radius图生成,基于最近点的聚类,随机游走采样等。DAS软件栈中的PyTorch Cluster版本,不仅保证了组件核心功能在DCU加速卡的可用性,还针对DCU特有的硬件架构进行了深度定制优化。这使得开发者能够以极低的成本,轻松实现应用程序在DCU加速卡上的快速迁移和性能提升。目前支持Pytorch1.13 Pyotrch2.1 Pytorch2.4.1 Pytorch2.5.1
## 安装
组件支持组合
### 使用pip方式安装
pytorch-cluster whl包下载目录:
[
https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/installation?id=2083b36e-6c1b-11ef-bb3e-005056904552&type=frame
](
https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/installation?id=2083b36e-6c1b-11ef-bb3e-005056904552&type=frame
)
.
```
shell
pip
install
torch_cluster
*
(
下载的torch_cluster的whl包
)
```
### 使用源码编译方式安装
| PyTorch版本 | fastpt版本 |pytorch_Cluster版本 | DTK版本 | Python版本 | 推荐编译方式 |
| ----------- | ----------- | -------------------- | ------------ | ---------------- | ------------ |
| 2.5.1 | 2.1.0 |1.6.3 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 |
| 2.4.1 | 2.0.1 |1.6.3 | >= 25.04 | 3.8、3.10、3.11 | fastpt不转码 |
| 其他 | 其他 | 其他 | 其他 | 3.8、3.10、3.11 | hip转码 |
+
pytorch版本大于2.4.1 && dtk版本大于25.04 推荐使用fastpt不转码编译。
#### 编译环境准备
-
安装相关依赖
```
shell
pip
install
numpy
pip
install
'urllib3==1.26.14'
pip
install
pytest
pip
install
wheel
```
-
在首页 | 光合开发者社区下载 dtk25.04 解压至 /opt/ 路径下,并建立软链接
### 1、使用pip方式安装
pytorch-cluster whl包下载目录:
[
光和开发者社区
](
https://download.sourcefind.cn:65024/4/main/torch_cluster
)
,选择对应的pytorch版本和python版本下载对应torch_cluster的whl包
```
shell
cd
/opt
&&
ln
-s
dtk-25.04 dtk
pip
install
torch
*
(
下载torch的whl包
)
pip
install
fastpt
*
--no-deps
(
下载fastpt的whl包
)
source
/usr/local/bin/fastpt
-E
pip
install
torch_cluster
*
(
下载的torch_cluster-fastpt的whl包
)
```
### 2、使用源码编译方式安装
- 安装pytorch,pytorch whl包下载目录:[http://10.16.4.1:8000/debug/pytorch/dtk25.04/]
(
http://10.16.4.1:8000/debug/pytorch/dtk25.04/
)
,根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下:
pip
install
torch
*
(
下载的torch的whl包
)
#### 编译环境准备
提供基于fastpt不转码编译:
- 安装fastpt,fastpt whl包下载目录:[https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/home]
(
https://das.sourcefind.cn:55011/portal/#/home
)
.
pip
install
fastpt
*
1.
基于光源pytorch基础镜像环境:镜像下载地址:
[
光合开发者社区
](
https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch
)
,根据pytorch、python、dtk及系统下载对应的镜像版本。
2.
基于现有python环境:安装pytorch,fastpt whl包下载目录:
[
光合开发者社区
](
https://sourcefind.cn/#/image/dcu/pytorch
)
,根据python、dtk版本,下载对应pytorch的whl包。安装命令如下:
```
shell
pip
install
torch
*
(
下载torch的whl包
)
pip
install
fastpt
*
--no-deps
(
下载fastpt的whl包, 安装顺序,先安装torch,后安装fastpt
)
```
#### 源码编译安装
```
shell
git clone
-b
1.6.3-fastpt http://developer.hpccube.com/codes/aicomponent/torch-cluster.git
git clone http://developer.sourcefind.cn/codes/OpenDAS/torch-cluster.git
# 根据编译需要切换分支
```
-
提供2种源码编译方式(进入torch-cluster目录):
1.
设置不转码编译环境变量
```
shell
export
FORCE_CUDA
=
1
source
/usr/local/bin/fastpt
-C
```
cd
pytorch_cluster
2.
编译whl包并安装
```
shell
cd
pytorch_cluster
||
torch-cluster
python setup.py bdist_wheel
pip
install
dist/
*
.whl
```
3.
源码编译安装
```
shell
python3 setup.py
install
```
#### 注意事项
+
若使用pip install下载安装过慢,可添加pypi清华源:-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
+
ROCM_PATH为dtk的路径,默认为/opt/dtk
## 验证
python -c "import torch_cluster; torch_cluster.
\_\_
version__",版本号与官方版本同步,查询该软件的版本号,例如1.6.3
## 单测
```
shell
cd
py
torch
_
cluster
cd
torch
-
cluster
pytest
```
## Known Issue
完成安装进行单测时,会报错ImportError: Could not find module '_version_cpu' ~,在根目录/下查找一下,然后把库文件目录添加一下软链接即可。
+
完成安装进行单测时,会报错ImportError: Could not find module '_version_cpu' ~,在根目录/下查找一下,然后把库文件目录添加一下软链接即可。
```
```
shell
find /
-name
"_version_cpu.so"
cd
/pytorch_cluster/torch_cluster
ln
-s
/usr/local/lib/python3.8/site-packages/torch_cluster/
*
.
```
## 参考资料
[
README_ORIGIN
](
README_ORIGIN.md
)
PyTorch Cluster官方github地址:
[
https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster
](
https://github.com/rusty1s/pytorch_cluster
)
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