import argparse from datetime import date def add_data_args(parser: argparse.ArgumentParser): parser.add_argument( 'uniref90_database_path', type=str, ) parser.add_argument( 'mgnify_database_path', type=str, ) parser.add_argument( 'pdb70_database_path', type=str, ) parser.add_argument( 'template_mmcif_dir', type=str, ) parser.add_argument( 'uniclust30_database_path', type=str, ) parser.add_argument( '--bfd_database_path', type=str, default=None, ) parser.add_argument( '--small_bfd_database_path', type=str, default=None ) parser.add_argument( '--jackhmmer_binary_path', type=str, default='/usr/bin/jackhmmer' ) parser.add_argument( '--hhblits_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hhblits' ) parser.add_argument( '--hhsearch_binary_path', type=str, default='/usr/bin/hhsearch' ) parser.add_argument( '--kalign_binary_path', type=str, default='/usr/bin/kalign' ) parser.add_argument( '--max_template_date', type=str, default=date.today().strftime("%Y-%m-%d"), ) parser.add_argument( '--obsolete_pdbs_path', type=str, default=None ) parser.add_argument( '--release_dates_path', type=str, default=None )