# FastFold

## 安装
安装FastFold,你需要
+ Python 3.8 或者 3.9.

### 使用pip安装
fastfold whl包下载目录：[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/fastfold/dtk23.04](https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/fastfold/dtk23.04)
根据对应的pytorch版本和python版本，下载对应fastfold的whl包

```shell
pip install fastfold* (下载的fastfold的whl包)
```

### 使用源码安装

#### 编译环境准备
pytorch whl包下载目录：[https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04](https://cancon.hpccube.com:65024/4/main/pytorch/dtk23.04)
根据python版本,下载对应pytorch的whl包
```shell
pip install torch* (下载的torch的whl包)
```

```shell
pip install setuptools=59.5.0 wheel
```

#### 编译安装
```shell
git clone https://developer.hpccube.com/codes/aicomponent/fastfold  # 根据需要的分支进行切换
cd fastfold
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$ROCM_PATH/include:$ROCM_PATH/cuda/targets/x86_64-linux/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH

1、 编译whl包并安装
python setup.py bdist_wheel  
pip install dist/fastfold*

2、 直接编译安装
python setup.py install 
```

## 安装包命名
例： fastfold-0.2.1+git9f6252f.abi0.dtk2304.torch1.10-cp38-cp38-manylinux2014_x86_64.whl
- fastfold: 安装包名称；
- 0.2.1: 安装包版本号；
- git9f6252f: git号；
- abi0: 对应centos和rocky多系统的标识，取值为abi0（centos7），abi1(rocky8)，可使用命令行动态查询获取辅助判断（echo '#include <string>' | gcc -x c++ -E -dM - | fgrep _GLIBCXX_USE_CXX11_ABI）;
- dtk2304: 对应dtk大版本号，命令行动态查询取值（/opt/dtk-23.04/.info/rocm_version）；
- torch1.10: 对应构建的torch版本号，命令行动态查询取值（torch.\_\_version__）;
- cp38-cp38: 对应python版本号；
- manylinux2014_x86_64: 系统架构；

## 版本号查询
- fastfold.\_\_version__：与官方版本同步，查询该软件的版本号，例如0.2.1（基于官方0.2.0修改）；


## Note
+ 若使用 pip install 下载安装过慢，可添加源：-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
+ ROCM_PATH为dtk的路径，默认为/opt/dtkxxx

## 参考
- [README_ORIGIN](README_ORIGIN.md)